Nissen was lid van verschillende redacties en vervulde adviesfuncties op het gebied van religie en cultuur. Hij werd eind 2007 benoemd tot hoogleraar Cultuurgeschiedenis van het Christendom aan de Universiteit van Tilburg. In september 2009 keerde hij terug naar de Radboud Universiteit Nijmegen, waar hij tot hoogleraar Cultuurgeschiedenis van de religiositeit werd benoemd.
Nissen was regelmatig te zien op televisie als commentator op zaken die met de Katholieke Kerk te maken hebben. Hij nam vaak een kritisch standpunt in ten aanzien van de Nederlandse Bisschoppenconferentie en was ronduit kritisch over de benoeming van Wim Eijk tot aartsbisschop van Utrecht.
In mei 2010 maakte Nissen bekend de Rooms-Katholieke Kerk te hebben verlaten en als 'vriend' te zijn toegetreden tot de Remonstrantse Broederschap. Hij werd lid van de Remonstranten in 2013, maar maakte zijn doopsel niet ongedaan. In januari 2014 werd hij na het succesvol afleggen van het kerkelijk examen bevestigd als proponent (beroepbaar als predikant) bij de remonstranten. In september 2015 werd hij bevestigd als (parttime) predikant van de remonstranten in Oosterbeek.
In december 2021 maakte Nissen bekend terug te keren naar de Katholieke Kerk. Nissen legde zijn predikantschap in de zomer van 2022 neer, waarna hij met emeritaat ging.
Ziekte en overlijden
Op 2 mei 2025 werd de historicus getroffen door een herseninfarct, waardoor hij geen televisiecommentaar kon verzorgen bij de verkiezing van Paus Leo XIV. Op 2 februari 2026 werd Nissen opnieuw getroffen door een herseninfarct. In overleg met de artsen werd gekozen voor palliatief beleid en alle behandeling gestopt. Nissen overleed vier dagen later. Zijn uitvaart was in de Dominicuskerk in Nijmegen. Hij is begraven op de Natuurbegraafplaats Koningsakker te Arnhem.
Bibliografie
Peter Nissen was een productief kerkhistoricus, maar publiceerde ook over culturele, regionale en stadsgeschiedenis. De navolgende bibliografie is een keuze uit zijn historisch werk.
1978: 125 jaar St. Martinus kerkkoor te Linne, 1853-1978
1978: Linne in oude ansichten, dl. 1; met Piet Sampers. Zaltbommel, Europesche Bibliotheek
1980: 'Dionysius de Kartuizer en het testament van Johannes de Lovanio', in: De Maasgouw, jrg. 99 (1980), kol. 33-50
1980: 'Jan van Denemarken en het vermeende Roermondse processiespel', in: De Maasgouw, jrg. 99 (1980), kol. 209-214
1984: 'Een schilderij van de marteldood der Londense kartuizers in 1535 in het gemeentelijk museum van Roermond', in: De Maasgouw, jrg. 103 (1984), kol. 49-59
1984: 'Waar studeerde Johannes de Lovanio?', in: De Maasgouw, jrg. 103 (1984), kol. 172-179
1985: De eucharistische kruistocht van het Bisschoppelijk College te Roermond: geschiedenis van een katholieke jeugdbeweging voor middelbare scholieren, 1933-1983. Roermond, Stichting E.K./C.S.
1985: 'Die Bibliothek der Kartause Bethleem zu Roermond: ein Forschungsüberblick', in: Analecta Cartusiana, 113 (1985) 3; Kartäuserregel und Kartäuserleben, internationaler Kongress von 30 Mai bis 3. Juni 1984. Salzburg (A), Universität von Salzburg
1986: 'Een onbekend schilderij van de kartuis van Roermond', in: De Maasgouw, jrg. 105 (1986), kol. 174-178
1986: De akkoorden van het gemoed: het literaire leven in Roermond in de negentiende eeuw: een bloemlezing; P. Nissen (red.). Roermond (Stichting RURA). 287 pp., ills.
1987: Emile Seipgens 150 jaar; met anderen. Roermond, Van der Marck Roermond
1988: Koninklijke Harmonie en Harmonie Sint Michaël Thorn. Roermond, Stichting Jo Hansenprijs voor Volkscultuur
1988: De katholieke polemiek tegen de Dopers. Reacties van katholieke theologen op de doperse beweging in de Nederlanden (1530-1650). Enschede, Quick Service drukkerij. Dissertatie Katholieke Universiteit Nijmegen. 567 pp.
1989: 'Hoe geheim was het geheime leven van pastoor Pascal Schmeits?', in: De Maasgouw, jrg. 108 (1989), kol. 221-226
1989: Verscheurd paradijs. Een kleine bloemlezing uit het werk van Roermondse schrijvers uit de twintigste eeuw. Roermond, Stichting RURA, nr. 3
1990: 'Wangedrag van Roermondse seminaristen in de achttiende eeuw', in: De Maasgouw, jrg. 109 (1990), kol. 57-66
1991: Kerk in beraad. Opstellen aangeboden aan prof. dr. J.C.P.A. van Laarhoven bij gelegenheid van zijn afscheid als hoogleraar aan de Katholieke Universiteit Nijmegen; (redactie, met Gian Ackermans en Adelbert Davids). Nijmegen, Faculteit der Godgeleerdheid, Katholieke Universiteit Nijmegen
1992: Jacob Hiegentlich, 1907-1940. Een Joods dichter in Roermond. Roermond, Stichting RURA, nr. 4
1994: De folklorisering van het onalledaagse. Tilburg, Tilburg University Press. Inaugurele rede uitgesproken bij de openbare aanvaarding van het ambt van bijzonder hoogleraar 'Cultuur in Brabant in sociaal-wetenschappelijk en historisch perspectief met inbegrip van de volkscultuur' aan de Katholieke Universiteit Brabant op vrijdag 14 oktober 1994.
1995: '"Zoals in het huisje van Nazareth..." Over devoties en rituelen in de kring van het gezin en de religieuze aankleding van het woonhuis', in: Trajecta 4 (1995), pp. 141-157
1996: 'Confessionele identiteit en regionale eigenheid. De pastorale instrumentalisering van regionale tradities in de vormgeving van de religieuze beleving', in: Constructie van het eigene. Culturele vormen van regionale identiteit in Nederland, pp. 155-172
1997: 'Gebed, berouw en volksvermaak. Het optreden van pater Marcus van Aviano in Roermond in 1681', in: Spiegel van Roermond (1997), pp. 20-35
1998: 'Dionysius de Kartuizer (1402/3-1471), de "doctor extaticus" uit Roermond', in: Spiegel van Roermond (1998), pp. 64-71
1999: Steun en toeverlaat. Historische aspecten van geestelijke begeleiding; onder red. van Marit Monteiro, Peter Nissen, Judith de Raat; met medew. van Suzanne Hautvast. Hilversum, Verloren
1999: Wegen en dwarswegen. Tweeduizend jaar christendom in hoofdlijnen; met Nico van den Akker. Amsterdam, Boom
1999: 'De uitgestelde beloning. Tijd en eeuwigheid in de geschiedenis van de volksreligiositeit', in: Speling 51 (1999) nr. 4, pp. 22-28
2000: 'Constructie en deconstructie van het katholieke Limburg', in: Studies over de sociaal-economische geschiedenis van Limburg, 45 (2000), pp. 79-95
2000: Het licht gezien. Bekeringen tot het katholicisme in de twintigste eeuw; met Marjet Derks en Judith de Raat. Hilversum, Verloren
2000: Schuttersgilden en hun beschermheiligen; met G. Rooijackers en J. Oomen. Uden, Museum voor Religieuze Kunst
2002: Bondgenoten of vijanden? De verhouding tussen geloof en wetenschap in de christelijke traditie; met Peter Raedts (reds.). Zoetermeer, Meinema
2004: Geloven in de Lage Landen: scharniermomenten in de geschiedenis van het christendom; met bijdragen van Gian Ackermans (et al.). Leuven (Davidsfonds). 203 pp., ills.
2004: Monumenten van vroomheid: kruisen, kapellen en vrijstaande heiligenbeelden in Limburg; met Koos Swinkels. Zutphen, Walburg Pers
2004: Tussen dogma en drama. Religie op de Areopaag. Rede ter gelegenheid van de 81e dies natalis van de Katholieke Universiteit Nijmegen. Nijmegen, Radboud Universiteit
2004: Vita Radbodi: het leven van Raboud; met Vincent Hunink. Uitgeverij Vantilt
2005: Paus Adrianus VI (1459-1523), een biographie over de enige Nederlandse paus. Amsterdam, Prometheus
2007: 'Het zalig lijden van Dora Visser (1819-1876)', in: Charles Caspers, Peter Nissen en Peter Raedts (red.), Heiligen en hun wonderen. Uit de marge van ons erfgoed, van de late middeleeuwen tot heden. Budel, uitgeverij Damon, pp. 103-117
2008: Linne in oude ansichten, dl. 1; met Piet Sampers; onveranderde herdruk van 1978. Zaltbommel, Europesche Bibliotheek
2008: Een zachte aanraking van zijn zieleleven: over "ware" en "valse" mystiek rond negentienhonderd. Nijmegen, Van Tilt. 46 pp., ills.
2009: Norbertus van Gennep. Godzoeker in tijden van verandering. Heeswijk, Uitgeverij Abdij van Berne
2009: De donkere stilte van God. Ervarenderwijs op zoek; met Jan Bluyssen en Gerard Rooijakkers. Uitgeverij Veerhuis
2009: Geheim van de stilte. De besloten wereld van de Roermondse kartuizers. Zwolle, Uitgeverij W-books
2010: 'Het verlangen naar de hemel. Culturele representaties van oude en nieuwe vormen van religiositeit in de negentiende eeuw, in: De Negentiende Eeuw 34 (2010), pp. 113-124.
2011: De moord op Marietje Kessels. Waarom de ouders moesten zwijgen; met Godelieve Kessels. Uitgeverij Nieuwland
2012: 'Nieuwe wereldbeelden, nieuwe gezagsverhoudingen. De pausen en hun moeizame verhouding met wetenschap en verlichting', in: Frans Willem Lantink en Jeroen Koch (red.), De paus en de wereld. Geschiedenis van een instituut. Amsterdam, Boom, pp. 223-238
2014: Roermond; biografie van een stad en haar bewoners; met Hein van der Bruggen. (Maaslandse Monografieën, groot formaat, 12). Hilversum, Verloren. x, 659 pp., ills., register
2015: 'Religie en kerk in het Limburgse Maasdal', in: Limburg, een geschiedenis, pp. 117-146, ills
2015: 'Laatmiddeleeuwse stadscultuur in het Limburgse Maasdal', in: Limburg, een geschiedenis, pp. 497-509, ills
2018: Zeventig jaar na Willem van de Pol: een fenomenologische benadering van de oecumene. Inaugurele rede tot hoogleraar Oecumenica op 6 december aan de Radboud Universiteit
2019: 'Een geschiedenis van paradoxen. De kerk in Nederlands-Limburg na 1945', in: Antoine Jacobs (red.), Kerken bouwen langs Maas en Rijn na 1945
2021: De liefde van Christus beweegt de wereld tot verzoening en eenheid. Een bezinning op het thema van de elfde assemblee van de Wereldraad van Kerken, Karlsruhe 2022. Amersfoort, Raad van Kerken in Nederland
2022: Charles de Foucauld, broeder van alle mensen. Zijn leven en zijn spiritualiteit. Leeuwarden, Adveniat
2024: Zo verborgen is God niet. Mystiek en maatschappij bij Titus Brandsma; Peter Nissen (red.). Amsterdam, Boom
2025: De erfenis van het Concilie van Nicea. Samen beraden, geloven en vieren. Leeuwarden, Adveniat
2026: Loslaten en groeien. Veertig dagen door de woestijn op weg naar Pasen. Leeuwarden, Adveniat
Nederland
