Breasteds kart fra 1916 som viser Fertile Crescent «Fruktbare halvmåne»
Harper oppmuntret ham til å studere egyptologi i Berlin, og lovet å opprette et professorat i egyptologi for ham når han var ferdig.
I Berlin studerte han det egyptiske språk under Adolf Erman, og dessuten arabisk og hebraisk. Der tok han doktorgraden med en dissertasjon på latin om de monoteistiske hymner fra Amarnatiden: De Hymnis in solem sub rege Amenophide IV conceptis. Dissertatio inauguralis philologica ... die XV.m. Aug. Anni MDCCCXCIV publice defendet auctor I. Henricus Breasted Americanus., og var dermed den første amerikaner som ble Dr. phil. i egyptologi.
I 1894 giftet han seg med en amerikansk kvinne, Frances Hart, som han var blitt kjent med i Tyskland. På bryllupsreisen kom han for første gang til Egypt, der han på Harpers oppdrag skulle anskaffe antikvitetet for universitetet i Chicago og kopiere gamle innskrifter. De besøkte blant annet noen av gravene i Tell el-Amarna og Deir el-Bahari. Han kunne fastslå at mange tidligere offentliggjorte hieroglyfike innskrifter var unøyaktig gjengitt, og bestemte seg for å fremstille en ny publisering av alle Egypts innskrifter.
Breasted var fra 1894 dosent og fra 1905 professor for egyptologi og Orientens historie ved University of Chicago. I 1901 ble han direktør for Haskell Oriental Museum. I 1919 grunnla han med Rockefeller-stiftelsens stiftelse Oriental Institute of the University of Chicago og ledet instituttets arkeologiske utforskninger i Egypt. I 1919 ledet Breasted den første amerikanske ekspedisjon noensinne for arkeologisk utgraving i Egypt. I 1923 ble hanvalgt til medlem av National Academy of Sciences. Hans faglige tyngdepunkt var samling av innskrifter, noe som gjorde Chicago til et internasjonalt sentrum innen epigrafikk.
Han døde av lungebetennelse på hjemreise fra en Egypt-reise i 1935.
Bibliografi
(1905) A History of Egypt from the Earliest Times to the Persian Conquest. New York: Charles Scribner's Sons.
(1906–1907) (red) Ancient Records of Egypt: Historical Documents from the Earliest Times to the Persian Conquest. Chicago: University of Chicago Press.Digital versjon
(1912) Development of Religion and Thought in Ancient Egypt: Lectures delivered on the Morse Foundation at Union Theological Seminary. New York: Charles Scribner's Sons.
Charles Breasted: Pioneer to the Past. The Story of James Henry Breasted, Archaeologist. University of Chicago Press, Chicago; London 1943
Wolfgang Helck: Kleines Lexikon der Ägyptologie. 4. Aufl., Harrassowitz, Wiesbaden 1999, ISBN 3-447-04027-0, s. 54.
Jeffrey Abt: American Egyptologist. The Life of James Henry Breasted and the Creation of His Oriental Institute. University of Chicago Press, Chicago; London 2011. ISBN 9780226001104.
