La sistematica è un ramo delle scienze biologiche che si occupa di classificare gli esseri viventi e di identificarne le relazioni.
Attualmente si utilizza un sistema naturale nel quale gli organismi geneticamente più vicini sono classificati insieme ed il nome delle specie viene assegnato sulla base di relazioni filogenetiche. Esistono anche dei sistemi artificiali in cui alcuni caratteri (spesso quelli di più facile osservazione) sono scelti come base per la classificazione (es. guide fotografiche che dividono i fiori in base al colore).
Le principali fasi della ricerca sistematica sono: i) descrivere dettagliatamente le specie, ii) nominarle in modo univoco per mezzo di un binomio (o trinomio) latino secondo le regole della nomenclatura, iii) riunire specie con caratteristiche comuni all'interno di entità gerarchiche predefinite: genere, famiglia, ordine, classe, divisione, regno. Tali gruppi sono chiamati taxa e il ramo della sistematica che si occupa di dare questi nomi è la tassonomia.
Per quanto riguarda il pensiero occidentale, la storia della sistematica viene fatta risalire al IV sec. a.C. con Aristotele, nonostante il problema della classificazione degli esseri viventi fosse già presente nel pensiero greco prearistotelico con l'idea della presenza di un ordine nel manifestarsi dei fenomeni naturali che l'uomo era in grado spiegare in termini razionali.
Il problema della classificazione degli esseri viventi e delle loro relazioni compare infatti già con Eurito di Taranto (attivo intorno al 475 a.C.) che applica al mondo vivente uno dei principi basilari di Pitagora: l'identità tra gli oggetti e i numeri che ne costituiscono l'archetipo. Platone poi elabora una vera teoria del processo di classificazione e di definizione delle classi da una categoria generale (ghénos) fino a quelle elementari (éidos) attraverso l'estrapolazione del generale dal particolare (synagoghé) a cui si affianca la "suddivisione logica" (diáresis) che consiste nel separare un qualunque universo in due sottounità basandosi su una caratteristica discriminante (diaphorá) e nel procedere in modo analogo su ciascuna unità che via via viene individuata sino a raggiungere unità considerate indivisibili.
Le principali opee zoologiche di Aristotele sono:
Per Aristotele l'individuo è l'unica "cosa" concreta ed è possibile rilevare alcune caratteristiche comuni che permettono di raggruppare gli individui che le posseggono andando così a giustificare i concetti di ghénos e éidos anche in campo zoologico. In sintesi, Aristotele sostiene che gli animali appartengono alla stessa éidos se le loro componenti sono le stesse; allo stesso ghénos, però ad éide diversi se le loro parti differiscono per il "principio del più o del meno" (es. tutti gli uccelli possiedono un becco ma si distinguono in specie diverse in base alla forma e alla dimensione dello stesso), infine a ghénoi diversi se le loro parti differiscono secondo il "principio dell'analogia" (es. uccelli e pesci sono ghénoi diversi perché piume e scaglie sono strutture analoghe). Egli però non indica un criterio generale.
Tentativi di classificazione sono esistiti fin dall'antichità (si ricordano, tra gli altri, Aristotele e Plinio il Vecchio) ma è con il Systema Naturæ (1758) di Linneo (nome latinizzato del botanico svedese Carl von Linné, 1707-1778) che la sistematica acquista una forma scientifica.
In questo testo Linneo descrisse con un nome scientifico tutte le specie viventi allora conosciute, assegnando a ciascuna di esse un doppio nome (nomenclatura binomia). L'avvento di un metodo di classificazione aiuta l'ordinamento degli oggetti di storia naturale. Negli anni successivi si dedicheranno alla sistematica anche altri studiosi come Michel Ananson. Nella fase pre-darwiniana anche Jean-Baptiste de Lamarck darà il suo contributo alla sistematica introducendo l'idea di evoluzione (seppur distante da quella darwiniana). Un altro importante contributo, post-darwiniano, fu quello di Willi Hennig con l'introduzione della distinzione tra Plesiomorfia e Apomorfia.
Nel 20 ° secolo, Willi Hennig gettò le basi della classificazione filogenetica sviluppando il paradigma cladista.
I progressi nella genetica hanno portato a una revisione della classificazione di alcuni taxa nell'albero filogenetico dei viventi. Gli approcci sistemici e funzionali alla biodiversità tendono ad acquisire importanza, ma la sistematica rimane fondamentale per l'inventario e la valutazione dell'evoluzione dei viventi.
La nomenclatura binomiale fu inventata dal grande botanico e medico di Basilea Gaspard Bauhin (1560-1624), ma fu Linneo a farla diventare regola di nomenclatura.
Il nome completo di una specie, vivente o fossile, si compone di almeno 4 elementi:
Genere, specie, autore, anno.
Il nome del genere va scritto sempre con l'iniziale maiuscola e quello della specie con l'iniziale minuscola (anche se è il genitivo di un nome proprio), ed entrambi sono scritti in corsivo. Genere e specie sono in lingua latina; possono anche essere termini moderni, però sempre in forma latinizzata ed in caratteri latini, anche quando si trovano in pubblicazioni di studiosi di paesi in cui si adoperano altri alfabeti o simboli o ideogrammi. Così, ad esempio, studiosi italiani, arabi e giapponesi scriveranno allo stesso modo il nome di una stessa specie. Questa regola è indispensabile per dare al nome scientifico un carattere unico, distinto ed universale.
Il nome dell'autore va scritto a seguito della virgola che segue il binomio, mentre l'anno al seguito della virgola che segue il nome dell'autore. L'anno e l'autore si riferiscono alla pubblicazione in cui per la prima volta è stato descritto quel determinato organismo. Il nome dell'autore va scritto a lettere maiuscole ed in botanica può essere abbreviato quando si tratti di autori i cui lavori sono noti a tutti (es. Linneo viene abbreviato in L.).
Talvolta il nome dell'autore è posto tra parentesi; ciò significa che l'autore aveva inscritto quell'organismo in un genere diverso e che, successivamente, un altro autore (che può figurare scritto fuori della parentesi, sempre in maiuscolo) lo ha assegnato al genere a cui adesso appartiene.
Va precisato che il nome scientifico non va interpretato come una descrizione dell'organismo: esso è soltanto una chiave d'accesso a quanto già si conosce su quell'organismo, un codice mediante il quale viene identificato unicamente il particolare organismo a cui il nome scientifico è attribuito ad libitum dell'autore.
Talvolta (nomenclatura trinomiale) viene indicata nel nome anche la sottospecie, ed in botanica anche altre suddivisioni minori, come la varietà, che di solito si riferisce alle razze prodottesi spontaneamente in natura, o la cultivar, termine utilizzato per le varietà di piante coltivate. In zoologia la sottospecie, scritta in corsivo minuscolo, segue direttamente il nome specifico, mentre in botanica tra i due termini va inserita, non in corsivo, l'indicazione del tipo di suddivisione: subsp., var. o cv.
I gruppi di ogni categoria tassonomica costituiscono una partizione degli organismi noti: ciò significa che ogni individuo appartiene a una e una sola specie, a uno e un solo regno, e così via.
Le categorie tassonomiche sono ordinate gerarchicamente: ogni genere comprende integralmente una o più specie, ogni famiglia uno o più generi e così via. Man mano che si sale nella gerarchia le caratteristiche comuni ai membri dei gruppi sono minori di numero ma sempre più basilari.
Le categorie tassonomiche più utilizzate sono:

Idealmente, la classificazione dei viventi rispecchia le relazioni filogenetiche, ossia la loro storia evolutiva. Per rappresentare ciò, si usa uno schema detto albero filogenetico (un tipo di dendrogramma), in cui, ad esempio, due specie che hanno in comune il genere, e dunque evolutivamente più vicine, anche nello schema ad albero saranno più vicine tra loro rispetto a due specie che appartengono a due generi diversi.
Il criterio filogenetico è portato alle estreme conseguenze nella cladistica, secondo la quale ogni gruppo naturale dovrebbe comprendere tutti e solo i discendenti di una forma ancestrale. Questo comporterebbe che, ad esempio, i Rettili non avrebbero dignità di gruppo naturale, in quanto Uccelli e Mammiferi discendono da Rettili estinti (Dinosauri e Terapsidi), o meglio, i rettili attuali dovrebbero includere anche gli uccelli, per essere un taxon monofiletico, ovvero i Sauropsida, eliminando gli uccelli tra le classi dei vertebrati.
Si elencano di seguito le principali tappe che hanno portato ai modelli di classificazioni diffusi oggi.
Nel 1925 e poi ancora nel 1938, il biologo francese Édouard Chatton suddivise gli esseri viventi in due grandi domini (coniando anche i loro nomi); essi incontrarono poi una grandissima diffusione, dopo che Cornelis Bernardus van Niel e Roger Stanier ripresero questo concetto in un articolo del 1962; questo sistema è denominato "modello a due domini":
Carl Woese, nel 1977, propose di suddividere i procarioti in due domini: Archea e Bacteria, definendo così un un modello a tre domini:
Nel 2007, Thomas Cavalier-Smith propose di tornare al modello a due domini, in cui distinse sei regni:
In definitiva, non esiste un modello di classificazione universalmente riconosciuto e gli stessi autori spesso rivedono le posizioni prese solo qualche anno prima; tra i modelli attualmente più seguiti e condivisi c'è quello elaborato da Thomas Cavalier-Smith nel 1981, rielaborato dallo stesso studioso nel 2006 e poi adottato, con modifiche, da Michael Andrew Ruggiero et al. nel 2015. Si tratta di una classificazione gerarchica consensuale e aggiornata per oltre 1,6 milioni di specie viventi.
La situazione descritta è accolta nella sostanza dalla maggioranza degli studiosi, ma il dibattito scientifico sulla classificazione dei viventi è ancora molto acceso, così come quello sull'origine e sull'evoluzione della vita.
I virus e le entità affini (come i viroidi ed altri) non sono compresi nei regni della natura, in quanto non appartenenti agli esseri viventi. Il gruppo dei virus è comunque soggetto a classificazione da parte dei biologi ed è polifiletico. In un articolo del 1971, il botanico britannico Charles Jeffrey, propose di istituire il super-regno Acytota, ove comprendere tutti i virus; il termine significa "senza cellule" ed è contrapposto a "Procytota", ossia "con cellule procariotiche", ossia i batteri, e a "Eucytota", che comprende tutti gli eucarioti.
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