Een antigeen (Engels: antigen, afk. van antibody generator) is een molecuul aan het oppervlak van een pathogeen (een virus of bacterie), die door het aangeboren immuunsysteem als lichaamsvreemde stof wordt herkend. Vervolgens kan een afweerreactie beginnen.
Antigenen zijn specifiek voor iedere soort bacterie of virus. Bij een voor het lichaam bekend pathogeen (door vaccinatie of een eerdere infectie), herkent het afweersysteem van de geïnfecteerde gastheer de pathogeen, aan de hand van zijn soortspecifieke antigen. Vervolgens maakt het verworven immuunsysteem de specifieke antistof aan die de pathogeen zal gaan bestrijden.
Als het binnendringende molecuul geen kwaad kan is een afweerreactie ongewenst. Dit is bijvoorbeeld het geval bij allergische reacties, waarbij de afweerreactie soms zelfs dodelijk kan zijn (zoals bij een wespensteek). Ook bij orgaantransplantaties en bloedtransfusies kunnen de antigenen op het orgaan of op de rode bloedcellen zorgen voor een afweerreactie, waarna vaak een levensgevaarlijke afstoting of afbraak ontstaat.
Bij een auto-immuunziekte kan het lichaam ook afweerreacties geven tegen lichaamseigen antigenen (antigenen die op eigen weefsels, organen en cellen voorkomen).
Een antigen kan alleen een reactie van het afweersysteem opwekken als het of zelf voldoende groot is, of als het door binding aan een ander molecuul, bijvoorbeeld een eiwit, groot genoeg wordt om een antistof-reactie op te wekken. Een dergelijk bindend molecuul heet een hapteen.
Cellen in het dierlijk lichaam bevatten een groot aantal stoffen en uítstekende molecuuluiteinden op de buitenkant van hun membraan, die als antigen kunnen fungeren. Bekend zijn de bloedgroepantigenen, maar er zijn er vele andere. Deze antigenen zijn er de oorzaak van dat transplantaties niet tussen iedere donor en ontvanger mogelijk zijn: als geen bijzondere voorzorgen worden getroffen zullen nieuwe cellen van een ander vrijwel altijd worden herkend als lichaamsvreemd.
· 
· 