ORFeom

A molekuláris genetika területén az ORFeom egy genom nyitott leolvasási kereteinek (open reading frames, ORFs) összességét jelenti. A kifejezést alkalmazzák a klónozott ORF-ek egy halmazának leírására is. Az ORF-ek a géneket kódoló szekvenciáknak felelnek meg. A genom szekvenciái közül számítógépes programokkal lehet megkeresni őket, ilyen pl. a GENSCAN. Bár ez a baktériumok esetében könnyen megvalósítható, nem triviális a probléma az eukarióták genomjainál, az intronok és exonok jelenléte miatt.

A teljes ORFeomok használata a biológia új, rendszerszemléletű trendjének felel meg, ami omika néven foglalható össze. ORFeomokat használnak például a fehérje-fehérje interakciók vizsgálatánál is.

ORFeomok klónozása

A teljes ORF-állomány klónozása már számos élőlény esetében sikeres volt, köztük:

Az emberi ORFeomot egyelőre csak részlegesen sikerült előállítani.

Jegyzetek

  1. ↑ Ohara, O. (2009). "Reverse Chemical Genetics". Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). Methods in Molecular Biology. 577: 3–9. doi:10.1007/978-1-60761-232-2_1. ISBN 978-1-60761-231-5. PMID 19718504. {{cite journal}}: |chapter= ignored (súgó)
  2. ↑ Rajagopala, S. V.; Titz, B. R.; Goll, J.; Häuser, R.; McKevitt, M. T.; Palzkill, T.; Uetz, P. (2008). Hall, Neil (ed.). "The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – the Syphilis Spirochete". PLoS ONE. 3 (5): e2292. doi:10.1371/journal.pone.0002292. PMC 2386257. PMID 18509523.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)
  3. ↑ Uetz, P.; Rajagopala, S. V.; Dong, Y. A.; Haas, J. (2004). "From ORFeomes to Protein Interaction Maps in Viruses". Genome Research. 14 (10b): 2029–2033. doi:10.1101/gr.2583304. PMID 15489322.
  4. ↑ Viadas, C.; Rodríguez, M. C.; García-Lobo, J. M.; Sangari, F. J.; López-Goñi, I. (2009). "Construction and evaluation of an ORFeome-based Brucella whole-genome DNA microarray". Microbial Pathogenesis. 47 (4): 189–195. doi:10.1016/j.micpath.2009.06.002. PMID 19524659.
  5. ↑ Maier, C. J.; Maier, R. H.; Virok, D. P.; Maass, M.; Hintner, H.; Bauer, J. W.; Onder, K. (2012). "Construction of a highly flexible and comprehensive gene collection representing the ORFeome of the human pathogen Chlamydia pneumoniae". BMC Genomics. 13: 632. doi:10.1186/1471-2164-13-632. PMC 3534531. PMID 23157390.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link)
  6. ↑ Rajagopala, S. V.; Yamamoto, N.; Zweifel, A. E.; Nakamichi, T.; Huang, H. K.; Mendez-Rios, J.; Franca-Koh, J.; Boorgula, M.; Fujita, K.; Suzuki, K. I.; Hu, J. C.; Wanner, B. L.; Mori, H.; Uetz, P. (2010). "The Escherichia coli K-12 ORFeome: A resource for comparative molecular microbiology". BMC Genomics. 11: 470. doi:10.1186/1471-2164-11-470. PMC 3091666. PMID 20701780.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link)
  7. ↑ Brettin, T.; Altherr, M. R.; Du, Y.; Mason, R. M.; Friedrich, A.; Potter, L.; Langford, C.; Keller, T. J.; Jens, J.; Howie, H.; Weyand, N. J.; Clary, S.; Prichard, K.; Wachocki, S.; Sodergren, E.; Dillard, J. P.; Weinstock, G.; So, M.; Arvidson, C. (2005). "Expression capable library for studies of Neisseria gonorrhoeae, version 1.0". BMC Microbiology. 5: 50. doi:10.1186/1471-2180-5-50. PMC 1236931. PMID 16137322.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link)
  8. ↑ Labaer, J; Qiu, Q; Anumanthan, A; Mar, W; Zuo, D; Murthy, T. V.; Taycher, H; Halleck, A; Hainsworth, E; Lory, S; Brizuela, L (2004). "The Pseudomonas aeruginosa PA01 gene collection". Genome Research. 14 (10B): 2190–200. doi:10.1101/gr.2482804. PMC 528936. PMID 15489342.
  9. ↑ Brandner, C. J.; Maier, R. H.; Henderson, D. S.; Hintner, H.; Bauer, J. W.; Önder, K. (2008). "The ORFeome of Staphylococcus aureus v 1.1". BMC Genomics. 9: 321. doi:10.1186/1471-2164-9-321. PMC 2474624. PMID 18605992.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link)
  10. ↑ Fossum, E.; Friedel, C. C.; Rajagopala, S. V.; Titz, B. R.; Baiker, A.; Schmidt, T.; Kraus, T.; Stellberger, T.; Rutenberg, C.; Suthram, S.; Bandyopadhyay, S.; Rose, D.; Von Brunn, A.; Uhlmann, M.; Zeretzke, C.; Dong, Y. A.; Boulet, H.; Koegl, M.; Bailer, S. M.; Koszinowski, U.; Ideker, T.; Uetz, P.; Zimmer, R.; Haas, J. (2009). Sun, Ren (ed.). "Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks". PLoS Pathogens. 5 (9): e1000570. doi:10.1371/journal.ppat.1000570. PMC 2731838. PMID 19730696.{{cite journal}}: CS1 karbantartás: jelöletlen szabad DOI (link) CS1 karbantartás: oldalszám helyett cikk száma (link)
  11. ↑ Lamesch, Philippe (2007. március 1.). "hORFeome v3.1: A resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes". Genomics. 89 (3): 307–315. doi:10.1016/j.ygeno.2006.11.012. PMID 17207965. {{cite journal}}: Unknown parameter |coauthors= ignored (|author= suggested) (súgó)
  12. ↑ http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome 2011 Release