
I codici mesoamericani sono manoscritti che presentano tratti della tradizione pittorica indigena mesoamericana, per contenuto, stile o convenzioni simboliche.
Altra caratteristica importante è l'eventuale presenza di sistemi di scrittura mesoamericani, che tuttavia non è definitoria, in quanto alcuni codici possono anche consistere puramente di immagini pittoriche o cartografie prive di glifi, o viceversa di illustrazioni indigene accompagnate però da testi in alfabeti coloniali, introdotti dopo l'arrivo degli europei.
I tre principali raggruppamenti sono sicuramente i codici aztechi, i codici maya e i codici mixtechi, ma altri manoscritti altrettanto rilevanti furono prodotti anche da altre culture, come i tlaxcaltechi, i purépecha, gli otomi, gli zapotechi e i cuicatechi.
Il termine "codice" si diffuse nel XIX secolo per designare qualsiasi manoscritto pittorico nella tradizione mesoamericana. Tuttavia, a rigore, i manoscritti precolombiani non sono "codici", in quanto l'uso consolidato del termine in realtà denota un libro manoscritto su pergamena, papiro o altro materiale, cucito su un lato. I manoscritti precolombiani furono invece realizzati in formati diversi, di cui i principali sono:
Secondo Donald Robertson e John B. Glass, i primi studiosi a proporre un censimento esaustivo di tali documenti, si possono distinguere cinque categorie. La prima è quella dei codici pittorici tradizionali, numerati 1-599 nel loro catalogo. La seconda è quella dei dipinti e delle mappe provenienti dalle Relaciones Geográficas, insieme di questionari elaborati dalla burocrazia coloniale dell’Impero spagnolo durante il regno di Filippo II di Spagna (numeri 601-699). La terza categoria è quella dei manoscritti Techialoyan, manoscritti tardo-coloniali creati nel XVII secolo con l’intento di fungere da documenti legali per le comunità indigene, simili per stile e formato, nonché con una comune origine regionale (numeri 701-799). La quarta categoria è quella dei catechismi pittorici, noti anche come catechismi testeriani (numeri 801-899). La quinta categoria è quella dei pittorici falsificati. Infine, Robertson e Glass contemplano, ma non usano, la categoria di testi non pittorici che descrivono pittorici perduti (numeri 1000 e oltre), di cui esistono comunque esempi.
Oltre a questa classificazione primaria, i documenti possono essere ulteriormente classificati in base all’origine, alla regione e all’argomento. Quanto all’origine, i manoscritti possono distinguersi in precolombiani (come quelli del Gruppo Borgia), prodotti sotto patronato spagnolo (notevole esempio il codice Mendoza), coloniali indigeni (ad esempio, codice Xolotl) e coloniali misti (come il Lienzo de Tlaxcala). Per argomento, possono trattare di temi rituali o calendariali, storici, genealogici, cartografici, cartografico-storici, economici, etnografici o vari.
I manoscritti provengono da molte regioni: Messico occidentale (soprattutto Michoacán), Messico centrale (Città del Messico e Stato del Messico, Guerrero, Hidalgo, Morelos, Puebla, Tlaxcala e Veracruz), Oaxaca, Messico sudorientale (Chiapas e Yucatán) e Guatemala. Sono state identificate scuole regionali: la divisione classica per il Messico centrale fu proposta da Donald Robertson, che distinse le scuole di Tenochtitlan, Tlatelolco e Texcoco.
Questa categoria comprende la maggior parte dei pittorici mesoamericani precolombiani e coloniali, ed è di gran lunga la più nota e studiata. I manoscritti individuali in questa categoria sono numerosi, 434 nel censimento originale di Robertson e Glass, e il loro numero continua a crescere grazie alla scoperta di nuovi codici tradizionali indigeni in villaggi messicani. Un esempio recente è il codice Cuaxicala, documento pittorico del XVI secolo conservato attualmente dalla comunità omonima di Huachinango, Puebla. Un elenco dei manoscritti più rappresentativi di questa categoria è il seguente:
All’interno di queste categorie esistono sottogruppi di codici affini per tema o derivanti da un prototipo comune. Tra i più famosi:

Questo gruppo comprende i dipinti e le illustrazioni delle Relaciones Geográficas, una serie di documenti prodotti a seguito di questionari distribuiti nei territori sotto la giurisdizione di Filippo II di Spagna negli anni 1579–1585. Oltre ai dati storici, etnologici e geografici, le Relaciones includono spesso una serie di dipinti e mappe, alcune delle quali mostrano elementi della tradizione cartografica indigena.

I manoscritti Techialoyan sono un gruppo di manoscritti indigeni messicani che prendono il nome dal Codice di San Antonio Techialoyan. Furono prodotti nel XVIII secolo e rivelano elementi comuni, come l’uso della carta di amate, glosse alfabetiche in nahuatl, lo stile artistico, la finalità giuridica e l’origine in vari villaggi nello Stato e nella valle del Messico. Furono classificati per primi da Robert Barlow. Alcuni furono realizzati da artisti indigeni locali per essere riconosciuti come documenti legali dall’amministrazione coloniale spagnola, ma furono giudicati falsi. Un esempio eminente è il Codice García Granados.
I catechismi pittorici, noti anche come manoscritti testeriani, sono documenti contenenti preghiere, articoli di fede o qualunque parte del catechismo cattolico, disegnati o scritti tramite immagini mnemoniche o geroglifici ad hoc. Sono detti “testeriani” perché un tempo si pensava fossero un’invenzione del frate francescano Jacobo de Testera; tuttavia, la maggior parte dei documenti di questa tradizione non è legata a Testera, che non fu nemmeno il primo frate a impiegarli. Per questo motivo, alcuni studiosi li considerano una creazione indigena piuttosto che spagnola. Di conseguenza, l’uso del termine è stato evitato nei lavori accademici recenti. In ogni caso, i catechismi pittorici formano un gruppo ben definito, caratterizzato dall’uso di un nuovo repertorio iconografico e geroglifico non collegato a quello delle culture mesoamericane. A causa dello stato frammentario e disperso dei manoscritti, molti dei quali non sono ancora nemmeno denominati individualmente, lo studio di questo gruppo è ancora agli inizi. Tra i lavori rilevanti si segnalano quelli di Galarza, Anne Whited Normann e Hill-Boone.
Questa categoria comprende falsi creati nel XIX e XX secolo per ingannare istituzioni e collezionisti sulla loro autenticità. Variano sensibilmente per contenuti, materiali e tecniche. Alcuni sono puramente fantastici, mentre altri combinano stili e fonti indigene disparate. I materiali vanno dalla carta di amate, alle fibre di agave, pergamene, stoffe, pelli animali e persino fibra di cocco. Tra gli esempi notevoli figurano il Codex Moguntiacus, il Codice di Lieberec e il Codice Hall. Infine, alcuni documenti emersi di recente, come il Codice Cardona, attendono ancora di essere confermati come falsi, manoscritti Techialoyan o veri pittorici tradizionali.
I manoscritti non pittorici che descrivono pittorici indigeni perduti sono rari; questa categoria era stata contemplata ma non utilizzata da Glass e Robertson in origine, ma negli ultimi anni sono emersi documenti di questo tipo. Un esempio è il Codice Cabezón, copia testuale del Codice Tudela che non fu mai illustrata, e il Codice Fiestas, copia del perduto pittorico Libro de Figuras, sebbene il primo contenga alcuni schizzi di illustrazioni mai completati.

Sussiste una controversia accademica sulla relazione che in questi documenti intercorre tra immagini e scrittura. Mentre la polemica è stata risolta per i maya, il cui sistema di scrittura è stato ormai confermato come logo-sillabico, la relazione tra immagine e scrittura nei manoscritti mesoamericani non maya, che costituiscono la grande maggioranza di questi documenti, non ha ancora raggiunto un consenso accademico. Gli specialisti attuali sono divisi tra prospettive grammatologiche, che considerano questi documenti una miscela di iconografia e scrittura propriamente detta, e prospettive semasiografiche, che li considerano un sistema di comunicazione grafica che ammette la “glottografia”, ovvero una rappresentazione del linguaggio solo limitata. Quanto all’affiliazione linguistica, il problema è aggravato dal fatto che alcuni dei più importanti tra questi documenti sono impossibili da assegnare a una particolare lingua, per la mancanza di un fonetismo riconoscibile (come nel Codice Borgia), mentre altri sembrano illustrare resoconti spagnoli anziché indigeni (come il Codice Magliabechiano), o sono un miscuglio di glosse alfabetiche spagnole e indigene in scrittura geroglifica indigena (come il Codice Mendoza). Pertanto, la classificazione di Glass e Robertson non prese posizione nella controversia tra pittografia e scrittura geroglifica, così come rispetto all’affiliazione linguistica di questi documenti.