Allenatore
Dopo aver allenato le formazioni giovanili, nel 2002 viene nominato vice allenatore dell'Al-Ahly. Il 22 giugno 2009 diventa tecnico dell'Al-Ahly, guidando la squadra alla vittoria del campionato e della Supercoppa d'Egitto. Si dimette dall'incarico il 22 novembre 2010 dopo la sconfitta per 3-1 subita contro l'Ismaily. Il 4 dicembre 2010 si accorda con l'Al-Merrikh in Sudan, conducendo la squadra alla vittoria del titolo nazionale.
Il 21 maggio 2012 sostituisce Manuel José sulla panchina dell'Al-Ahly. Il 17 novembre gli egiziani si laureano campioni d'Africa per la settima volta nella storia. Per El-Badry si tratta del primo successo continentale da allenatore. Il 7 maggio 2013 lascia la squadra per accordarsi con l'Al-Ahly Tripoli, in Libia.
Il 5 dicembre 2013 viene nominato CT dell'Egitto Under-23. Il 12 dicembre 2015, dopo aver mancato l'accesso alle Olimpiadi di Rio, viene sollevato dall'incarico. Il 24 agosto 2016 viene chiamato alla guida dell'Al-Ahly per la terza volta. Il 15 maggio 2018 rassegna le proprie dimissioni, dopo aver guidato la squadra alla vittoria di due campionati, una Coppa d'Egitto e una Supercoppa d'Egitto. Il 20 settembre 2019 l'EFA ne ufficializza la nomina a CT della nazionale egiziana. Il 6 settembre 2021 viene esonerato.
Il 13 luglio 2022 firma un contratto annuale con l'ES Sétif, nel campionato algerino. Nonostante un avvio di stagione positivo, il 20 novembre risolve consensualmente il contratto con il club. La causa principale è la profonda crisi finanziaria che impedisce al club di onorare gli impegni economici con lo staff e i giocatori. Il 25 marzo 2023 assume la guida tecnica dello Sfaxien. Il rapporto con la società tunisina si interrompe il 28 luglio successivo con le sue dimissioni, arrivate dopo la sconfitta contro l'Al-Shorta nella Coppa dei Campioni araba. Il 3 agosto viene ingaggiato dall'Al-Zawraa, formazione impegnata nel campionato iracheno. Il 2 aprile 2024 si dimette dall'incarico per motivi personali, con la squadra al quinto posto in classifica.
Il 21 marzo 2025 torna alla guida dell'Al-Ahly Tripoli, dopo l'esperienza del 2013. Sotto la sua gestione il club conquista il treble domestico, aggiudicandosi il campionato, la Coppa di Libia e la Supercoppa. Nel marzo 2026 la squadra stabilisce il record nazionale di imbattibilità con 42 partite consecutive senza sconfitte, superando il primato dell'Al-Wahda che resisteva dal 1992. La striscia positiva si interrompe nel mese di aprile contro l'Asswehly.
Dirigente
Nel 2018 è divenuto presidente del Pyramids, incarico che ha mantenuto fino all'anno successivo.
Egitto
Al-Ahly Tripoli
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