Roderigo (o Rodrigo) Alidosi nacque da Ciro, signore di Castel del Rio, e da Helena de Mendoza, damigella d'onore di Eleonora di Toledo, moglie di Cosimo I de' Medici. Ricevette il nome del nonno materno, Roderigo de Mendoza, ed era pronipote del cardinale Francesco Alidosi. In quanto secondogenito fu inizialmente destinato alla carriera ecclesiastica e, trasferitosi a Roma, frequentò la cerchia di Mark Sittich von Hohenems Altemps, beneficiando di una borsa di studio concessa dal cardinale Castagna, il futuro papa Urbano VII. Compì gli studi giuridici presso gli atenei di Siena e Pisa, conseguendo la laurea nel 1587. In seguito alla prematura morte del fratello maggiore, divenne erede del patrimonio paterno.
Alla morte del padre, avvenuta nel 1589, Roderigo gli succedette nella signoria di Castel del Rio e ottenne dal granduca Ferdinando I la commenda dell'Ordine di Santo Stefano papa e martire per la Romagna, istituzione fondata dal padre nel 1566 e dotata di consistenti possedimenti fondiari nelle diocesi di Imola e Cesena.
Procedimenti inquisitoriali
Al rientro in Italia nel 1607, Roderigo condusse con se un giovane boemo protestante, Hans Christoph Berbistorff, ospitandolo nella propria dimora di Castel del Rio. Questo episodio divenne il pretesto per una manovra volta a colpire la sua persona e la sua giurisdizione. Il parroco e vicario inquisitoriale Andrea Mazzoni, animato da risentimento per la pressione fiscale esercitata da Roderigo sui beni ecclesiastici, presento una denuncia segreta all'inquisitore di Romagna. Le accuse comprendevano presunti atti di violenza sui sudditi e il sospetto di eresia, con particolare riferimento ai rapporti con Berbistorff.
Le autorità pontificie ricercavano da tempo un'occasione per intervenire su Castel del Rio. Il feudo, collocato ai margini della provincia di Romagna, fungeva da rifugio per i fuoriusciti dello Stato Pontificio grazie al largo esercizio del diritto d'asilo praticato dagli Alidosi. Due episodi alimentarono ulteriormente le tensioni: il decreto del 24 maggio 1603, che autorizzava la popolazione locale a dare ricetto ai banditi in assenza del signore, e la grazia concessa dalla moglie di Roderigo a Dionisio della Valle, già condannato a morte dalle autorità papali. Tali circostanze spinsero la Santa Sede a perseguire la revoca della signoria e l'annessione del territorio, obiettivo che sarebbe stato realizzato solo nel 1638, sotto il governo del figlio Mariano. In questo contesto l'inquisitore di Romagna accolse con sollecitudine la denuncia del parroco.
Il 4 luglio 1608, ignaro dei capi d'imputazione, Roderigo fu arrestato a Borgo di Rossignano, in territorio pontificio, su ordine dell'inquisitore. Avvertito dal domenicano Vincenzo Blondi, riuscì tuttavia a rifugiarsi a Firenze. Nell'agosto successivo Ferdinando I ne dispose la carcerazione, ufficialmente per avocare il procedimento al Sant'Uffizio di Firenze. Consapevole delle mire pontificie, il granduca invio nel contempo cento armati dal Mugello e da Firenzuola a presidiare Castel del Rio. L'episodio suscito ampia risonanza a Firenze: l'opinione pubblica propendeva per l'innocenza di Roderigo e manifestava sdegno per la detenzione di un ex ambasciatore; anche l'ambasciatore veneziano Francesco Morosini ne sottolineo la gravità. Roderigo poté contare su appoggi di rilievo: Ferdinando I intercesse presso papa Paolo V tramite il proprio ministro a Roma e il nunzio apostolico a Firenze, mentre il cognato Concino Concini e la moglie Leonora Dori convinsero il re di Francia Enrico IV a intervenire personalmente presso il pontefice. Di fronte a tali pressioni diplomatiche Paolo V assunse un atteggiamento più conciliante.
Diverse testimonianze ne confermarono l'integrità morale e religiosa, in particolare quella di Luca Nardi, commissario provinciale dei frati minori conventuali in Boemia, che da Praga attesto l'assenza di rapporti ambigui tra Roderigo e gli ambienti protestanti. Il 22 settembre 1608 anche il Consiglio degli Uomini e la comunità di Castel del Rio certificarono la sua irreprensibilità, sebbene tale atto potesse essere interpretato come effetto di pressioni. La linea difensiva risultò efficace: Roderigo, liberato dal granduca nel novembre 1608 pur restando sotto la vigilanza del Sant'Uffizio fiorentino, fu definitivamente prosciolto il 23 luglio 1609 dall'inquisitore generale di Firenze, padre Cornelio da Milano, con l'imposizione di sole lievi sanzioni disciplinari.
Rientrato a Castel del Rio, Roderigo abrogo gli statuti di Imola precedentemente in vigore e introdusse nel 1610 la legislazione toscana. Ripresa l'attività diplomatica, nel 1610 fu inviato in Lorena dal nuovo granduca Cosimo II. Al ritorno il parroco Mazzoni presento nuove accuse, attribuendogli la responsabilità morale di un attentato compiuto dal nipote Giovan Francesco Albizzi contro Annibale della Vigna, testimone nel processo fiorentino. Nonostante l'interessamento del cardinale Giovanni Garzia Mellini e dell'inquisitore di Romagna per una riapertura dell'inchiesta, la vicenda fu archiviata, verosimilmente per intervento papale, risultando Roderigo estraneo ai fatti.
Un ulteriore tentativo di incriminazione si verifico nel 1616, quando il cardinale Domenico Rivarola ne chiese l'arresto per empietà; nell'estate del 1619 l'inquisizione manifesto un rinnovato interesse per il caso. Anche in questa circostanza l'intercessione personale di Cosimo II, che garanti per l'ortodossia di Roderigo, condusse al definitivo rigetto delle accuse.
