Naar aanleiding van genetisch onderzoek worden tegenwoordig vaak meer soorten tot het geslacht gerekend, die voorheen tot de geslachten Aonyx en Lutrogale werden gerekend:
Mede door het grote verspreidingsgebied van L. lutra worden van deze soort een groot aantal ondersoorten onderscheiden Door ITIS wordt ook L. nippon gezien als ondersoort van L. lutra: L. lutra whiteleyi (Gray, 1867) . Genetisch onderzoek door de Kochi Universiteit in Japan aan gemummificeerde exemplaren heeft echter aangetoond dat de Japense otter wel degelijk als aparte soort moet worden gezien.
↑(en) Suzuki , T., Yuasa , H., Machida , Y. (1996).Phylogenetic position of the Japanese river otter Lutra nippon inferred from the nucleotide sequence of 224 bp of the mitochondrial cytochrome b gene. Zoological Science 1996(13):621–626. PMID: 8940916.DOI:10.2108/zsj.13.621.