Dopo venticinque anni in magistratura, venne rimosso dall'ordine giudiziario nel 2020, a seguito di una decisione del CSM, confermata in via definitiva dalla sezioni unite della Corte di Cassazione nel 2021.
Contro tale decisione ha annunciato l'intenzione di presentare richiesta di revisione per violazione dell'imparzialità del giudizio.
Nel giugno 2020, a seguito dei procedimenti giudiziari in corso, l'ANM decide la sua espulsione dall'organismo associativo. Nell'ottobre 2020, per decisione del CSM, gli viene inflitta la pena più severa prevista dalla giustizia disciplinare, e viene radiato dalla magistratura. Il 4 agosto 2021 le sezioni unite della Corte di cassazione hanno confermato in via definitiva la radiazione nei confronti della quale, ha annunciato il ricorso allo strumento della revisione.
Il 6 giugno 2021 annuncia la sua candidatura alla Camera dei deputati, nelle elezioni suppletive del collegio uninominale di Roma Monte Mario-Primavalle con la Lista Palamara, ottiene il 6% senza essere eletto. Il 9 maggio 2022 annuncia la sua candidatura alle prossime elezioni politiche con un nuovo soggetto politico, denominato Oltre il sistema, di dichiarata ispirazione garantista. Due mesi dopo conferma la sua discesa in campo dopo la caduta del governo Draghi e con le elezioni fissate per il 25 settembre. Il simbolo di Oltre il sistema prima viene escluso e poi riammesso alla competizione elettorale. Non essendo riuscita a raccogliere le firme necessarie, la compagine di Palamara non partecipa alle elezioni ma Francesco Piro, consigliere regionale della Basilicata e uno dei fondatori di Oltre il sistema, viene candidato per il Senato come capolista di Forza Italia nel collegio plurinominale della Basilicata senza essere eletto. Alle elezioni europee del 2024 Palamara è il capolista di Alternativa Popolare nella circoscrizione Italia centrale. Raccoglie circa 1.000 preferenze personali e la lista non supera la soglia di sbarramento.
Grande tifoso della Roma, nell'aprile 2025 riceve un riconoscimento a Roma in Campidoglio nell'ambito del Premio “Sette Colli”.
Controversie
A partire dal 2019 la stampa riporta notizie su inchieste giudiziarie che lo riguardano, in particolare sul suo ruolo di mediatore tra le correnti della magistratura, nello specifico, nell'assegnazione di incarichi di rilievo, come quello di procuratore della Repubblica. Palamara riconosce di aver rivestito questo ruolo in un'intervista rilasciata al giornalista Massimo Giletti durante la trasmissione Non è l'Arena del 31 maggio 2020, sostenendo che erano in molti a fare da mediatori e che i mediatori agivano all'interno del sistema delle correnti in magistratura.
Durante l'intervista Palamara dichiara: "Sono qui perché ho il dovere di chiarire tutto. Non ho inventato io le correnti. Essere identificato come male assoluto può fare comodo a qualcuno. Io mediavo tra le singole correnti dell'Anm. Non esisteva solo un unico Palamara, esistevano tanti mediatori. Mi chiamavano tantissime persone, avevo una funzione di rappresentanza, ero diventato una figura di riferimento per molti colleghi, ma non per fare cose illecite. E questo ha partorito nomine di magistrati di assoluto livello. Tutti erano frutto di un accordo". E ha aggiunto: "I posti di procuratore della Repubblica sono molto ambiti, sono posti di potere. È vero che il sistema delle correnti penalizza chi non vi appartiene. Negare che le correnti siano una scorciatoia è una bugia. Le correnti della magistratura nel CSM hanno un peso preponderante. Il politico dall'esterno non può incidere sui magistrati, ma questo sistema favorisce una commistione".
Il ruolo svolto da Palamara all'interno del sistema delle correnti della magistratura è emerso dall'intercettazione di sue conversazioni captate da un trojan inoculato dagli inquirenti sul suo smartphone. Da tali vicende prende le mosse il libro-intervista Il Sistema. Potere, politica, affari: storia segreta della magistratura italiana, da lui realizzato con il giornalista Alessandro Sallusti e portato in scena a teatro da Edoardo Sylos Labini.. Il libro risulterà tra i più venduti in Italia totalizzando la somma di 250.000 copie vendute. A questa pubblicazione faranno seguito il libro-intervista Lobby e Logge. Le cupole occulte che controllano il sistema e divorano l’Italia e nel gennaio del 2026 Il sistema colpisce ancora sempre della casa editrice Rizzoli.
Procedimenti giudiziari
Nel 2019 viene indagato per corruzione e per fuga di informazioni all'interno del Consiglio Superiore della Magistratura. L'accusa iniziale di aver ricevuto 40.000 euro in cambio della nomina del magistrato Giancarlo Longo alla procura di Gela, sulla base della quale il GIP di Perugia autorizzava l'utilizzo di un trojan informatico, viene immediatamente archiviata dagli stessi inquirenti.
Nell'ottobre 2020 la procura della Repubblica di Perugia ha chiesto il suo rinvio a giudizio per presunti episodi di corruzione. Nel corso dell'udienza preliminare del febbraio 2021 la procura ha modificato il capo d'imputazione contestandogli anche i reati di corruzione per un atto contrario ai doveri d'ufficio e corruzione in atti giudiziari. Nel marzo 2021 viene inoltre chiesto dalla procura della Repubblica di Perugia il suo rinvio a giudizio, insieme all'ex procuratore generale della Cassazione Riccardo Fuzio, con l'accusa di concorso in rivelazione e utilizzazione di segreti d'ufficio.
Il 23 luglio 2021 il giudice dell'udienza preliminare lo ha rinviato a giudizio per tutti i capi di imputazione contestatigli dalla procura della Repubblica di Perugia, fissando l'inizio del processo al 15 novembre 2021. In un ulteriore procedimento giudiziario il 9 maggio 2022 la procura della Repubblica di Perugia ha depositato la conclusione delle indagini, contestandogli nuovi episodi di presunta corruzione. All'udienza del 17 aprile 2023 nel pieno svolgimento dell'udienza dibattimentale, l'ufficio del pubblico ministero riqualifica tutte le originarie accuse di corruzione trasformandole nella meno grave ipotesi di traffico di influenze illecite ex art. 346 bis c.p..
Il 10 luglio 2024 viene assolto dalle accuse di abuso d’ufficio "perché il fatto non sussiste", e da quella di concorso in rivelazione ed utilizzazione di segreti d'ufficio "per non aver commesso in fatto".
Patteggiamento per traffico di influenze illecite (2023)
