SARS-CoV-2 Gamma-varianten

SARS-CoV-2 Gamma-varianten, også kalt Lineage B.1.1.248, også kalt Brazil(ian) coronavirus variant, er en variant av SARS-CoV-2-viruset som forårsaker covid-19.

Den 1. juni 2021 navngav Verdens helseorganisasjon (WHO) B.1.1.248 som Gamma-varianten.

Bakgrunn, beskrivelse

Denne varianten av SARS-CoV-2 ble først oppdaget av Det nasjonale institutt for smittsomme sykdommer (NIID) i Japan den 6. januar 2021 i fire personer som var ankommet Tokyo etter å ha besøkt Amazonas i Brasil fire dager tidligere. Den brasilianske statsstyrte Oswaldo Cruz-stiftelsen har bekreftet at man tror varianten har versert i den brasilianske regnskogen, siden juli 2020.

Et preprint av en forskningsartikkel av Carolina M. Voloch et al. beskrev slektskap mellom brasilianske sekvenseringer i 2020 og identifiserte en ny linje SARS-CoV-2, 'B.1.1.248', i omløp i Brasil, som var utgått fra B.1.1.28. Den beskrives som fremstått i juli og først oppdaget av dem i oktober, men på publiseringstidspunktet (desember 2020), var det - skjønt etterhvert mye mer frekvent enn før - foreløpig mest å finne i Rio de Janeiro. I mai hadde deres funn for det meste vært av B.1.1.33 men i september var det betydelig spredning av B.1.1.28, og i oktober og november dominerte den nye variantlinjen (B.1.1.248) tre til fire ganger over andre klassifiseringer ved bruk av pangolinverktøy. Artikkelen identifiserer mutasjonen E484K (til stede i både B.1.1.28 og B.1.1.248) som «viden spredt» blant prøvene (for eksempel, 36 av de 38 prøvene i ett sett).

Mutasjoner

Denne varianten av SARS-CoV-2 har 12 mutasjoner i sitt piggprotein, blant annet N501Y og E484K.

Deteksjon

Isolat av den nye varianten overført til GISAID og gitt ID-spennet EPI_ISL_792680 til EPI_ISL_792683.

Statistikk

Kasus etter land (Per 18. januar 2021)
Land Bekreftede tilfeller Dato Referanser
Japan46. januar 2021
Brasil1314. januar 2021
Verden (to land)17

Referanser

  1. ↑ Covid-19: Brazil virus already in UK ‘not variant of concern’, scientist says 15. januar 2021 www.bbc.com lest 15. januar 2021
  2. ↑ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern' 15. januar 2021 news.sky.com lest 15. januar 2021
  3. 1 2 3 Lovett, Samuel (14. januar 2021). «What we know about the new Brazilian coronavirus variant». The Independent. London.
  4. ↑ Third concerning coronavirus variant should be a 'wake up call' to the world, experts warn 12. januar 2021 www.telegraph.co.uk, lest 17. januar 2021
  5. ↑ «Tracking SARS-CoV-2 variants» (på engelsk). 1. juni 2021. Besøkt 1. juni 2021.
  6. ↑ «Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil». Japan Today. Japan. 11. januar 2021.
  7. ↑ Tony Winterburn (13. januar 2021). «Brazil Confirms The Circulation Of A New ‘Amazon Rain Forest’ Variant Of The Coronavirus». euroweeklynews.com.
  8. ↑ How worrying are the UK, South Africa, and Brazil Covid variants? Michelle Roberts www.bbc.co.uk, lest 15. januar 2021
  9. ↑ Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil (Abstract) Carolina M Voloch et al. via www.medrxiv.org, lestd 15. januar 2021 doi.org/10.1101/2020.12.23.20248598
  10. 1 2 Voloch, Carolina M.; et al. (2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil" full text (see figure 5). Lest 15. januar 2021. doi:10.1101/2020.12.23.20248598 – via Medarxiv.
  11. ↑ «Supplementary Table 1 Acknowledgement Table GISAID» (PDF). virological.org. GISAID. 14. januar 2021. s. 10. Besøkt 14. januar 2021. «EPI_ISL_792680, EPI_ISL_792681, EPI_ISL_792682, EPI_ISL_792683 - Pathogen Genomics Center, National Institute of Infectious Diseases Pathogen Genomics Center, National Institute of Infectious Diseases - Tsuyoshi Sekizuka, Kentaro Itokawa, Rina Tanaka, Masanori Hashino, Makoto Kuroda»
  12. ↑ «Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil» (PDF) (pressemelding). Japan: NIID (National Institute of Infectious Diseases). 12. januar 2021. Arkivert fra originalen (PDF) 15. januar 2021. Besøkt 18. januar 2021.
  13. ↑ «新たなコロナ変異種を確認　ブラジルから入国の4人». The Nikkei (på japansk). Japan. 10. januar 2020. «厚生労働省は10日、ブラジルから羽田空港に2日に到着した10～40代の男女4人が、新型コロナウイルスでこれまで確認されていないタイプの変異種に感染していたと発表した。国内での変異種への感染確認は計34人になった (The Ministry of Health, Labor and Welfare announced on the 10th that four men and women in their teens and 40s who arrived at Haneda Airport from Brazil on the 2nd were infected with a type of mutation that had not been confirmed so far with the new coronavirus.)»
  14. ↑ Biernath, André (14. januar 2021). «Coronavirus: qué se sabe sobre la nueva variante encontrada en Brasil (y que llegó a Japón)». BBC Brasil (på spansk). Sao Paulo. «Los científicos analizaron el material genético de 31 muestras de pacientes con covid-19 en la ciudad de Manaos... ...De ellos, 13 individuos (el 42% del total) presentaban justamente ese nuevo linaje del virus. Scientists analyzed the genetic material of 31 samples from patients with covid-19 in the city of Manaus... ...Of them, 13 individuals (42% of the total) presented precisely this new lineage of the virus.»
Autoritetsdata