Attività
È noto per aver curato per 30 anni il Denzinger, dal nome del suo ideatore Heinrich Denzinger (1819-1883), il più importante compendio di testi dottrinali e documenti del Magistero della Chiesa.
Secondo Hünermann, le decisioni del Concilio, come la riforma liturgica, furono una liberazione, ma dopo tre decenni, l'elaborazione teologica del Vaticano II era ancora molto poco avanzata.
A partire dal 2004, quarant'anni dopo il Concilio, Hünermann pubblicò insieme a Bernd Jochen Hilberath un nuovo commentario teologico in cinque volumi sui documenti dottrinali del Concilio Vaticano II, che fu consegnato a papa Benedetto XVI, anch'egli in passato professore di dogmatica a Tubinga, nel febbraio 2006 a margine di un'udienza generale.
In relazione alla revoca della scomunica della Fraternità Sacerdotale San Pio X nel 2009, parlò di un «abuso di potere» da parte del Papa.
In un'ottica ecumenica, Hünermann sostenne processi decentralizzati e sinodali.
Collaborò e coordinò oltre 100 teologi per i dodici volumi della collana editoriale «Ereignis und Auftrag» (evento e compito), prima storia a livello intercontinentale del Concilio Vaticano II e della Chiesa del XX secolo.
Contrario al centralismo di papa Giovanni Paolo II e Benedetto XVI, rivolse una lettera pubblica a papa Francesco, che conosceva personalmente fin dai tempi dell'America latina, perché compisse passi più decisi nella direzione di una maggiore sinodalità.
