Amerikaanse Burgeroorlog
In april 1861 verliet Pegram de universiteit om dienst te nemen in het 21st Virginia Infantry Regiment. De volgende maand werd hij benoemd tot luitenant in een artilleriebatterij die de "Purcell Artillery" heette. Pegram nam deel aan alle veldtochten en belangrijkste veldslagen van het Army of Northern Virginia aan het oostelijke front. Zijn batterij maakte eerst deel uit van de "Light Division" onder leiding van generaal-majoor A.P. Hill en zou verder onder Hill dienen toen die bevelhebber werd van het Third Corps.
De jonge Pegram werd al snel de favoriete artillerie-officier van Hill. Hij was geliefd bij zijn manschappen voor zijn onverschrokkenheid enerzijds en zijn “academisch” voorkomen anderzijds. Pegram leed aan zware bijziendheid en droeg zelfs in het heetst van de strijd zijn bril met gouden montuur. Volgens generaal-majoor Henry Heth was hij een van de weinige soldaten die hij kende die er uitermate gelukkig uitzagen tijdens een veldslag.
Hij steeg tijdens het conflict stelselmatig in rang. In maart 1862 werd hij bevorderd tot kapitein, op 2 maart 1863 tot majoor en op 27 februari 1864 tot luitenant-kolonel. Vanaf september 1863 was hij bevelhebber van Pegram's Artillery Battalion met 60 vuurmonden onder zijn commando. Verschillende generaals, zoals Heth en Richard H. Anderson hadden Pegram voorgedragen om te bevorderen tot brigadegeneraal. Hill ondersteunde dit volledig. Volgens hem was er geen enkele militair in het Army of Northern Virginia die zo’n promotie verdiende. Lee hield echter de bevordering tegen. Hij vroeg aan Heth hoe oud Pegram was. “25 jaar denk ik”, antwoorde Heth. Daarop antwoorde Lee dat hij niet begreep waarom hij een goede militair die uitstekend werk leverde als artillerie-officier zou moeten bevorderen naar een post waar zijn kwaliteiten verloren zouden gaan. Ook Lee vond dat Pegram een van zijn beste artillerie-officieren was.
In Februari werd Pegram bevorderd tot kolonel en de maand erop benoemd tot waarnemend brigadegeneraal. Op 1 april 1865 raakte Pegram zwaargewond tijdens de Slag bij Five Forks terwijl hij zijn batterij verdedigde. Hij overleed de volgende ochtend rond 8 uur. Hij werd begraven op het Hollywood Cemetery in Richmond, Virginia.
.svg){kind=small}
Geconfedereerde Staten van Amerika
Confederate States Army
kolonel (CSA) (CSA)
brigadegeneraal (CSA) (niet bevestigd)