Metabolom

A metabolom egy biológiai mintában vagy egy élőlényben megtalálható kismolekulás metabolitok (anyagcseretermékek) összessége. Ide tartoznak a köztes anyagcseretermékek, hormonok és más jelzőmolekulák, másodlagos anyagcseretermékek, aminosavak, egyszerű cukrok stb. A kifejezést a transzkriptomika/transzkriptom, illetve proteomika/proteom mintájára képezték. A metabolom dinamikus, pillanatról pillanatra változik. Bár a metabolom jól meghatározható, jelenleg nem létezik egyetlen, átfogó analitikai módszer az összes metabolit meghatározására (lásd: metabolomika). 2007 januárjában az Albertai Egyetem és a Calgary Egyetem kutatói a Humán Metabolom Projekt keretében elkészültek az emberi metabolom vázlatos képével. Katalogizáltak és karakterizáltak az emberi szervezetben talált mintegy 2500 anyagcsereterméket, 1200 gyógyszerterméket és 3500 élelmiszer-összetevőt.

Kapcsolódó szócikkek

• Tumormetabolom
• Tömegspektrometria
• Fehérje-elektroforézis
• Fehérjeszekvenálás

További információk

Nézd meg a metabolom címszót a Wikiszótárban!

• Medical Online: Farmako-metabolomika
• Metabolomics journal
• Bioinformatics Journal
• The Human Metabolome Project Archiválva 2010. március 2-i dátummal a Wayback Machine-ben
• The Human Metabolome Database
• The Human Metabolite Library
• The Human Serum Metabolome Project (HUSERMET) Archiválva 2014. május 17-i dátummal a Wayback Machine-ben
• PDF of Reporting Standards for Metabolomic Studies
• Scientists complete human metabolome

Jegyzetek

Források

1. ↑ Első használata: Az irodalomban a „metabolome” első előfordulása: Oliver SG, Winson MK, Kell DB, Baganz F (1998. szeptember). "Systematic functional analysis of the yeast genome". Trends Biotechnol. 16 (9): 373–8. doi:10.1016/S0167-7799(98)01214-1. PMID 9744112. 2013. október 19. dátummal az eredeti címről archiválva. Hozzáférés: 2014. március 22.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
2. Az első metabolomikai témájú könyv: Harrigan, G. G. & Goodacre, R. (eds) (2003). Metabolic Profiling: Its Role in Biomarker Discovery and Gene Function Analysis. Kluwer Academic Publishers (Boston). ISBN 1-4020-7370-4. {{cite book}}: |author= has generic name (súgó)CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
3. Fiehn O, Kloska S, Altmann T (2001. február). "Integrated studies on plant biology using multiparallel techniques". Curr. Opin. Biotechnol. 12 (1): 82–6. doi:10.1016/S0958-1669(00)00165-8. PMID 11167078.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
4. Fiehn O (2001). "Combining Genomics, Metabolome Analysis, and Biochemical Modelling to Understand Metabolic Networks". Comp. Funct. Genomics. 2 (3): 155–68. doi:10.1002/cfg.82. PMC 2447208. PMID 18628911.

• Weckwerth W (2003). "Metabolomics in systems biology". Annu Rev Plant Biol. 54: 669–89. doi:10.1146/annurev.arplant.54.031902.135014. PMID 14503007.
• Goodacre R, Vaidyanathan S, Dunn WB, Harrigan GG, Kell DB (2004. május). "Metabolomics by numbers: acquiring and understanding global metabolite data". Trends Biotechnol. 22 (5): 245–52. doi:10.1016/j.tibtech.2004.03.007. PMID 15109811.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
• Wishart DS, Tzur D, Knox C, Eisner R, Guo AC, Young N, Cheng D, Jewell K, Arndt D, Sawhney S, Fung C, Nikolai L, Lewis M, Coutouly M-A, Forsythe I, Tang P, Shrivastava S, Jeroncic K, Stothard P, Amegbey G, Block D, Hau DD, Wagner J, Miniaci J, Clements M, Gebremedhin M, Guo N, Zhang Y, Duggan GE, MacInnis GD, Weljie AM, Dowlatabadi R, Bamforth F, Clive D, Greiner R, Li L, Marrie T, Sykes BD, Vogel HJ, Querengesser L (2007. január). "HMDB: the Human Metabolome Database". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D521–6. doi:10.1093/nar/gkl923. PMC 1899095. PMID 17202168.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
• Wishart DS, Knox C, Guo AC, Eisner R, Young N, Gautam B, Hau DD, Psychogios N, Dong E, Bouatra S, Mandal R, Sinelnikov I, Xia J, Jia L, Cruz JA, Lim E, Sobsey CA, Shrivastava S, Huang P, Liu P, Fang L, Peng J, Fradette R, Cheng D, Tzur D, Clements M, Lewis A, De Souza A, Zuniga A, Dawe M, Xiong Y, Clive D, Greiner R, Nazyrova A, Shaykhutdinov R, Li L, Vogel HJ, Forsythe I (2009. január). "HMDB: a knowledgebase for the human metabolome". Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D603–10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID 18953024.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
• Nicholson JK, Holmes E, Lindon JC, Wilson ID (2004. október). "The challenges of modeling mammalian biocomplexity". Nat. Biotechnol. 22 (10): 1268–74. doi:10.1038/nbt1015. PMID 15470467.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link). Hangsúlyozza az emberi szervezetben élő mikroorganizmusok szerepét az emberi metabolomban.
• van der Greef J, Stroobant P, van der Heijden R (2004. október). "The role of analytical sciences in medical systems biology". Curr Opin Chem Biol. 8 (5): 559–65. doi:10.1016/j.cbpa.2004.08.013. PMID 15450501.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: több név: szerzőfelsorolás (link)
  • Az analitikai tudományok fontossága az omikákban és a rendszerbiológia területén.
• Kell DB (2004. június). "Metabolomics and systems biology: making sense of the soup". Curr. Opin. Microbiol. 7 (3): 296–307. doi:10.1016/j.mib.2004.04.012. PMID 15196499.
• Dunn W.B., Ellis D.I. (2005). "Metabolomics: current analytical platforms and methodologies". Trends in Analytical Chemistry. 24 (4): 285–294. doi:10.1016/j.trac.2004.11.021.
• Ellis DI, Goodacre R (2006. augusztus). "Metabolic fingerprinting in disease diagnosis: biomedical applications of infrared and Raman spectroscopy". Analyst. 131 (8): 875–85. Bibcode:2006Ana...131..875E. doi:10.1039/b602376m. PMID 17028718.
  • Metabolomikai adatok mint rendszerbiológiai modellek bemeneti adatai