Originario della Vallemaggia, studiò a Milano, Berlino e Monaco. Si laureò con una tesi sui movimenti giovanili e le ideologie pedagogiche in Germania tra il 1890 e il 1930. Dal 1959 al 1968 fu consulente letterario alla Feltrinelli, passando negli anni del terrorismo a Il Saggiatore e poi alla Bompiani. Trasferitosi a Roma nel 1976, collaborò per dodici anni con "La Repubblica", curando le pagine culturali. Una selezione dei quasi cinquecento articoli scritti per il quotidiano venne pubblicata da Einaudi, nel 1990, in una raccolta dal titolo La verità del gatto, con una introduzione di Umberto Eco.
Oltre all'attività di giornalista e traduttore, Filippini scrisse alcuni racconti che riscossero notevole successo di critica e pubblico, pubblicati da Feltrinelli nel 1991 in un volume dal titolo L'ultimo viaggio. Collaborò inoltre con la RAI (tra l'altro al Berlin Alexanderplatz di Rainer Werner Fassbinder, e a programmi su Weimar, Simone Weil, George Orwell ecc.)
Nel 2003 è stata pubblicata Byron & Shelley: un'amicizia eterna, una sua sceneggiatura televisiva, che non fu mai portata sullo schermo.
Le sue carte sono conservate nella Biblioteca cantonale di Locarno.
Opere
Germania. Repubblica federale e Berlino, Milano: Touring club italiano, 1983 (con foto di fotografie di Gianni Berengo Gardin)
La verità del gatto. Interviste e ritratti 1977-1987, a cura di Federico Pietranera, introduzione di Umberto Eco, Torino: Einaudi, 1990 ISBN 88-06-11622-3
Guglielmo Volonterio, Il delitto di essere qui. Enrico Filippini e la Svizzera, prefazione di Fulvio Papi, Milano: Feltrinelli, 1996 (contiene inediti) ISBN 88-07-42077-5
Frammenti di una conversazione interrotta. Interviste 1976-1987, a cura di Alessandro Bosco, Roma: Castelvecchi, 2013 ISBN 978-88-7615-967-1
L'ultimo viaggio, a cura di Alessandro Bosco, nuova ed. rivista e accresciuta, Milano: Feltrinelli, 2013 ISBN 978-88-07-88283-8
Marino Fuchs, Enrico Filippini editore e scrittore. La letteratura sperimentale tra Feltrinelli e il Gruppo 63, Roma: Carocci, 2018 (contiene inediti) ISBN 978-88-4308-957-4
Edoardo Sanguineti, Enrico Filippini, Cosa capita nel mondo. Carteggio 1963-1977, a cura di Marino Fuchs, Milano-Udine, Mimesis, 2018 ISBN 978-88-5754-885-2