Après avoir épousé l'égyptologueHenri Édouard Naville en 1873, elle l'accompagne dans quatorze voyages archéologiques en Égypte, consignant ses découvertes sous forme de photographies et de dessins. Ses nombreux journaux et sa correspondance fournissent des descriptions détaillées de la vie en Égypte au tournant du XXesiècle,.
Avec l'égyptologueHenri Édouard Naville (1844-1926), qu'elle épouse en 1873, elle a cinq enfants. Elle l'accompagne lors de quatorze voyages en Égypte de 1884 à 1914. En Égypte, c'est elle qui gère les chantiers de fouilles, prenant soin des ouvriers et suivant attentivement les progrès réalisés. En plus des photographies qu'elle prend, elle représente les découvertes dans les nombreux dessins détaillés que son mari utilise pour illustrer ses publications. Dans ses nombreux journaux, en plus des descriptions de l'avancement des fouilles, elle fournit des comptes rendus d'autres égyptologues, dont Howard Carter. Ses écrits témoignent également de ses fortes convictions protestantes, reflétant son soutien au mouvement de renouveau évangélique.
Marguerite Naville meurt à Malagny près de Genève le à l'âge de 78 ans. Elle est enterrée au cimetière de Genthod dans une tombe voisine de celle de son mari.
En 2025, l'Université de Genève revient sur le parcours du couple à travers une exposition, un cycle de conférences et un programme pour la Nuit des musées.
Jean-Luc Chappaz, «Les égyptologues Édouard et Marguerite Naville et le Musée d'art et d'histoire», Genava, vol.57, , p.3-26 (ISSN0072-0585, DOI10.5169/SEALS-728064, lire en ligne, consulté le ).
Jean-Luc Chappaz, «Marguerite Naville (1852-1930)», Égypte, Afrique et Orient, no69 «Les Femmes dans l'égyptologie au XIXe siècle», mars-avril-mai 2013, p.27-42 (ISSN1276-9223, lire en ligne, consulté le ).
Danielle Maurice-Naville, Laurence Naville et Corinne Eggly-Naville, La plume, le pinceau, la prière: l'égyptologue Marguerite Naville (1852-1930), Genève, La Baconnière, , 297p. (ISBN978-2940431236).
