Thibault quitte les Lakers pour les Bulls de Chicago en 1982 occupant alors les mêmes fonctions qu'aux Lakers. Sous les ordres de Thibault, l'équipe sélectionne lors des draftMichael Jordan, en 1984, mais aussi Charles Oakley en 1985 et acquiert John Paxson, ces joueurs contribuant aux six titres de champions NBA des Bulls entre 1991 et 1998.
Thibault quitte la NBA pour la World Basketball League(en) en 1988 et devient entraîneur durant deux saisons et general manager à Calgary, remportant le trophée d'entraîneur de l'année en 1988.
En 1989, Thibault commence une carrière de huit années en tant que general manager et entraîneur des Racers d'Omaha(en) en Continental Basketball Association, menant l'équipe en playoffs lors de chaque saison; l'équipe remportant le titre en 1993 et atteignant la finale en 1994.
Pour la première saison du Sun du Connecticut, nouveau nom de la franchise du Miracle d’Orlando qui vient de déménager à Uncasville, Thibault est engagé en afin de remplacer Dee Brown. Le Sun atteint les Finales lors de la saison 2004, battu par le Storm de Seattle, puis la saison suivante, défaite face aux Monarchs de Sacramento. Lors de la saison 2006, il remporte le trophée d'entraîneur WNBA de l'année, son équipe s'inclinant en finale de la Conférence Est face au Shock de Détroit. Les deux saisons suivantes, la franchise est éliminée en en demi-finales de Conférence, puis ne parvient pas à atteindre les séries éliminatoires deux saisons de suite. Après une élimination en demi-finales de Conférence, le Sun s'incline en finales de Conférence face au Fever de l'Indiana lors de la saison 2012, puis se sépare de lui à la fin de l'année.
Quelques semaines plus tard, les Mystics l'engagent comme general manager et entraîneur. Ramenant les Mystics en play-offs pour sa première année à Washington, il est nommé entraîneur WNBA de la saison 2013, saison où il dépasse Van Chancellor pour le nombre de succès en WNBA.
Aux Mystics, il montre une nouvelle fois son talent pour tirer le meilleur d'une jeune équipe avec lors de la saison 2016 seulement deux joueuses ayant plus de trois saisons d'expérience avec un bilan équilibré de 9 victoires sur 18 rencontres et une deuxième place dans la Conférence Est. En , il devient le premier entraineur de la WNBA à enregistrer 300 victoires. Troisième de la saison 2018, l'équipe élimine les Sparks de Los Angeles, puis le Dream d'Atlanta pour atteindre les Finales. Elle s'incline trois à zéro face au Storm de Seattle. En saison 2019, les Mystics, avec Elena Delle Donne qui remporte son deuxième titre de meilleure joueuse de la saison, termine au premier rang de la phase régulière, puis élimine les Aces de Las Vegas par trois à un lors de la demi-finale. Opposée au Sun du Connecticut, la franchise s'impose 89 à 78 lors de la cinquième et ultime manche pour s'offrir le premier titre de son histoire et le premier de Mike Thibault, Emma Meesseman se voyant attribuer le titre de meilleure joueuse des Finales,.
En , Mike Thibaut laisse à son fils Eric(en), son adjoint lors des quatre dernières années, la responsabilité d'entraineur principal, Mike Thibaut restant directeur général. En , les Mystics remercient Mike Thibaut et son fils Eric après une saison WNBA 2024 sans playoffs pour la première fois depuis 2021.
Son record de 379 victoires en WNBA est battu par l'entraineure du Lynx du Minnesota Cheryl Reeve . Au terme de sa carrière en WNBA, Mike Thibault compte 668 rencontres de saison régulière disputées, pour un bilan de 379 victoires et 289 défaites. Il dirige 72 matchs de série éliminatoire, 34 victoires et 38 défaites.
En , il est nommé sélectionneur de l’équipe nationale féminine de Belgique,. Sous sa houlette, la Belgique gagne l'Eurobasket 2025, sur une victoire 67-65 contre l'Espagne, réalisant un doublé après leur victoire de 2023. Ce n'est que la troisième fois qu'une équipe féminine parvient à obtenir deux victoires consécutives au championnat d'Europe féminin de basket, après l'Union soviétique et l'Espagne (2017-2019). Présentée parmi les prétendantes à une médaille lors de la Coupe du monde 2026, la Belgique est éliminée en quart de finale par l'Allemagne.
Vie privée
Aîné d'une famille de neuf enfants, Mike Thibault perd cinq frères et sœurs des suites de la mucoviscidose. Il contribue très tôt au buget familial en occupant plusieurs emplois à temps partiel.
Avec sa femme Nanci, ils sont deux enfants. Son fils Eric, travaille dans le monde du basket-ball, occupant un poste d'adjoint auprès de son père, puis lui succédant au poste d'entraineur principal. Sa fille, arly Thibault-DuDonis est assistante de Lindsay Whalen chez les Golden Gophers de l'université du Minnesota. Blake DuDonis, le mari de cette dernière occupe un poste d'entraîneur-chef de l'université du Wisconsin à River Falls.
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