Zawodowo związany z WSP im. KEN w Krakowie, przekształconą kolejno w Akademię Pedagogiczną, Uniwersytet Pedagogiczny im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie i, w 2023, w Uniwersytet Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie (UKEN), na którym objął stanowisko profesora. W latach 2009–2016 był dyrektorem Instytutu Filologii Polskiej, w latach 2016–2019 pełnił funkcję dziekana Wydziału Filologicznego, zaś w latach 2019–2020 zajmował stanowisko dziekana Wydziału Nauk Humanistycznych. W czerwcu 2020 został wybrany na rektora UP w kadencji 2020–2024, pokonując w głosowaniu urzędującego rektora profesora Kazimierza Karolczaka oraz dr hab. Roberta Stawarza.
Kontrowersje
W maju 2021 Rada Uczelni poddała pod głosowanie odwołanie rektora Piotra Borka z funkcji. Wniosek został zgłoszony przez prof. Grzegorza Przebindę, który zarzucił rektorowi, że ten oddał całkowicie, wbrew ustawie, władzę kanclerzowi, a na uczelni panuje atmosfera strachu. Po wyniku – 3 głosy za do 3 przeciw i 1 wstrzymujący – rektor pozostał na stanowisku. W obronie zwalnianych pracowników, w maju 2021 powstała w Uniwersytecie Pedagogicznym komisja zakładowa OZZ Inicjatywa Pracownicza, która zaczęła piętnować naruszenia statutu uczelni, prawa pracy oraz dobrych obyczajów. Rektor zwolnił kilkudziesięciu naukowców, m.in. poprzedniego rektora prof. Kazimierza Karolczaka, dyrektora Instytutu filozofii prof. Janusza Majcherka. Inne osoby odeszły z własnej woli, zniechęcone złym traktowaniem pracowników.
Jesienią 2021, na podstawie anonimowego donosu, rektor Piotr Borek oskarżył studenta Jakuba Gajdę, że ten groził władzom uczelni wystrzelaniem z kupionego przez siebie pistoletu, „co prawda na wodę”. Rektor zaalarmował policję i prokuraturę oraz podjął decyzję o zawieszeniu Gajdy w prawach studenta. Policja umorzyła postępowanie 30 grudnia, jednak uczelnia złożyła na to dwa zażalenia, jedno sygnowane przez kanclerza Krzysztofa Wąsowicza, drugie – przez prorektora ds. kształcenia i rozwoju Roberta Stawarza. Ostatecznie postępowanie umorzono w marcu 2022, jednak Jakub Gajda otwarcie mówił, że „Uniwersytet Pedagogiczny chciał go zniszczyć”. List do rektora Borka z poparciem dla szykanowanego studenta Gajdy podpisało 1494 osób, głównie ze środowiska akademickiego, co jednak nie skłoniło władz uczelni do żadnych przeprosin pokrzywdzonego, a tym bardziej – do rekompensaty krzywd.
Także jesienią 2021 rektor Piotr Borek zaczął zwalniać wspomnianych związkowców z Inicjatywy Pracowniczej, m.in. z kierunku Pedagogika Specjalna wieloletnią Pełnomocniczkę ds. Osób Niepełnosprawnych dr Małgorzatę Trojańską (dyscyplinarnie, za domniemane nieprzestrzeganie procedur uczelnianych kilka lat wcześniej), a także – wbrew ustawie o związkach zawodowych – chronionych związkowców: wiceprzewodniczącą związku dr Annę Stolińską (która, wraz z dwoma innymi osobami, zrezygnowała z funkcji prorektorki przy rektorze Borku), członkinię chronioną dr Ewę Żmijewską, członkinię chronioną dr hab. Katarzynę Parys, a także przewodniczącą związku dr hab. Ninę Plutę Podleszańską, która otrzymała zwolnienia dyscyplinarne (główny powód jej zwolnienia – przeniesienie 60 minut zajęć na inny dzień). Zagroził również zwolnieniem dyscyplinarnym wiceprzewodniczącemu związku – dr Michałowi Apollo, który pod naciskiem zwolnił się sam.
W sądzie pracy toczy się obecnie kilkadziesiąt spraw założonych przez zwolnionych pracowników przeciwko UKEN (nazwa Uniwersytetu Pedagogicznego od 2023). W kilku sąd uznał już, że zwolnienia były prawnie wadliwe i nakazał wypłacenie rekompensaty. W żadnej sprawie UKEN dotychczas jeszcze nie wygrał, a wydatki uczelni w sprawach sądowych wynoszą już setki tysięcy złotych. O ukaranie grzywną rektora Borka za zwolnienie chronionych związkowców wystąpiła także Państwowa Inspekcja Pracy. Rektor odwołał się od decyzji o ukaraniu w pierwszej instancji i sprawa jest nadal rozpatrywana (początek 2024) w Sądzie Karnym. Tymczasem 11 czerwca 2024 roku Sąd Okręgowy w Krakowie nakazał prawomocnym wyrokiem bezzwłoczne przywrócenie do pracy dr hab. Niny Pluty Podleszańskiej, pierwszej przewodniczącej Inicjatywy Pracowniczej przy UKEN (wówczas UP).
11 marca 2024 roku, Rada Uczelni (przewodniczący: Dariusz Rott) zablokowała możliwość startu w wyborach rektorskich jego kontrkandydatowi prof. Piotrowi Trojańskiemu, który uzyskał pozytywną opinię Senatu Uniwersytetu Komisji Edukacji Narodowej, tym samym Piotr Borek był jedynym kandydatem w wyborach rektorskich UKEN w 2024 roku. 21 marca został wybrany na rektora na kadencję 2024–2028. Opowiedziało się za nim 77 elektorów, 69 wstrzymało się od głosu, 3 głosy były nieważne (nie można było głosować przeciw). Związkowcy z Inicjatywy Pracowniczej złożyli protesty wyborcze, a MNiSW prowadzi postępowanie kontrolne w sprawie sytuacji w UKEN.
3 czerwca 2024 roku poseł Marek Sowa zgłosił do ministra nauki interpelację nr 3255 „w sprawie podjęcia pilnych działań interwencyjnych dotyczących nieprawidłowości w Uniwersytecie Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie”, m.in. z zapytaniem: „Czy jest prowadzone przez MNiSW postępowanie ws. odwołania rektora UKEN prof. Piotra Borka na podstawie art. 432 ust. 1 lub ust. 5 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2023 r. poz. 742 ze zm.) z uwagi na rażące lub uporczywe naruszenia prawa (w tym ustawy Kodeks pracy, ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, Statutu UKEN i innych przepisów prawa)”.
2 września 2024 roku Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego Dariusz Wieczorek wszczął postępowanie odwołania Piotra Borka z funkcji rektora UKEN. Powodem wskazanym przez Ministra było „rażące lub uporczywe naruszanie prawa”. Borek zadeklarował wówczas chęć wykorzystania wszelkich dostępnych instrumentów prawnych w celu zablokowania ministerialnej decyzji i ochrony „niezależności akademickiej”. 2 lipca 2025 roku nowy MNiSW Marcin Kulasek, podjął decyzję o odwołaniu Borka z funkcji rektora Uniwersytetu Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie. 7 listopada postanowienie to otrzymało rygor natychmiastowej wykonalności. 29 września 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie podjął decyzję o unieważnieniu dwóch wcześniejszych aktów prawnych z czerwca 2025 roku oraz marca 2026 roku, na mocy których Borek został pozbawiony kierownictwa nad tą krakowską uczelnią. Na stronie uczelni opublikowano komunikat, który informuje, że Borek powrócił na stanowisko rektora. 30 września 2026 minister nauki zawiesił Piotra Borka i skierował do senatu uczelni wniosek o jego odwołanie.
W kwietniu 2026 sąd rejonowy w Krakowie ukarał Piotra Borka grzywną sześciu tysięcy złotych za złamanie prawa przy wypowiadaniu umów o pracę.
