Pierre Nisse passe son enfance à Liège. Ses parents sont enseignants et son père, Louis Nisse, est également auteur d'un ouvrage historique sur la Wallonie. Attiré par la comédie, il poursuit ensuite ses études au Conservatoire royal de Bruxelles d’où il sort récompensé du Prix Georges Duquesne en 2007.
Plutôt que le théâtre dont il juge les castings « trop violents », le comédien s’oriente naturellement vers le cinéma qu’il avait déjà côtoyé avant sa formation au Conservatoire, notamment avec un de ses tout premiers rôles dans le film devenu culte, Dikkenek, en 2005. En plus de 20 ans de carrière, Pierre Nisse a joué dans plus d’une trentaine de longs métrages et une dizaine de courts métrages. Il a notamment tourné pour les frères Dardenne, Guillaume Nicloux, Emmanuel Marre ou encore, Fabrice du Welz.
L'acteur participe également à des festivals en Belgique et en France en tant que jury ou président de jury.
En 2021, il obtient l’un des rôles titres de la série belge Baraki qui connait un beau succès en francophonie par sa diffusion internationale sur la plateforme Netflix ou encore, sur TV5 Monde depuis 2024.
En 2024, aux côtés de Cécile Djunga, Charles (chanteuse), Bénédicte Deprez et Cathy Immelen, il participe au format belge du jeu télévisé Fort Boyard et réussit toutes ses épreuves. Les gains obtenus par son équipe ont été reversés à l'organisme caritatif Viva for Life.