Dal 1992 ha ricoperto a livello regionale e provinciale diversi incarichi connessi alle attività di educazione motoria, fisica e sportiva.[senzafonte] È stato allenatore della squadra di basket di Gallarate. Dal 2001 è stato Coordinatore di Educazione Fisica e Sportiva del Provveditorato agli studi di Varese.
Dal 2007 è stato Coordinatore per l’Ufficio scolastico regionale per la Lombardia. Fino al 2011 è stato dirigente scolastico dell'istituto comprensivo di Corbetta. Dal 2014 fino alla nomina a Ministro è stato dirigente dell’ufficio scolastico territoriale di Milano (ora ambito territoriale).
Il 1º giugno 2018 è diventato ministro dell'istruzione, dell'università e della ricerca nel Governo Conte I.
Il 5 settembre 2019 ha cessato dalle funzioni ministeriali con il giuramento del Governo Conte II. È dunque tornato Dirigente dell’Ufficio scolastico regionale della Lombardia, responsabile degli Ordinamenti e delle politiche per gli studenti, e dell’Ufficio Territoriale di Como.
Dall'agosto 2023 è stato direttore dell'Ufficio scolastico regionale del Veneto.
Controversie
Rimborsi per i viaggi come ministro
Nell'ottobre del 2019 un'inchiesta di Repubblica ha denunciato che Bussetti, durante i 15 mesi del mandato da ministro, avrebbe ottenuto rimborsi delle spese di viaggio per oltre 25 mila euro, per un totale di 133 missioni, di cui 80 senza motivazione con destinazioni in Lombardia. Da più fronti politici sono dunque state richieste verifiche sulle spese da ministro.
Nel novembre 2019 il ministero della pubblica istruzione ha contestato a Bussetti di aver chiesto rimborsi per 44 viaggi a scopo privato, nel periodo in cui era ministro, ed ha dunque chiesto di restituire i soldi ottenuti.
Nomine a fine mandato
Nell'agosto del 2019 Bussetti venne contestato perché, pochi giorni prima di lasciare la guida del ministero dell'istruzione, effettuò le nomine dei direttori generali degli Uffici scolastici regionali di Lombardia, Liguria, Lazio e Molise, suscitando qualche sospetto di conflitti di interessi. Queste nomine vennero bloccate qualche giorno dopo, per irregolarità nella procedura.
La condanna di Repubblica
Nell'ottobre 2023Repubblica è stata condannata in primo grado a un risarcimento di 10.500 nei confronti dell'ex ministro, in quanto negli articoli del 2019 si sosteneva che, fra i viaggi per i quali Bussetti avrebbe ottenuto il rimborso, vi fosse un volo verso la Costa Azzurra del 18 giugno 2018, in concomitanza con un presunto consiglio dei ministri che Bussetti avrebbe disertato, ma tali fatti sono risultati privi di «qualsiasi prova». Scriveva il giudice Nicola Cosentino: "Il racconto difetta qualsiasi prova non solo di verità storica del fatto ma anche di verosimiglianza".
Risale a fine gennaio 2026 la notizia, pubblicata anche da Libero, del rigetto della Cassazione del ricorso presentato dal gruppo GEDI (editore di Repubblica) contro la condanna in Appello. I giudici hanno dato ragione all'ex ministro.
Consulenza per la Presidenza del Consiglio
Nel luglio 2025 il settimanale L'Espresso (anch'esso del gruppo GEDI come Repubblica) in un articolo a firma di Sergio Rizzo ha lamentato il fatto che Bussetti, mentre è direttore dell'Ufficio scolastico regionale del Veneto, percepirebbe 47 mila euro lordi annui per essere consulente della Struttura di missione per gli anniversari di interesse nazionale, organo della Presidenza del Consiglio dei ministri.
Opere
Marco Bussetti (a cura di), Imparare giocando: vademecum di giochi per la scuola primaria, Milano, Libreria dello Sport, 2011, p.83, ISBN978-88-6127-027-5.
