Ontwerp
Moederbord: De 6400 gebruikt hetzelfde moederbord (codenaam "Alchemy") als de alles-in-één 5400 en Performa 6360 desktopcomputer. Alchemy werd algemeen beschouwd als een beter moederbord dan dat van zijn 5200/6200 voorgangers omdat het een 64-bit datapad had naar het centraal werkgeheugen.
CPU: Alle 6400 modellen zijn uitgerust met een PowerPC 603ev-processor die op het moederbord gesoldeerd is. Alhoewel aanvankelijk gedacht werd dat de CPU niet geüpgraded kon worden, zijn er toch upgrades op de markt gebracht die deze CPU via het L2-cacheslot buitenspel zetten.
Geluid: De nieuwe "InstaTower"-behuizing beschikte over een ingebouwde subwoofer. Een regelaar aan de achterkant van de behuizing controleerde het basniveau van de subwoofer. Dit werkte alleen wanneer er externe luidsprekers aangesloten waren. Er zijn twee audio-uitgangen: een vooraan en een achteraan. Wanneer er vooraan een koptelefoon aangesloten is worden de interne luidspreker en de achterste audio-uitgang uitgeschakeld.
Uitbreiding: Er zijn twee PCI-slots en een Apple Communication Slot waar een AAUI-, ethernet- of modemkaart ingeplugd kon worden. NuBus-kaarten werden niet ondersteund.
Systeemsoftware: De Performa 6400/180 en 6400/200 werden geleverd met System 7.5.3 Revision 2.1. Deze versie was specifiek voor deze machines bedoeld omdat er stabiliteitsproblemen waren met System 7.5.3 Release 2, meer bepaald met de videokaart en met bestandsuitwisseling via LocalTalk.
