Fino al 2007, i microilidi erano rappresentati da 3 sottofamiglie: Dyscophinae (1 genere e 3 specie), Scaphiophryninae (2 generi e 10 specie) e Cophylinae (7 generi e 50 specie).
Dopo varie revisioni tassonomiche, attualmente la famiglia dei Microilidi comprende 703 specie raggruppate in 12 sottofamiglie :
Sottofamiglia Adelastinae Peloso, Frost, Richards, Rodrigues, Donnellan, Matsui, Raxworthy, Biju, Lemmon, Lemmon, and Wheeler , 2016 (1 sp.)
Sottofamiglia Asterophryinae Günther , 1858 (349 sp.)
Aphantophryne Fry , 1917
Asterophrys Tschudi , 1838
Austrochaperina Fry , 1912
Barygenys Parker , 1936
Callulops Boulenger , 1888
Choerophryne Van Kampen , 1914
Cophixalus Boettger , 1892
Copiula Méhely , 1901
Gastrophrynoides Noble , 1926
Hylophorbus Macleay , 1878
Mantophryne Boulenger , 1897
Oninia Günther, Stelbrink, and von Rintelen , 2010
Oreophryne Boettger , 1895
Paedophryne Kraus , 2010
Siamophryne Suwannapoom, Sumontha, Tunprasert, Ruangsuwan, Pawangkhanant, Korost, and Poyarkov , 2018
Sphenophryne Peters and Doria , 1878
Vietnamophryne Poyarkov, Suwannapoom, Pawangkhanant, Aksornneam, Duong, Korost, and Che , 2018
Xenorhina Peters , 1863
Sottofamiglia Cophylinae Cope , 1889 (113 sp.)
Anilany Scherz, Vences, Rakotoarison, Andreone, Köhler, Glaw, and Crottini , 2016
Anodonthyla Müller , 1892
Cophyla Boettger , 1880
Madecassophryne Guibé , 1974
Mini Scherz, Hutter, Rakotoarison, Riemann, Rödel, Ndriantsoa, Glos, Roberts, Crottini, Vences, and Glaw , 2019
Plethodontohyla Boulenger , 1882
Rhombophryne Boettger , 1880
Stumpffia Boettger , 1881
Sottofamiglia Dyscophinae Boulenger , 1882 (3 sp.)
Sottofamiglia Gastrophryninae Fitzinger , 1843 (80 sp.)
Arcovomer Carvalho , 1954
Chiasmocleis Méhely , 1904
Ctenophryne Mocquard , 1904
Dasypops Miranda-Ribeiro , 1924
Dermatonotus Méhely , 1904
Elachistocleis Parker , 1927
Gastrophryne Fitzinger , 1843
Hamptophryne Carvalho , 1954
Hypopachus Keferstein , 1867
Myersiella Carvalho , 1954
Stereocyclops Cope , 1870
Sottofamiglia Hoplophryninae Noble , 1931 (3 sp.)
Sottofamiglia Kalophryninae Mivart , 1869 (26 sp.)
Sottofamiglia Melanobatrachinae Noble , 1931 (1 sp.)
Sottofamiglia Microhylinae Günther , 1858 (105 sp.)
Chaperina Mocquard , 1892
Glyphoglossus Günther , 1869
Kaloula Gray , 1831
Metaphrynella Parker , 1934
Microhyla Tschudi , 1838
Micryletta Dubois , 1987
Mysticellus Garg and Biju , 2019
Nanohyla Poyarkov, Gorin, and Scherz , 2021
Phrynella Boulenger , 1887
Uperodon Duméril and Bibron , 1841
Sottofamiglia Otophryninae Wassersug and Pyburn , 1987 (6 sp.)
Sottofamiglia Phrynomerinae Noble , 1931 (5 sp.)
Sottofamiglia Scaphiophryninae Laurent , 1946 (11 sp.)
Anodonthyla emilei
Cophyla grandis
Cophyla occultans
Dyscophus antongilii
Elachistocleis ovalis
Gastrophryne carolinensis
Kaloula pulchra
Scaphiophryne gottlebei