Był jednym z najbardziej płodnych kompozytorów współczesnych. Pozostawił po sobie około 500 utworów, reprezentujących różne gatunki muzyczne, w tym ponad 60 symfonii. Aktywny od wczesnej młodości do wieku podeszłego, ponad 30 spośród swoich symfonii skomponował po przekroczeniu 60. roku życia. Krytyczny wobec swojej twórczości, pod wpływem niepochlebnej opinii ze strony Aarona Coplanda i Leonarda Bernsteina w 1943 roku zniszczył większość swoich młodzieńczych dzieł, w tym 7 pierwszych symfonii.
Wypracował własny, indywidualny styl, oparty na połączeniu muzyki europejskiej z elementami muzyki Wschodu. Początkowo pozostawał pod silnym wpływem muzyki armeńskiej, naśladując twórczość Yenovka Der Hagopiana i Komitasa Wardapeta. Na przełomie lat 50. i 60. pod wpływem odbytych podróży i studiów coraz silniej w muzyce Hovhanessa zaczynają pojawiać się nawiązania do kultury muzycznej Dalekiego Wschodu (chińska muzyka okresu Tang, japońskie gagaku, koreańskie ah-ak, muzyka indyjska). W swoich kompozycjach sięgał po wschodnie instrumentarium (utwory na sitar, koto, shō, ryūteki, hichiriki). Muzyka Hovhanessa cechuje się wyrazistą melodyką modalną, determinującą konsonansową lub nieco dysonansowąharmonikę. Kompozytor odszedł od tradycyjnej pracy motywiczno-tematycznej, w wielu utworach porzucił całkowicie tradycyjne formy muzyki europejskiej, np. w IX symfonii, składającej się z 24 krótkich części uszeregowanych w 5 większych segmentów. W utworze Wind Drum posłużył się indyjską ragą, opierając półgodzinną kompozycję w całości na jednym modi 6-dźwiękowym. W koncercie Lousadzak z 1944 roku zastosował technikę opartą na powtarzaniu formuł bez wzajemnej koordynacji między wykonawcami przy zachowaniu ścisłej kontroli wysokości, wyprzedzającą późniejszy aleatoryzm kontrolowany. Innym oryginalnym utworem jest And God Created Great Whales, napisany na rzecz ruchu przeciwko polowaniom na morskie ssaki, w którym orkiestrze towarzyszą nagrane na taśmę głosy wielorybów.
Muzyce stawiał cele praktyczne, dbał też o przystępną formę utworów. Stąd preferował formy kameralne, nawet jego opery są dostępne dla małych zespołów. Krytykował elitarny charakter muzycznej awangardy, operując prostymi środkami wyrazu i odwołując się do emocjonalnej wrażliwości słuchacza. W wielu utworach widoczne jest religijno-mistyczne nastawienie kompozytora. Swoim kompozycjom często nadawał tytuły o charakterze programowym. Minimalistyczna, uduchowiona muzyka Hovhanessa swoją formą przypomina znacznie późniejsze dzieła Arvo Pärta, Henryka Mikołaja Góreckiego i Johna Tavernera. Pomimo swojej nonkonformistycznej postawy twórczej potrafił się podporządkować celom praktycznym, pisząc utwory na zamówienie, np. utwór Koke no kiwa dla telewizji japońskiej czy XVII symfonię na zlecenie koncernu metalurgicznego.
Ważniejsze kompozycje
(na podstawie materiałów źródłowych)
Utwory orkiestrowe
Symfonie
I symfonia „Exile” (1939)
II symfonia „Mysterious Mountain” (1956)
III symfonia (1956)
IV symfonia (1959)
V symfonia „Short Symphony” (1959)
VI symfonia „Celestial Gate” (1959)
VII symfonia „Nanga Parvat” (1959)
VIII symfonia „Arjuna” (1960)
IX symfonia „St. Vartan” (1951)
X symfonia (1959)
XI symfonia „All Man Are Brothers” (1961, zrewid. 1970)
XII symfonia na chór i orkiestrę (1960)
XIII symfonia (1953)
XIV symfonia „Ararat” (1960)
XV symfonia „Silver Pilgrimage” (1963)
XVI symfonia „Korean Kayageum” na smyczki i koreańskie instrumenty perkusyjne (1963)
XVII symfonia (1963)
XVIII symfonia „Circe” (1964)
XIX symfonia „Vishnu” (1967)
XX symfonia „3 Journeys to a Holy Mountain” (1968)
XXI symfonia „Etchmiadzin” (1968)
XXII symfonia „City of Light” (1970)
XXIII symfonia „Ani” (1972)
XXIV symfonia „Majnun” na chór i orkiestrę (1973)
XXV symfonia „Odysseus” na orkiestrę kameralną (1973)
XXVI symfonia „Consolation” (1975)
XXVII symfonia (1975)
XXVIII symfonia (1976)
XXIX symfonia na róg i orkiestrę (1977)
XXX symfonia (1976)
XXXI symfonia na smyczki (1977)
XXXII symfonia na orkiestrę kameralną (1977)
XXXIII symfonia na orkiestrę kameralną (1978)
XXXIV symfonia (1977)
XXXV symfonia na instrumenty koreańskie i orkiestrę (1978)
XXXVI symfonia na flet i orkiestrę (1979)
XXXVII symfonia (1978)
XXXVIII symfonia na sopran i orkiestrę (1978)
XXXIX symfonia na gitarę i orkiestrę (1978)
XL symfonia na instrumenty dęte, kotły i orkiestrę (1979)
XLI symfonia „Mountain Sunset” (1979)
XLII symfonia (1979)
XLIII symfonia (1979)
XLIV symfonia (1980)
XLV symfonia (1979)
XLVI symfonia „To the Green Mountains” (1981)
XLVII symfonia „Walla, Walla, Land of Many Waters” na sopran i orkiestrę (1981)
XLVIII symfonia „Vision of Andromeda” (1982)
XLIX symfonia „Christmas” na smyczki (1981)
L symfonia „Mount St. Helens” (1982)
LI symfonia na trąbkę i orkiestrę (1982)
LII symfonia „Journey to Vega” (1983)
LIII symfonia „Star Dawn” (1983)
LIV symfonia (1983)
LV symfonia (1983)
LVI symfonia (1983)
LVII symfonia „Cold Mountain” na tenora, baryton, klarnet i smyczki (1983)
LVIII symfonia „Sacra” na sopran, baryton, chór i orkiestrę (1985)
LIX symfonia (1985)
LX symfonia „To the Appalachian Mountains” (1985)
LXI symfonia (1986)
LXII symfonia „Let Not Man Forget” na baryton i smyczki (1987)
LXIII symfonia „Loon Lake” (1988)
LXIV symfonia (1989)
LXV symfonia „Artsakh” (1991)
Koncerty
Koncert wiolonczelowy (1936)
Lousadzak na fortepian i smyczki (1944)
Return and Rebuild the Desolate Places na trąbkę i smyczki (1945)
Asori na flet, kornet, fagot, trąbkę, kotły i smyczki (1946)
Sosi na skrzypce, fortepian, perkusję i smyczki (1948)
Artik na róg (1948)
Zertik Parkim na fortepian i orkiestrę kameralną (1948)
Elibris na flet i smyczki (1949)
Khaldis na 4 trąbki, fortepian i perkusję (1951)
Talin na altówkę i orkiestrę smyczkową (1952)
Koncert akordeonowy (1959)
Shambala na skrzypce, sitar i orkiestrę (1970)
Koncert na harfę i smyczki (1973)
Koncert na eufonium (1977)
2 koncerty gitarowe (1977, 1985)
Koncert na saksofon sopranowy (1980)
Koncert nr 1 „Arevakal” na orkiestrę (1951)
Koncert nr 2 na skrzypce i smyczki (1951–1957)
Koncert nr 3 „Diran” na róg barytonowy lub puzon i smyczki (1948)
Koncert nr 4 na orkiestrę (1952)
Koncert nr 5 na fortepian i smyczki (1952)
Koncert nr 6 na harmonijkę ustną i smyczki (1953)
Koncert nr 7 na orkiestrę (1953)
Koncert nr 8 na orkiestrę (1953)
Pozostałe
Storm on Mt. Wildcat (1931)
Celestial Fantasy (1944)
3 Armenian Rhapsodies (1944)
Khiriam Hairis na trąbkę i smyczki (1944)
Tzaikerk (1945)
Kohar (1946)
Forest of Prophetic Sounds (1948)
Uwertura na puzon i smyczki (1948)
Janabar, 5 hymnów na skrzypce, trąbkę, fortepian i smyczki (1949)
Prelude and Quadruple Fugue (1955)
Meditation on Orpheus (1957–1958)
poemat symfoniczny Copernicus (1960)
Mountain of Prophecy (1960)
poemat symfoniczny Meditation on Zeami (1963)
poemat symfoniczny Ukiyo, Floating World (1964)
Fantasy on Japanese Wood na ksylofon i orkiestrę (1964)
The Holy City (1967)
poemat symfoniczny Fra Angelico (1968)
Mountain and Rivers Without End na 10 instrumentów (1968)
And God Created Great Whales na orkiestrę i głosy wielorybów z taśmy (1969)
Dawn on Mt. Tahoma (1973)
Fanfare to New Atlantis (1975)
Ode to Freedom na skrzypce i orkiestrę (1976)
Rubaiyat na narratora, akordeon i orkiestrę (1975)
Utwory kameralne
2 kwintety fortepianowe (I 1926 zrewid. 1962, II 1964)