Wystąpił w filmach dokumentalnych Towarzysz generał (2009), New Poland (2010), w trzeciej części serii Transformacja (2012) oraz Jedwabne. Historia prawdziwa (2022).
Naukowiec o poglądach prawicowych i konserwatywnych.
Zdaniem Chodakiewicza pierwsze elementy struktur określanych z czasem jako lewicowe można dostrzec w gnozie. Ich podstawą jest więc przekonanie o możliwości posiadania tajemnej (a więc niedostępnej ogółowi społeczeństwa) wiedzy o rzeczywistości, dzięki której staje się możliwa radykalna przemiana świata. Stąd, jak twierdzi Chodakiewicz, obecne w rozmaitych ruchach lewicowych dążenia rewolucyjne oraz utopijność. W cywilizacji chrześcijańskiej przejawiały się one w wierze w dokonanie przewrotu społecznego ustanawiającego Królestwo Boże na ziemi, a więc w wymiarze doczesnym. W ramach laicyzacji świata zachodniego ta sama wiara utraciła religijną nomenklaturę, przyjmując postać oczekiwania idealnego, pozbawionego przemocy i niesprawiedliwości społeczeństwa oraz powszechnego dobrobytu. Koncepcję tę niejednokrotnie wspiera przekonanie o tym, że człowiek, pozostając w stanie natury, jest istotą wolną i równą, a nabywa niewłaściwych przekonań w wyniku niekorzystnych i opresyjnych warunków społecznych. Ich zmiana może dokonywać się drogą rewolucji lub wdrażania stopniowych zmian struktury społeczeństwa.
Innymi, obok gnozy i utopijności, wyznacznikami myśli lewicowej są według Chodakiewicza:
relatywizm i nominalizm polegające na przekonaniu o względności wszelkich ludzkich pojęć konstytuujących religię, tradycję i wartości.
idealizm i dualizm, które wyrażają się w przekonaniu o wyższości idei nad rzeczywistością, a także o możliwości dopasowania natury ludzkiej do teoretycznego modelu społeczeństwa postępowego.
Kontrowersje wzbudził wykład dotyczący cywilizacji śmierci, który Marek Chodakiewicz wygłosił 29 lipca 2019 w Centrum Edukacyjnym IPN im. Janusza Kurtyki. Został on uznany przez część mediów za homofobiczny.
Chodakiewicz wyprowadza zasadnicze punkty teorii gender z idei gnostyckich, które powracały w historii kultury zachodniej pod postacią kolejnych ruchów progresywnych, anarchicznych czy radykalnie emancypacyjnych. „Podczas gdy w chrześcijaństwie ciało i dusza to jedno”, pisał, „w gnozie są one traktowane oddzielnie. Ta starożytna herezja jest właśnie źródłem ideologii gender, szczególnie twierdzenia o rzekomej płynności płci (...). Sekty oparte na takich propozycjach pojawiają się w dziejach cyklicznie (...). Po XVII w. nastąpiła sekularyzacja gnostycyzmu. Tzw. oświecenie zdetronizowało Boga na rzecz nauki, która stała się bogiem. I zdeifikowała człowieka. W tym kontekście w XVIII w. miała miejsce nowa rewolucja seksualna”.
Żeby Polska była polska. Antologia publicystyki konspiracyjnej podziemia narodowego 1939–1950. Warszawa: IPN, 2010. ISBN978-83-7629-212-0 (współredaktor: Wojciech Muszyński)
Złote serca, czy złote żniwa? Studia nad wojennymi losami Polaków i Żydów, The Facto, 2011. ISBN978-83-61808-05-3.
Spanish Carlism and Polish Nationalism: The Borderlands of Europe in the 19th and 20th Centuries. Charlottesville, VA: Leopolis Press, 2003. ISBN0-9679960-5-8 (współredaktor: John Radziłowski)
After the Holocaust: Polish-Jewish Relations in the Wake of World War II, East European Monographs, 2003. ISBN0-88033-511-4.
Accommodation, collaboration, and resistance in Poland, 1939–1947: a theory of choices and the methodology of a case study. Detroit, Michigan: Piast Foundation, 2003
Between Nazis and Soviets: Occupation Politics in Poland, 1939–1947, Lexington Books, 2004. ISBN0-7391-0484-5.
Marek Jan Chodakiewicz:O cywilizacji śmierci. Jak zatrzymać antykulturę totalitarnych mniejszości.Warszawa:3S Media/Biblioteka Wolności,2020. ISBN978-83-61935-99-5.
↑M.P. z2007r. Nr52,poz.596 (ISAP)„za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej, za działalność na rzecz przemian demokratycznych, za osiągnięcia w podejmowanej z pożytkiem dla kraju pracy zawodowej i działalności społecznej”.