Il Draft WNBA 1999 fu il terzo draft tenuto dalla WNBA e si svolse in quattro fasi. Nella prima (15 settembre 1998), chiamata Initial expansion player allocation, 2 giocatrici vennero assegnate alle due squadre appena entrate nella lega, senza alcun ordine particolare. Nella seconda (6 aprile 1999), si svolse un Expansion draft, sempre a vantaggio delle due nuove squadre. Nella terza (3 maggio 1999), chiamata Post expansion player allocation, altre 2 giocatrici vennero assegnate alle due nuove squadre. Nella quarta (4 maggio 1999) si tenne il draft vero e proprio.
| Scelta | Giocatrice | Nazionalità | Squadra WNBA | College/Squadra di club |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Kristin Folkl (F) | Minnesota Lynx | Stanford Cardinal | |
| 2 | Nykesha Sales (G/F) | Orlando Miracle | UConn Huskies |
| Scelta | Giocatrice | Nazionalità | Nuova squadra | Vecchia squadra |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Brandy Reed (F) | Minnesota Lynx | Phoenix Mercury | |
| 2 | Andrea Congreaves (F) | Orlando Miracle | Charlotte Sting | |
| 3 | Kim Williams (G) | Minnesota Lynx | Utah Starzz | |
| 4 | Kisha Ford (G) | Orlando Miracle | New York Liberty | |
| 5 | Octavia Blue (G) | Minnesota Lynx | Los Angeles Sparks | |
| 6 | Yolanda Moore (F) | Orlando Miracle | Houston Comets | |
| 7 | Adia Barnes (F) | Minnesota Lynx | Sacramento Monarchs | |
| 8 | Adrienne Johnson (G) | Orlando Miracle | Cleveland Rockers |
| Scelta | Giocatrice | Nazionalità | Squadra WNBA | College/Squadra di club |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Katie Smith (F) | Minnesota Lynx | Ohio St. Buckeyes (dalle Columbus Quest, ABL) | |
| 2 | Shannon Johnson (G/F) | Orlando Miracle | S.C. Gamecocks (dalle Columbus Quest, ABL) |
| Giocatrici selezionate per l'all-star game WNBA |