Ha iniziato la sua attività politica nella Sinistra Giovanile, organizzazione giovanile dei Democratici di Sinistra (DS), nelle periferie palermitane (soprattutto a San Filippo Neri - ex Zen), occupandosi delle scuole della zona e ricoprendo il ruolo di senatore accademico.
Nell'autunno 2001 è stato tra i sostenitori della mozione congressuale che porta all'elezione di Piero Fassino a segretario. A novembre è eletto consigliere comunale a Palermo con 1.591 voti, venendo riconfermato nel 2007 con oltre 3.000 preferenze, quando diventerà anche presidente della Commissione trasparenza. Si è occupato dell'edilizia scolastica palermitana..
Nel 2007 Faraone aderisce allo scioglimento dei DS, sancito dal congresso di quell'anno, e la sua confluenza nel Partito Democratico (PD), dove alle primissime elezioni primarie di quell'anno ha sostenuto la mozione di Walter Veltroni, venendo eletto all'Assemblea nazionale del partito, e si candida a segretario provinciale di Palermo, non riuscendo tuttavia a diventarlo per pochi voti.
Dal 2009 al 2012 ha ricoperto l'incarico di capogruppo del Partito Democratico al Comune di Palermo, svolgendo, in questa veste, un ruolo di primo piano nella battaglia ostruzionista condotta in Consiglio comunale contro l'aumento della Tarsu, presentando da solo più di 1500 emendamenti.
È stato tra gli organizzatori della Leopolda e si deve a lui la scelta del nome “Big Bang”, titolo della seconda kermesse fiorentina. Nel 2013 fonda ed è presidente di “Big Bang Sicilia”, associazione politico-culturale che si propone di animare la riflessione pubblica e alimentare la discussione sui principali nodi dell'innovazione politica ed economica dell'isola.
Nell'ambito del suo incarico, Faraone presiede l'Osservatorio dell'Edilizia Scolastica, previsto dalla legge 23/1996 ma non convocato per circa 20 anni, una cabina di regia con compiti di indirizzo strategico e di programmazione degli interventi di edilizia scolastica in base alle priorità che emergono dall'Anagrafe per l'edilizia scolastica, pubblicata per la prima volta nell'estate del 2015. Faraone ha pubblicato il libro “Sottosopra. Come rimettere la Sicilia sulle sue gambe” con la casa editrice Donzelli, un atto di denuncia del malcostume che ha portato l'isola alla stagnazione, ma anche una silloge di proposte per il futuro, per rilanciare la regione e programmare assi di ripresa.
Tra le deleghe di Faraone, anche quella che riguarda la disabilità, un'attenzione che si è tradotta in una battaglia contro gli abusi della legge 104 nel mondo della scuola e in un intervento per migliorare il sistema di inclusione dei disabili nelle scuole italiane grazie alla delega della legge 107/2015 per il sostegno.
Sottosegretario alla salute
Con la nascita del governo presieduto da Paolo Gentiloni, il 29 dicembre 2016 viene nominato sottosegretario di Stato al Ministero della Salute, in sostituzione di Vito De Filippo (cha a sua volta prende il posto di Faraone), rimanendo in carica fino al 1º giugno 2018.
Alle primarie del PD del 2017 sostiene la mozione del segretario uscente Renzi, assieme a quasi tutti gli esponenti PD dei governi Renzi e Gentiloni, che risulterà vincente con il 69,17% dei voti.
Il 23 dicembre 2018 Faraone viene eletto segretario regionale del Partito Democratico in Sicilia, al termine di un congresso segnato da numerose proteste, denunce di irregolarità e dal ritiro della sfidante Teresa Piccione.
Il 19 luglio 2019 la Commissione nazionale di garanzia del Partito Democratico, con tre voti favorevoli e due contrari, annulla il congresso del dicembre 2018, facendo decadere Faraone dalla carica.
Il 20 novembre 2021, durante la Leopolda, l'incontro annuale organizzato da Matteo Renzi, annuncia di volersi candidare a sindaco di Palermo alle prossime amministrative, dove Italia Viva ha stretto un patto con Forza Italia. Ma nell'aprile 2022 annuncia il ritiro della sua candidatura in favore di Roberto Lagalla, che successivamente diventa il candidato del centro-destra palermitano.
Faraone è padre di Sara, una ragazza autistica. Dopo un'iniziale fase di riservatezza, decise di uscire allo scoperto, con un'intervista al Corriere della Sera, per poter diventare punto di riferimento nei confronti delle famiglie e dei genitori che condividono la stessa esperienza e per poter intervenire pragmaticamente per migliorare la qualità della vita di chi è affetto da disturbi dello spettro autistico.
Nel 2015 diviene presidente della Fondazione Italiana Autismo (FIA), una onlus nata in quello stesso anno per promuovere, sostenere e potenziare le attività di ricerca, istruzione, formazione, riabilitazione e cura nell’ambito delle disabilità ed in particolare dei disturbi dello spettro autistico. Annualmente[senzafonte], in occasione della Giornata Mondiale della Consapevolezza sull’Autismo (2 aprile) la FIA, in collaborazione con la Rai, organizza una settimana dedicata al disturbo, con spazi di approfondimento nei principali programmi delle Reti e una raccolta fondi da destinare a progetti a sostegno di persone affette da autismo e dalle loro famiglie. Eleonora Daniele, giornalista italiana e conduttrice televisiva, è stata testimonial dell'iniziativa del 2016.
Vicende giudiziarie
Nel 2014 viene indagato dalla procura di Palermo, insieme ad altri 82 deputati su 90 dell'ARS, nell'inchiesta "Spese pazze" nella Regione Siciliana. La sua posizione è stata stralciata dalla procura, che ne ha chiesto l'archiviazione, nel luglio 2015. Il 22 luglio 2017 il GUP ha archiviato l'inchiesta e prosciolto Faraone.
Opere
Sotto sopra. Come rimettere la Sicilia sulle sue gambe, Roma, Donzelli Editore, 2016
Con gli occhi di Sara. Un padre, una figlia e l'autismo, Soveria Mannelli, Rubbettino, 2019
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