Nato a Sainte-Perpétue, nel Quebec, a 10 anni Houle si avvicina inizialmente al triathlon, insieme a suo fratello, prima di dedicarsi al ciclismo all'età di 16 anni.
Dopo aver terminato gli studi, firma il suo primo contratto da professionista con il team canadese SpiderTech–C10. Con questa squadra, nel 2012 Houle vince la classifica generale del Tour de Québec. Sempre nel 2012 conclude in terza posizione i Campionati nazionali canadesi a cronometro, oltre a finire quarto nella gara in linea under 23 ai Campionati del mondo su strada.
Nello stesso anno, alla fine della stagione, la squadra SpiderTech–C10 si scioglie e Houle è passa alla squadra professionistica francese Ag2r–La Mondiale. Durante questo periodo, gareggia due volte al Giro d'Italia e una volta alla Vuelta a España. Ha anche vinto la cronometro ai Giochi Panamericani e ai campionati nazionali canadesi di cronometro nel 2015. Nel 2016, in occasione delle Olimpiadi a Rio de Janeiro, viene convocato nella squadra canadese.
Nel 2018 Houle firma per l'Astana con la quale partecipa al suo primo Tour de France nel 2019. Nel settembre dello stesso anno prolunga il suo contratto con l'Astana fino al 2022. Nel 2020 prende parte alle Olimpiadi di Tokyo.
Nel 2022 Houle firma per la squadra Israel-Premier Tech con un contratto di tre anni; partecipa in seguito nel luglio 2022, al Tour de France, vincendo la 16ª tappa.