Les Heterodiniaceae sont une famille d'algues dinoflagellés de l’ordre des Peridiniales.
Le nom vient du genre type Heterodinium, construit à partir du préfixe hetero-, « variable ; différent » , et du suffixe -din (rappel aux dinoflagellés), littéralement « dinoflagellé différente », en référence au fait que ce genre a des caractères morphologiques inhabituels
Selon AlgaeBase () et NCBI () :
Selon ITIS () :