Struys' theologisch onderzoek en publicaties situeren zich hoofdzakelijk op het vlak van christologie en triniteitsleer.
Als co-redacteur
Kristof Struys & Terrence Merrigan, red. Verleden openen naar heden en toekomst: Meedenken met de christologie van Piet Schoonenberg. Averbode: Altiora, 2001, ISBN 9031717185
Terrence Merrigan, Christoph Moonen & Kristof Struys, red. Triniteit, een kruis erover? Nieuwe perspectieven op een oeroude christelijke doctrine. Antwerpen: Halewijn, 2006, ISBN 978-9085283300
Kristof Struys & Wouter Biesbrouck, red. Geboren uit de Maagd Maria: Een tip van de sluier opgelicht. (LOGOS: Leuvense Ontmoetingen rond Geloof, Openbaring en Spiritualiteit, 6) Antwerpen: Halewijn, 2011, ISBN 9789085281849
Kristof Struys & Anton Milh, red. Hij zal komen oordelen de levenden en de doden: Over de zin en de onzin van de geschiedenis. (LOGOS: Leuvense Ontmoetingen rond Geloof, Openbaring en Spiritualiteit, 10) Antwerpen: Halewijn, 2015, ISBN 978-90-8528-345-4
Als auteur
"In gesprek met het christologische denken van P. Schoonenberg." In: Kristof Struys & Terrence Merrigan, 11–54.
"Vrijheid in liefde: Autonomie en theonomie in de theologie van Walter Kasper." In: Lieven Boeve & Jacques Haers, red. God ondergronds: Opstellen voor een theologisch vrijdenker, aangeboden aan professor Georges De Schrijver, 249–264. Averbode: Altiora, 2001.
"Relationship in God as a Condition of Possibility for the Salvation of Humankind in Walter Kasper." In: Jacques Haers & Peter De Mey, red. Theology and Conversation: Developing a Relational Theology (Bibliotheca Ephemeridum Theologicarum Lovaniensium, 172), 227–238. Leuven: Peeters, 2003.
"De Bijbel: Gods zoektocht naar de mens: Een delicate tocht van gemeenschap naar gemeenschap." Tijdschrift voor liturgie 89.1–2 (2005): 6–21.
"De priester – sacramentele schakel in de kerk van vandaag. Aanzet van een theologische reflectie." Pastoralia 4 (2005): 17–22.
"Drie-ene God: Bron en grond van menselijk heil." Communio: Internationaal Katholiek Tijdschrift 28.1 (2005): 42–53.
"Christelijke vrijheid als overlevingsvoorwaarde van de moderniteit." Communio: Internationaal Katholiek Tijdschrift 29.5–6 (2005): 349–362.
"Triniteit als model voor samenleven en samenleren." In: Merrigan, Moonen & Struys, 103–118.
"De doop van Jezus: Historische springplank naar een trinitaire diepte." Communio: Internationaal Katholiek Tijdschrift 32.1 (2007): 22–36.
"Verrijzenis van het lichaam of verlossing uit het lichaam? Over verrijzenis en reïncarnatie." In: Lieven Boeve & Anneleen Decoene, red. Wat mogen wij hopen? Perspectieven op de verrijzenis van het lichaam, 105–117. Antwerpen: Halewijn, 2007.
"Een incarnatieloze God? Over een theologisch continuüm tussen het Oude en het Nieuwe Testament" Communio: Internationaal Katholiek Tijdschrift 5–6 (2008): 335–346.
"Verrijzenis en reïncarnatie – een wereld van verschil." Mensen Onderweg 2 (2008): 1–8.
"Particular Churches – Universal Church: Theological Backgrounds to the Position of Walter Kasper in the Debate with Joseph Ratzinger – Benedict XVI." Bijdragen: Tijdschrift voor Filosofie en Theologie 69 (2008): 147–171.
"De kerk als Adem-benemende Adem-ruimte: Naar een pneumatische katholiciteit." In: Peter De Mey & Pieter De Witte, red. De 'K' van Kerk: De pluriformiteit van katholiciteit, 105–118. Antwerpen: Halewijn, 2009.
"De dogmatische sluier van Maria: Een vraag naar ontsluiering?" In: Struys & Biesbrouck, 22–34.
"Bevoorrechte getuigen: Jezus en de Kerk." Communio: Internationaal Katholiek Tijdschrift 2 (2012): 130–139.
"Postmortale perspectieven – verrijzenis en reïncarnatie: Een kleine theologische weging. Collationes: Vlaams Tijdschrift voor Theologie en Pastoraal 43.1 (2013): 31–51.
"De trinitair-christologische paradox: een 'hemel' van 'verschil': Over menselijk heil en de drie-ene God in Christus." In: Christophe Brabant & Bert Daelemans, red. Wijselijk Onwetend. De paradox in het christelijk geloof, 51–65. Averbode: Altiora, 2014.
"Theologie als wetenschap op het kruispunt van Kerk en academie: Zoektocht naar een theologisch curriculum in een seculiere samenleving." In: Frank Bosman & Harm Goris, red. Verdeelde wijsheid: Tussen Kerk en academische theologie. (Annalen van het Thijmgenootschap, 102.3), 169–187. Nijmegen: Valkhof Pers, 2014.
"Theologisch-christologische grondslagen voor de 'heiligheid' van de Kerk: Over de troostvolle paradox van 'onheilige heiligheid'." Communio: Internationaal Katholiek Tijdschrift 6 (2015): 450–464.
"Goddelijk samenspel van barmhartigheid en gerechtigheid: Systematisch-theologische beschouwingen over het laatste oordeel." In: Struys & Milh 27–42.