Dopo la cremazione, le sue ceneri furono portate nel reparto A del laghetto cinerario del cimitero di Lambrate, a Milano, e tumulate nella celletta n. 258.
Opere
Letterati, memorialisti e viaggiatori del Settecento, Milano-Napoli, Ricciardi, 1951
Gli ipocriti di Malebolge ed altri saggi di letteratura italiana e francese, Milano-Napoli, Ricciardi, 1953
Francesco Petrarca, in Classici italiani nella storia della critica, Firenze, La nuova Italia, 1954
Francesco De Sanctis, Saggio critico sul Petrarca, Bari, Laterza, 1954 (a cura di)
Le Maccheronee di Teofilo Folengo, Venezia, Neri Pozza, 1956
Interpretazione della Gerusalemme liberata, Torino, Gheroni, 1961
Poesia di Montale. Lettura degli «Ossi di seppia», Torino, S. Gheroni, 1962
Critica e letteratura nel Cinquecento, Torino, Giappichelli, 1964
Il Classicismo dal Bembo al Guarini, e Torquato Tasso in Storia della Letteratura Italiana, Milano, Garzanti, 1966
Giuseppe Parini, Opere, Milano, Mursia, 1967 (a cura di)
Pietro Metastasio, Opere, Napoli, Ricciardi, 1968 (a cura di, con Mario Fubini)
Francesco Algarotti e Saverio Bettinelli, Opere, Milano-Napoli, Ricciardi ,1969
Retorica e invenzione. Studi sulla letteratura italiana del Rinascimento, Milano, Rizzoli, 1970
Alessandro Manzoni, I Promessi Sposi, Torino, Loescher, 1972 (a cura di)
Baldassarre Castiglione, Il libro del Cortegiano (con commento di Paolo Zoccola), Milano, Mursia, 1972 (a cura di)
Alessandro D'Ancona, Viaggiatori e avventurieri, Firenze, Sansoni, 1974 (presentazione)
Giovanni Pascoli, Poemi Conviviali, Alpignano, Tallone, 1975 (a cura di)
Storia della letteratura italiana, Torino, Petrini, 1976
Manzoni. Conclusioni e proposte, Torino, Einaudi, 1976
Giuseppe Baretti, Scritti, Torino, Einaudi, 1976 (a cura di)
Dizionario della Letteratura Italiana, 2 voll., Milano, Rizzoli, 1977
Battista Guarini, Il pastor fido (con commento di Luigi Banfi), Milano, Mursia, 1977 (a cura di)
Saverio Bettinelli, Lettere virgiliane e Lettere inglesi, Torino, Einaudi, 1977 (a cura di)
Carlo Gozzi, Scritti, Torino, Einaudi, 1977 (a cura di)
Interpretazione di Montale, I: Gli«Ossi di seppia», Torino, Tirrenia stampatori, 1977
L'opera per musica dopo Metastasio, Torino, Einaudi, 1978 (a cura di, con Mario Fubini)
Interpretazione di Montale, II: Introduzione a «Le occasioni», Torino, Tirrenia stampatori, 1978
Interpretazione di Montale, III: «Le occasioni», Torino, Tirrenia stampatori, 1979
Francesco Algarotti, Viaggi di Russia, Torino, Einaudi, 1979 (a cura di)
Le metafore del vero. Saggi sulle "Occasioni" di Eugenio Montale, Roma, Bonacci, 1981
La poesia di Montale. Ossi di seppia, Padova, Liviana, 1982 (poi rist. anastatica, con Presentazione di Arnaldo Di Benedetto: Alessandria, Edizioni dell'Orso, 2004 ISBN 88-7694-787-6)
Parini e altro Settecento: fra classicismo e illuminismo, Milano, Feltrinelli, 1982
Conversando con Montale, Milano, Rizzoli, 1983
Letteratura italiana: istituzioni e percorsi didattici, Torino, Petrini, 1984
Protagonisti e problemi: saggi e note di storia della critica letteraria (con bibliografia degli scritti 1939-1984), Torino, Loescher, 1985
Mario Pozzi, Ricordo di Ettore Bonora (con bibliografia degli scritti 1991-1998), in Giornale Storico della Letteratura Italiana, vol. 175, 1998, pp.481–533
Ettore Bonora, in Dizionario critico della letteratura italiana del novecento, a cura di Enrico Ghidetti e Giorgio Luti, Roma, Editori Riuniti, 1997
Ettore Bonora, in Dizionario degli Autori , Milano, Bompiani, 1987
Arnaldo Di Benedetto, Ettore Bonora con Alain, Belfagor, 54,4, 1999, pp.489–494