Pierre Denis Boyer, né en 1766 à Caissac (aujourd'hui Cayssac), hameau de la commune de La Loubière (Aveyron), mort le à Paris, est un théologien français.
Pierre-Denis Boyer naquit à Caissac (diocèse de Rodez) au mois d'. Il fit ses études au collège de Rodez. À cette époque il se lia à Denis Frayssinous qui fréquentait cet établissement. Il partit ensuite pour Laon où il reçut la tonsure le et le sous-diaconat le .
Il fut ordonné prêtre le , et il prépara une licence en Sorbonne qu'il ne put soutenir. Durant la période révolutionnaire, il se retira dans le Rouergue, dans la paroisse de Curières avec Denis Frayssinous.
Il s'unit à l'abbé Jacques-André Émery pour relever le séminaire de Saint-Sulpice, dont il devint le directeur après lui.
En 1911, le « César régnant » disperse la Compagnie de Saint-Sulpice qui ne sera reformée qu'à la Seconde Restauration. En 1812 et 1813, Boyer prêche dans les régions de Lyon et de Montpellier.
En 1817, il s'attaque aux doctrines développées par Mathieu-Mathurin Tabaraud et Pierre Jean Agier concernant le mariage.
Dans les années 1824-1826, il combattit les doctrines de Félicité Robert de Lamennais, craignant qu'elles favorisassent l’« athéisme politique renversant l'autorité et l'unité de l’Église, se rapprochant de la méthode protestante. »
Au début des années 1840, il batailla contre le mouvement initié par les deux frères Charles-Régis Allignol et Augustin-Vital Allignol, meneurs de revendications du bas-clergé dans l’Église catholique romaine.
Il était oncle de Mgr Denis Auguste Affre ; lui-même pourfendeur des frères Allignol.