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Nazionale
Merkel nonostante fosse austriaco giocò la sua prima partita in una Nazionale nella rappresentativa tedesca, questo avvenne a causa dell'Anschluss che di fatto cancellò la Nazionale austriaca dal panorama internazionale fino alla fine della seconda guerra mondiale. Nel 1952 riuscì comunque a scendere in campo con la sua Nazionale, collezionando la sua unica presenza con l'Austria.
Allenatore
Iniziò la sua carriera di allenatore nella seconda serie olandese per poi allenare per due stagioni il Rapid Vienna dove vinse un campionato austriaco ma perse in finale della Coppa Mitropa. Andò poi al Borussia Dortmund per tre anni dove nel 1961, arrivò in finale nello spareggio per il titolo nazionale tedesco dove perse contro il Norimberga. Dal 1961 al 1966, prese in mano il Monaco 1860 dove vinse la Coppa di Germania nel 1964, e la Bundesliga nel 1966 ma perse la finale della Coppa delle Coppe nel 1965 contro gli inglesi del West Ham Utd. Dopo l'esonero avvenuto nel dicembre del 1966, allenò il Norimberga dove vinse un altro campionato tedesco nel 1968. La stagione seguente, la squadra crollò, malgrado avesse vinto la Coppa Intertoto in estate. Fu esonerato il 23 marzo 1969 e il Norimberga retrocesse nella seconda divisione tedesca alla fine della medesima stagione.
Si trasferì poi in Spagna dove allenò prima il Siviglia e poi l'Atlético Madrid dove con quest'ultima, vinse il campionato spagnolo e la Coppa di Spagna. Nel 1974, tornò al Monaco 1860 dove nel frattempo fu retrocesso nella Zweite Bundesliga, ma questo ritorno fu poco fortunato. Andò poi al Schalke 04, all'Augusta e al Karlsruhe e terminò la sua carriera di allenatore allo Zurigo in Svizzera.