Verdere loopbaan in Maastricht
Begin jaren zeventig ontstonden er plannen voor de oprichting van een nieuwe medische faculteit (de "achtste"), waarbij Maastricht als mogelijke locatie werd genoemd. In 1973 werd Hemker door de politicus Sjeng Tans en de Maastrichtse burgemeester Fons Baeten, de drijvende krachten achter de Maastrichtse lobby, gevraagd zich bij het project aan te sluiten. Vanaf 1974 maakte hij deel uit van een groep van zeven hoogleraren die de oprichting van de Faculteit Geneeskunde aan de toekomstige Rijksuniversiteit Limburg (RL) voorbereidden, de zogenoemde "Bende van Zeven". Doordat de dringende behoefte aan een nieuwe medische faculteit al gauw afnam, werd gezocht naar een vernieuwend profiel voor de faculteit in oprichting. Dit werd gevonden in eerstelijnszorg, huisartsgeneeskunde en een nieuw onderwijsconcept, het probleemgestuurd onderwijs. In 1975 verhuisde hij formeel naar Maastricht, waar hij hoofd werd van de afdeling biochemie. Met zijn onderzoeksgroep − van zijn twintig Leidse medewerkers gingen er zeventien mee naar Maastricht − richtte hij zich opnieuw op trombose en hemostase. In 1976 was hij de eerste promotor van een doctoraat aan de Rijksuniversiteit Limburg. Hoewel Hemker aanvankelijk positief gestemd was over het Maastrichtse systeem van probleemgestuurd onderwijs, werd hij later neutraal tot negatief over deze aanpak. Tot 1985 bleef hij tegelijkertijd als onbetaald deeltijdhoogleraar biochemie verbonden aan de Leidse universiteit.
Begin jaren tachtig waren de economische vooruitzichten in Nederland negatief en werd de Rijksuniversiteit Limburg door andere universiteiten en het politieke establishment niet als een volwaardige universiteit beschouwd, waardoor er aanvankelijk nauwelijks uitbreidingsmogelijkheden waren. Hemker stelde zich in 1982 kandidaat voor de functie van rector magnificus om het wetenschappelijke profiel van de universiteit te versterken en het belang van onderzoek aan te tonen in een tijd waarin de universiteit zich vooral op onderwijs richtte. Het universiteitsbestuur, onder leiding van Rob van den Biggelaar, stond aanvankelijk niet positief tegenover zijn benoeming. Omdat het college van decanen Hemker steunde, kreeg hij de functie toch.
Na zijn aftreden als rector in 1985 werd Hemker door Wim Deetman, de minister van Onderwijs en Wetenschap, gevraagd om voorzitter van het college van bestuur te worden. Hij weigerde, omdat hij verder wilde met zijn onderzoek. Hij nam een sabbatical in Parijs en was daar gasthoogleraar aan de Université Paris-Descartes, de Université Pierre-et-Marie-Curie en het Collège de France. In 1988 ging hij weer fulltime aan de slag bij de Rijksuniversiteit Limburg. In 1995 kreeg hij een academisch conflict met een van zijn collega's, wat leidde tot een tuchtprocedure bij het universiteitsbestuur. Hemker werd berispt omdat hij zijn eigen zakelijke activiteiten onvoldoende had gescheiden van zijn werk aan de faculteit. Later verklaarde hij dat hij te laks was geweest met zijn administratieve verplichtingen.
Tussen 1995 en 2005 was hij verbonden als adjunct-hoogleraar interne geneeskunde aan de Mount Sinai School of Medicine in New York. Hemker ging in 1999 officieel met emeritaat aan de RL, enkele jaren eerder omgedoopt tot Universiteit Maastricht, maar bleef nog tot 2019 actief. Ook bleef hij onderzoek doen bij het door hem opgerichte bedrijf Synapse BV. Tijdens zijn academische loopbaan begeleidde Hemker zo'n zeventig proefschriften, waaronder dat van zijn eigen vader toen deze op zeventigjarige leeftijd promoveerde.
Nederland