A causa delle leggi razziali del 1938 dovette lasciare la cattedra di Palermo, ma riuscì a pubblicare articoli con l'aiuto dell'amico Luigi Vigliani. Dopo lo sfollamento a Vico Canavese gli riuscì di venir accettato come "rifugiato" in Svizzera, dove insieme ad altri professori universitari "rifugiati internati" partecipò all'organizzazione di corsi per universitari "rifugiati".
Diresse la collana "Classici italiani" della UTET e fu presidente del Comitato Nazionale per la pubblicazione delle Opere di Ugo Foscolo.
Formatosi alla scuola di Croce, possedette sempre una forte impronta storicistica e seppe integrare il suo metodo con gli strumenti della stilistica (cfr. Critica e poesia). La critica si configura, per il Fubini, come una doppia esplorazione: «dal cerchio al centro e dal centro al cerchio», come una indagine che miri ad una interpretazione centrale di ogni autore studiato, valendosi volta per volta dell'accertamento filologico e di quello stilistico, ma assegnando a tali ricorsi una funzione puramente strumentale.
Fra i suoi studi si ricordano in particolare quelli su Foscolo, Alfieri, Giambattista Vico (cfr. Stile e umanità di Giambattista Vico) e sul romanticismo italiano.
Con Ettore Bonora, diresse la Antologia della critica letteraria in 4 volumi (Torino: Petrini, 1952-1960 e edizioni successive) e l'Antologia della critica dantesca (ivi, 1966 e ed. successive).
↑"Le Muse", De Agostini, Novara, 1965, vol. 5, pag. 132.
Bibliografia
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Critica e storia letteraria: studi offerti a Mario Fubini, Liviana, Padova 1970
Mario Marti, "Mario Fubini: 18 marzo 1900 - 29 giugno 1977", in Giornale storico della letteratura italiana, CLIV, 487, 1977, pp. 323-345 (commemorazione)
Emilio Bigi, "Gli studi sul Settecento di Mario Fubini", in Giornale storico della letteratura italiana, CLV, 489, 1978, pp. 68-90
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Emilio Bigi, "Mario Fubini: commemorazione", in Rendiconti, 114, 1980, pp. 58-71
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Arnaldo Di Benedetto, "Mario Fubini: la critica come «rivelazione di umanità»", in Sekundärliteratur. Critici, eruditi, letterati, Firenze, Società Editrice Fiorentina, 2005, pp. 83–98.