Nanobdellati
 | ||||
|---|---|---|---|---|
 | ||||
| Rendszertani besorolás | ||||
| ||||
| Szinonimák | ||||
| ||||
| Törzsek | ||||
| Hivatkozások | ||||
 A Wikimédia Commons tartalmaz Nanobdellati témájú kategóriát.
|
A Nanobdellati (2024-ig DPANN) egy archeaország. Sok tagja a horizontális géntranszfer új jeleit mutatja más doménektől.
A Nanobdellati monofíliája még nem tekinthető megalapozottnak a benne lévő törzsek magas mutációs rátája miatt. Ezek az elemzések ehelyett arra utalnak, hogy a Nanobdellati az Euryarchaeotához tartozik, vagy polifiletikus, és különböző pozíciókat foglal el az Euryarchaeotán belül.
A Nanobdellatiba különböző elterjedésű és anyagcseréjű törzsek tartoznak, kezdve a szimbiotikus és termofil formáktól, mint például a Nanoarchaeota, az acidofilektől, mint a Parvarchaeota, és a nem extremofil fajoktól, mint az Aenigmarchaeota és a Diapherotrites. A Nanobdellati-t nitrátban gazdag talajvízben is kimutatták a víz felszínén.
Jellemzők
Fontos jellemzőjük, hogy más archaeákhoz képest kis méretűek, és a genomjuk is kicsi. Sok tagja a más organizmusokkal való parazita vagy szimbionta kapcsolattól függ. Sok jellemzőjük hasonló vagy analóg az ultra-kis baktériumokéhoz (CPR csoport).
A kis genom miatt az anyagcsere kapacitása korlátozott, így sokuknál hiányoznak a nukleotidok, aminosavak és lipidek központi bioszintetikus útvonala. Emiatt a legtöbb Nanobdellati-faj, mint például az ARMAN archaea más mikrobákra támaszkodnak biológiai szükségleteik kielégítésében. De azok, amelyekben megvan a lehetőség a szabad életre, azok fermentálók és aerob heterotrófok..
Túlnyomórészt anaerobok, és nem tenyésztették őket. Sokuk extremofil, mint például termofil, hiperacidofil, hiperhalofil vagy fém rezistens. De a tengeri és tavi üledékek mérsékelt égövi környezetében is előfordulnak. Ritkán megtalálhatók a földön vagy a nyílt óceánban.
Osztályozás
- Diapherotrites. Egy USA-ban található elhagyott aranybánya talajvízszűréséből nyert genomok filogenetikai elemzésével találták meg.
- Parvarchaeota és Micrarchaeota. Savas bányavízben fedezték fel őket. Nagyon kis méretűek és korábban ARMAN-nak hívták őket.
- Woesearchaeota és Pacearchaeota. Mind az üledékekben, mind a víztartó rétegekben és tavakban azonosították őket, különösen sós körülmények között.
- Aenigmarchaeota Bányák szennyvizében és termálvizek üledékeiben találhatták meg.
- Nanohalarchaeota. Magas sótartalmú környezetekben él.
- Nanoarchaeota Először egy Izland partjai melletti hidrotermális forrásban fedezték fel. Más archeák szimbiontáiként élnek..
Törzsfejlődés
| Tom A. Williams et al. 2017, Castelle et al. 2015 and Dombrowski et al. 2020. | Jordan et al. 2017 Cavalier-Smith2020 and Feng et al 2021. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Egyes filogenetikai elemzések szerint a Nanobdellati lehet az archeák elsőként divergáló kládja. Az újabb filogenetikai elemzések szerint a törzsek között a következő kapcsolatok állnak fent.
|
Más filogenetikai elemzések szerint a Nanobdellati az Euryarchaeotához tartozhat, vagy akár polifiletikus is lehet, és különböző pozíciókat foglalhat el az Euryarchaeotán belül. Vitatott az is, hogy az Altiarchaeota törzset a Nanobdellati vagy az Euryarchaeota csoportba kell-e besorolni. A Nanobdellati egy alternatív elhelyezése a filogenetikai fában a következő. Az idézőjelben jelölt csoportokat a Nanobdellatihoz rendelték, de a Nanobdellati csoport többi tagjától filogenetikailag elkülönülnek.
|
Taxonómia
A jelenleg elfogadott rendszertan a List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature-ön (LPSN) és a National Center for Biotechnology Information (NCBI) adatbázisán alapul.
| Nanobdellati | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Superphylum "DPANN" Rinke et al. 2013
- Phylum "Undinarchaeota" Dombrowski et al. 2020
- Class "Undinarchaeia" Dombrowski et al. 2020
- Order "Undinarchaeales" Dombrowski et al. 2020
- Class "Undinarchaeia" Dombrowski et al. 2020
- Phylum "Huberarchaeota" Probst et al. 2019
- Class "Huberarchaeia" corrig. Probst et al. 2019
- Order "Huberarchaeales" Rinke et al. 2020
- Class "Huberarchaeia" corrig. Probst et al. 2019
- Phylum "Aenigmatarchaeota" corrig. Rinke et al. 2013 (DSEG, DUSEL2)
- Class "Aenigmatarchaeia" corrig. Rinke et al. 2020
- Order "Aenigmatarchaeales" corrig. Rinke et al. 2020
- Class "Aenigmatarchaeia" corrig. Rinke et al. 2020
- Phylum "Nanohalarchaeota" corrig. Rinke et al. 2013
- Class "Nanohalobiia" corrig.La Cono et al. 2020
- Order "Nanohalobiales" La Cono et al. 2020
- Class ?"Nanohalarchaeia" corrig. Narasingarao et al. 2012
- Order "Nanohalarchaeales"
- Class "Nanohalobiia" corrig.La Cono et al. 2020
- Phylum Altarchaeota Probst et al. 2018 (SM1)
- Class "Altarchaeia" corrig. Probst et al. 2014
- Order "Altarchaeales" corrig. Probst et al. 2014
- Class "Altarchaeia" corrig. Probst et al. 2014
- Phylum "Iainarchaeota" ["Diapherotrites" Rinke et al. 2013] (DUSEL-3)
- Class "Iainarchaeia" Rinke et al. 2020
- Order "Forterreales" Probst & Banfield 2017
- Order "Iainarchaeales" Rinke et al. 2020
- Class "Iainarchaeia" Rinke et al. 2020
- Phylum "Micrarchaeota" Baker & Dick 2013
- Class "Micrarchaeia" Vazquez-Campos et al. 2021
- Order "Anstonellales" Vazquez-Campos et al. 2021 (LFWA-IIIc)
- Order "Burarchaeales" Vazquez-Campos et al. 2021 (LFWA-IIIb)
- Order "Fermentimicrarchaeales" Kadnikov et al. 2020
- Order "Gugararchaeales" Vazquez-Campos et al. 2021 (LFWA-IIIa)
- Order "Micrarchaeales" Vazquez-Campos et al. 2021
- Order "Norongarragalinales" Vazquez-Campos et al. 2021 (LFWA-II)
- Class "Micrarchaeia" Vazquez-Campos et al. 2021
- Phylum "Nanoarchaeota" Huber et al. 2002
- Class "Nanoarchaeia" Vazquez-Campos et al. 2021
- Order "Jingweiarchaeales" Rao et al. 2023 [DTBS01]
- Order "Nanoarchaeales" Huber et al. 2011
- Order "Pacearchaeales" (DHVE-5, DUSEL-1)
- Order "Parvarchaeales" Rinke et al. 2020 (ARMAN 4 & 5)
- Order "Tiddalikarchaeales" Vazquez-Campos et al. 2021 (LFW-252_1)
- Order "Woesearchaeales" (DHVE-6)
- Class "Nanoarchaeia" Vazquez-Campos et al. 2021
- Phylum ?"Mamarchaeota"
- Order ?"Wiannamattarchaeales"
Jegyzetek
- ↑ Castelle CJ, Banfield JF (2018). "Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life". Cell. 172 (6): 1181–1197. doi:10.1016/j.cell.2018.02.016. PMID 29522741.
- 1 2 Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, Ivanova NN, Anderson IJ, Cheng JF, Darling A, Malfatti S, Swan BK, Gies EA, Dodsworth JA, Hedlund BP, Tsiamis G, Sievert SM, Liu WT, Eisen JA, Hallam SJ, Kyrpides NC, Stepanauskas R, Rubin EM, Hugenholtz P, Woyke T (2013. július). "Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter" (PDF). Nature (angol nyelven). 499 (7459): 431–437. Bibcode:2013Natur.499..431R. doi:10.1038/nature12352. PMID 23851394. S2CID 4394530.
- 1 2 3 Nina Dombrowski, Jun-Hoe Lee, Tom A Williams, Pierre Offre, Anja Spang (2019). Genomic diversity, lifestyles and evolutionary origins of DPANN archaea. Nature.
- 1 2 3 4 Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (Eukaryotes, archaebacteria)". Protoplasma. 257 (3): 621–753. doi:10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096. PMID 31900730.
- 1 2 3 Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Culture Independent Genomic Comparisons Reveal Environmental Adaptations for Altiarchaeales. Frontiers.
- ↑ Ludington WB, Seher TD, Applegate O, Li X, Kliegman JI, Langelier C, Atwill ER, Harter T, DeRisi JL (2017. április 6.). "Assessing biosynthetic potential of agricultural groundwater through metagenomic sequencing: A diverse anammox community dominates nitrate-rich groundwater". PLOS ONE. 12 (4): e0174930. doi:10.1371/journal.pone.0174930. PMC 5383146. PMID 28384184.
{{cite journal}}: CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link) - 1 2 3 4 5 6 Castelle CJ, Wrighton KC, Thomas BC, Hug LA, Brown CT, Wilkins MJ, Frischkorn KR, Tringe SG, Singh A, Markillie LM, Taylor RC, Williams KH, Banfield JF (2015. március). "Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling". Current Biology. 25 (6): 690–701. doi:10.1016/j.cub.2015.01.014. PMID 25702576.
{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link) - ↑ Genomes Online Database
- ↑ Comolli LR, Baker BJ, Downing KH, Siegerist CE, Banfield JF (2009. február). "Three-dimensional analysis of the structure and ecology of a novel, ultra-small archaeon". The ISME Journal. 3 (2): 159–167. doi:10.1038/ismej.2008.99. PMID 18946497.
- ↑ Baker BJ, Tyson GW, Webb RI, Flanagan J, Hugenholtz P, Allen EE, Banfield JF (2006. december). "Lineages of acidophilic archaea revealed by community genomic analysis". Science. 314 (5807): 1933–1935. doi:10.1126/science.1132690. PMID 17185602. S2CID 26033384.
- ↑ Murakami S, Fujishima K, Tomita M, Kanai A (2012. február). "Metatranscriptomic analysis of microbes in an Oceanfront deep-subsurface hot spring reveals novel small RNAs and type-specific tRNA degradation". Applied and Environmental Microbiology. 78 (4): 1015–1022. doi:10.1128/AEM.06811-11. PMC 3272989. PMID 22156430.
- ↑ Baker BJ, Comolli LR, Dick GJ, Hauser LJ, Hyatt D, Dill BD, Land ML, Verberkmoes NC, Hettich RL, Banfield JF (2010. május). "Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (19): 8806–8811. doi:10.1073/pnas.0914470107. PMC 2889320. PMID 20421484.
- ↑ Ortiz-Alvarez R, Casamayor EO (2016. április). "High occurrence of Pacearchaeota and Woesearchaeota (Archaea superphylum DPANN) in the surface waters of oligotrophic high-altitude lakes". Environmental Microbiology Reports. 8 (2): 210–217. doi:10.1111/1758-2229.12370. PMID 26711582.
- ↑ Takai K, Moser DP, DeFlaun M, Onstott TC, Fredrickson JK (2001. december). "Archaeal diversity in waters from deep South African gold mines". Applied and Environmental Microbiology. 67 (12): 5750–5760. doi:10.1128/AEM.67.21.5750-5760.2001. PMC 93369. PMID 11722932.
- ↑ Narasingarao P, Podell S, Ugalde JA, Brochier-Armanet C, Emerson JB, Brocks JJ, Heidelberg KB, Banfield JF, Allen EE (2012. január). "De novo metagenomic assembly reveals abundant novel major lineage of Archaea in hypersaline microbial communities". The ISME Journal. 6 (1): 81–93. doi:10.1038/ismej.2011.78. PMC 3246234. PMID 21716304.
- ↑ Waters E, Hohn MJ, Ahel I, Graham DE, Adams MD, Barnstead M, Beeson KY, Bibbs L, Bolanos R, Keller M, Kretz K, Lin X, Mathur E, Ni J, Podar M, Richardson T, Sutton GG, Simon M, Soll D, Stetter KO, Short JM, Noordewier M (2003. október). "The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (22): 12984–12988. doi:10.1073/pnas.1735403100. PMC 240731. PMID 14566062.
- ↑ Podar M, Makarova KS, Graham DE, Wolf YI, Koonin EV, Reysenbach AL (2013. december). "Insights into archaeal evolution and symbiosis from the genomes of a nanoarchaeon and its inferred crenarchaeal host from Obsidian Pool, Yellowstone National Park". Biology Direct. 8 (1): 9. doi:10.1186/1745-6150-8-9. PMC 3655853. PMID 23607440.
- 1 2 Williams TA, Szöllősi GJ, Spang A, Foster PG, Heaps SE, Boussau B, et al. (2017. június). "Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114 (23): E4602–E4611. doi:10.1073/pnas.1618463114. PMC 5468678. PMID 28533395.
- 1 2 3 Dombrowski N, Williams TA, Sun J, Woodcroft BJ, Lee JH, Minh BQ, et al. (2020. augusztus). "Undinarchaeota illuminate DPANN phylogeny and the impact of gene transfer on archaeal evolution". Nature Communications. 11 (1): 3939. doi:10.1038/s41467-020-17408-w. PMC 7414124. PMID 32770105.
- 1 2 Yutian Feng, Uri Neri, Sean Gosselin, Artemis S Louyakis, R Thane Papke, Uri Gophna, Johann Peter Gogarten (2021). The Evolutionary Origins of Extreme Halophilic Archaeal Lineages. Oxford Academic.
- ↑ J. P. Euzéby. "Parvarchaeota". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Hozzáférés: 2021. június 27.
- ↑ Sayers; et al. "Parvarchaeota". Biotechnológiai Információk Nemzeti Központja (NCBI) taxonomy database. Hozzáférés: 2021. március 20.
- ↑ "GTDB release 08-RS214". Genome Taxonomy Database. Hozzáférés: 2021. december 6.
- ↑ "ar53_r214.sp_label". Genome Taxonomy Database. Hozzáférés: 2023. május 10.
- ↑ "Taxon History". Genome Taxonomy Database. Hozzáférés: 2021. december 6.