Berneke inizia la sua carriera lavorando come consulente presso la multinazionale McKinsey. Nel 2007 entra in TDC, la principale compagnia di telecomunicazioni danese, ricoprendo in principio il ruolo di responsabile della strategia di una sussidiaria, e in seguito quello di vicepresidente esecutiva fino al 2014. Nel marzo 2014 è diventata amministratrice delegata di KMD, che sotto la sua guida l'azienda si è affermata come principale azienda danese nell'ambito di software e soluzioni IT multisettoriali, in seguito diventata filiale del gruppo giapponese NEC. Berneke è membro del consiglio di amministrazione di due iconiche aziende danesi, LEGO e Vestas (produttrice di turbine eoliche), nonché della Banca nazionale danese e dell'università francese École polytechnique.
Eutelsat
Il 1° gennaio 2022 assume la direzione della società satellitare francese Eutelsat. La sua missione principale è quella di facilitare la transizione dell'azienda dalla sua attività principale (la trasmissione "video" per le redazioni dei canali televisivi) alla connettività (Internet e servizi alle imprese, alle amministrazioni, all'esercito e alla ricerca). Ritiene che l'industria spaziale tradizionale basata sui satelliti geostazionari, di cui Eutelsat è uno dei principali rappresentanti, sia compatibile con la nuova generazione di satelliti "a costellazione" come OneWeb, di cui Eutelsat è diventata azionista nel 2021 e che dispiega una costellazione senza precedenti di 650 mini-satelliti in orbita bassa per fornire servizi Internet.
Due mesi dopo aver assunto l'incarico di amministratrice delegata di Eutelsat, Berneke si è trovata ad affrontare una grave crisi per l'azienda dettata dall'invasione russa dell'Ucraina: la Russia rappresentava infatti un mercato importante per l'azienda francese, generando il 6,3% del suo fatturato nel periodo 2020/2021. OneWeb, sussidiaria impegnata nel settore della connessione a banda larga satellitare, è stata costretta ad annullare il lancio di 36 satelliti a bordo di un razzo Sojuz ruzzo in seguito alla richiesta da parte dell'agenzia spaziale russa Roscosmos di garantire che la tecnologia non sarebbe stata utilizzata per scopi militari e che il governo britannico avrebbe venduto la sua quota nella società. Il 26 luglio 2022, Eutelsat ha annunciato la firma di un accordo con OneWeb che prevede la fusione delle due società durante il primo semestre del 2023.
Eutelsat ha deciso di mantenere i rapporti commerciali con due piattaforme di pay-tv russe, NTV Plus e Trikolor, che trasmettono i principali canali statali (Rossija 1, Pervij Kanal ed NTV). Questa decisione ha ricevuto ampie critiche dai media ucraini e danesi, che hanno accusato sia l'azienda che Berneke stessa di facilitare e supportare la propaganda russa. Berneke ha risposto alle critiche invocando la neutralità cui è tenuta la sua azienda e indicando che spetta alle autorità di regolamentazione francesi ed europee prendere decisioni sulle possibili sanzioni nei confronti delle due piattaforme.
A fine giugno 2025 lascia la direzione a Jean-François Fallacher.
