Leader del MEK (1979–presente)
Quando nel 1980 si svolsero le prime elezioni presidenziali in Iran, Rajavi ricevette il sostegno dei Fedayyin del Popolo, del Fronte Nazionale dell'Iran, del Partito Democratico del Kurdistan Iraniano, di Komala e della Lega dei Socialisti Iraniani. Poiché il MEK era diventato la principale forza di opposizione laica alla Repubblica islamica, l'ayatollah Khomeini escluse Rajavi dalle elezioni, dichiarando che «coloro che non avevano approvato la Costituzione della Repubblica islamica dell'Iran non potevano essere considerati affidabili nel rispettarla». Il MEK aveva boicottato la Costituzione, sostenendo che non prevedesse organi rappresentativi adeguati, la parità dei diritti, la nazionalizzazione dei beni e la creazione di una società senza classi.
Nel 1981 quando l'Ayatollah ha fatto arrestare il presidente Abolhassan Banisadr e ha avuto inizio una nuova ondata di arresti in Iran, Rajavi e Banisadr sono fuggiti a Parigi. Nel 1986 si è mosso in Iraq e ha costituito una base sul confine iraniano.
Scomparve in seguito all'invasione statunitense dell'Iraq. Il MEK ha affermato in seguito che Rajavi viveva in una località segreta per timore di attentati di agenti del regime, a partire dalla guerra Iran-Iraq. Da allora ha inviato solo dei messaggi registrati. La guida del movimento è passata a sua moglie Maryam Rajavi. Alcuni affermano che sia presumibilmente morto. La magistratura iraniana lo considera in vita e ha aperto un procedimento contro di lui nel 2023.
Come parte di un accordo con la Repubblica islamica, nel 1986 il primo ministro francese Jacques Chirac espulse il MEK dalla Francia. Rajavi e circa 5.000–10.000 membri del MEK furono accolti dal governo iracheno. Dopo il trasferimento in Iraq, Rajavi stabilì una base al confine con l'Iran, nota come Campo Ashraf.
Poco prima della guerra in Iraq, Massoud Rajavi scomparve. Da allora, il suo luogo di residenza rimane sconosciuto. In sua assenza, Maryam Rajavi ha assunto le sue responsabilità alla guida del MEK. Secondo alcuni membri del NCRI, Massoud Rajavi è ancora vivo e vive nascosto perché considerato un «obiettivo prioritario» della Repubblica islamica dell'Iran. Altre fonti, invece, lo ritengono presumibilmente morto.
