SATENA werd op 12 april 1962 opgericht door presidentAlberto Lleras Camargo met als doel de ontwikkeling van afgelegen gebieden in Colombia te bevorderen. De Colombiaanse luchtmacht werd belast met de uitbating en aanvankelijk werden ook militaire transportvliegtuigen gebruikt op de routes. Veel vliegtuigen van SATENA hebben nog steeds zowel een civiele als een militaire registratie.
Eind 2010 ging het financieel slecht met SATENA, maar door financiële steun van de Colombiaanse overheid kon de maatschappij weer opklimmen. In november 2024 ontving SATENA de eerste van acht bestelde Twin Otters.
Vloot
Huidige vloot
Een ATR 42-500 van SATENA
De vloot van SATENA bestaat uit de volgende toestellen (maart 2026):
SATENA is betrokken geraakt bij tientallen incidenten en ongevallen, onderstaand enkele voorvallen:
Op 8 september 1969 stortte een Douglas C-47 Skytrain neer bij de vliegbasis van Apiay, waarbij alle 32 inzittenden omkwamen.
Op 21 januari 1972 stortte een Douglas C-54 Skymaster neer, waarbij de 35 inzittenden omkwamen.
Op 9 januari 1974 stortte een Avro 748 neer, waarbij de 32 inzittenden omkwamen.
Op 3 mei 1975 verongelukte een Douglas C-47 in Sardinata, waarbij vier van de zeven inzittenden omkwamen.
Op 2 april 1976 stortte een Douglas C-47 neer in een meer tijdens de nadering in Puerto Asís. Vijf van de zestien inzittenden overleefden dit niet.
Op 21 februari 1978 verongelukte een Douglas C-47 in Serranía los Cobardes, vijf mensen kwamen om.
Op 18 november 1990 stortte een CASA C-212 Aviocar neer tijdens een vlucht van Quibdó naar Bogotá, de 16 inzittenden kwamen om.
Op 5 mei 2010 raakte een Embraer 145 van de baan na de landing in Mitú. Niemand raakte gewond.
Op 28 januari 2026 stortte een Beechcraft 1900D neer vlak na het opstijgen uit Cúcuta. Niemand van de vijftien inzittenden van SATENA-vlucht 8849 overleefde het ongeluk.