Jonathan Joubert (Metz, 12 september 1979) is een Luxemburgse voetballer die werd geboren in Frankrijk. Hij speelde 88 interlands voor Luxemburg.
Joubert komt sinds 2006 ook uit voor het Luxemburgs voetbalelftal. Hij maakte zijn debuut in het vriendschappelijke duel tegen Portugal (0-3) op 3 juni 2006 in zijn geboorteplaats Metz, net als middenvelder Claudio Lombardelli.
1 Joubert · 2 Stumpf · 3 Ewert · 4 Cools · 5 Schnell · 6 Gonzales · 7 Agović · 8 Pokar · 9 Sinani · 10 Stolz · 11 Barbosa · 12 Conti · 13 Natami · 15 Delgado · 16 Lesquoy · 17 Djetou · 18 Pomponi · 19 Bouchentouf · 20 Garos · 21 Leveque · 22 Bernier · 23 Klapp · 24 Kirch · 26 Lavie · 27 Bettaieb · 28 Morren · 30 Kips · 31 Moutha-Sebtaoui · 33 Frising · 34 Bouchouari · 39 Muratovic · 44 Skenderović · 45 Dramé · 77 Bougrine · 80 Couto Pinto · 94 Ouamri · 98 Mendy · Luisi · Coach: Crasson