Il progetto consiste nel mostrare al grande pubblico quei luoghi, ricchi di storia e cultura, che di giorno sono affollati dai vari turisti, ma che di notte rimangono soli nella loro immensità. Per questo le riprese vengono effettuate solamente di notte, impiegando per questo anche molti giorni (per Stanotte a San Pietro è stato impiegato quasi un mese di riprese), mostrando così un'altra faccia di quel luogo che altrimenti sarebbe impercettibile durante il dì.
«Nei musei, puoi girare soltanto di notte. Volevo trasferire questa sensazione notturna anche al pubblico. Quando sei da solo e hai un'opera davanti cambia tutto. L'idea di fondo del programma è questa. Abbiamo iniziato con il Museo egizio di Torino perché è il primo museo egizio al di fuori dell'Egitto. Il programma si basa su questa formula: l'ultimo visitatore va via e il direttore ti lascia la chiave del museo fino all'alba»
Per la puntata Stanotte a San Pietro – Viaggio tra le meraviglie del Vaticano il conduttore ha vinto l'edizione 2017 del premio giornalistico Premiolino.
La seconda puntata Stanotte a Firenze è la prima delle quattro ad essere stata ripresa, montata e trasmessa, sui canali compatibili, in risoluzione4K, utilizzando la tecnologia HDR. A questa sono seguite Stanotte a San Pietro, Stanotte a Venezia e Stanotte a Pompei.
Nel settembre del 2018, in contemporanea con lo speciale su Pompei, è uscito in edicola una serie di cinque DVD curata da La Repubblica, con tutti gli appuntamenti del programma in versione ridotta.
Errori
Nella puntata di Venezia, il pubblico ha riscontrato alcune imprecisioni del conduttore, giudicate gravi dagli esperti di storia veneziana. Alberto Angela, infatti, in alcuni passaggi ha riferito:
che l'isola di Torcello fu in concorrenza economica con Venezia nel XV secolo (invece, gli abitanti di Torcello iniziarono ad abbandonarla già dall'anno 1000 per motivi di salubrità dovuti all'impaludamento dell'isola, non per motivi economici);
che nel 1797 la Serenissima fu costretta a cedere la sua flotta navale agli austro-ungarici (in realtà, le navi vennero cedute a Napoleone, mentre l'Impero austro-ungarico venne fondato solo nel 1867);
Inoltre, nella miniserie su Canaletto la camera ottica utilizzata dal pittore proietta l'immagine dritta (anziché capovolta come dovrebbe essere), mentre in quella su Giacomo Casanova il personaggio è interpretato con accento romanesco, mentre le cortigiane hanno un accento napoletano, anziché veneziano.
Nella puntata di Napoli si sono verificati i seguenti errori/imprecisioni:
il conduttore inverte le identità dei due monumenti equestri canoviani dedicati a Carlo e Ferdinando di Borbone in piazza del Plebiscito;
il conduttore riporta quello che pare essere un falso storico sulla scultura del Cristo velato, ovvero che Antonio Canova avrebbe dato dieci anni della sua vita pur di essere l'autore della statua eseguita da Giuseppe Sanmartino;
il conduttore illustra la splendida architettura neoclassica della sala interna del Teatro di San Carlo riferendosi all'inaugurazione della struttura avvenuta nel 1737, mentre è frutto della ricostruzione del 1816, seguente all'incendio che distrusse la precedente sala barocca;
il conduttore informa che i Greci fondarono Neapolis sulla costa, ma in realtà si trattava di Paleopolis (Palepoli), con la successiva "nuova città" edificata su di un pianoro più interno.