BioPHP

BioPHP
BioPHP
Desenvolvedor	Dr. Joseba Bikandi (primeiro desenvolvedor)
Escrito em	PHP
Sistema; operacional	Multiplataforma
Tipo	Bioinformática
Licença	GNU GPL versão 2.
Website	BioPHP.org

BioPHP é um pacote de código aberto em PHP, com classes para a análise de seqüências de ADN e proteínas, alinhamento, análise sintática de bancos de dados, e outras ferramentas de Bioinformática.

A biblioteca de softwares BioPHP tem sido usada no desenvolvimento de projetos em bioinformática. Ela também é usada em conjunto com outras ferramentas como o BioPerl. Uma importante ferramenta da biblioteca é a PCR amplification, para teste de iniciadores (primers) in silico.

É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation.

Projetos

Quatro tipos de projetos estão disponíveis até o momento:

GenePHP: reescrita ou tradução de BioPerl para PHP.
Funções: códigos que podem ser incluídos em outros projetos.
Miniferramentas (Minitools): um conjunto de scripts fo tipo copiar-e-colar para a realização de pequenas tarefas.
Ferramentas (Tools): scripts multipáginas para requerimentos especiais.

Ver também

Referências

↑ Shameer, Khader ; Madan, Lalima L; Veeranna, Shivamurthy ; Gopal, Balasubramanian; Sowdhamini, Ramanathan (Setembro 2010). «PeptideMine - A webserver for the design of peptides for protein-peptide binding studies derived from protein-protein interactomes». BMC Bioinformatics. 11. p. 473. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-11-473
↑ Doddapaneni, H.;Lin, H.; Walker M.A.; Yao, J.;Civerolo, E.L. (Fevereiro 2008). «VitisExpDB: A database resource for grape functional genomics». BMC Plant Biology. 8. p. 23. ISSN 1471-2229. doi:10.1186/1471-2229-8-23
↑ He, J; Dai, X; Zhao, X (9 Fevereiro 2007). «PLAN: a web platform for automating high-throughput BLAST searches and for managing and mining results». BMC Bioinformatics. 8. p. 53. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-8-53
↑ He, Ji; Benedito, Vagner A; Wang, Mingyi; Murray, Jeremy D.; Zhao, Patrick X.; Tang, Yuhong; Udvardi, Michael K. (Dezembro 2009). «The Medicago truncatula gene expression atlas web server». BMC Bioinformatics. 10. p. 441. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-10-441
↑ Guerrero, Darío; bautista, Rocío; Villalobos, David P.; Cantón, Francisco R. Claros, M. (2 de junho de 2010). «AlignMiner: a Web-based tool for detection of divergent regions in multiple sequence alignments of conserved sequences». Algorithms for Molecular Biology. 5 (1). p. 24. ISSN 1748-7188. doi:10.1186/1748-7188-5-24

Ligações externas

«BioPHP.org». biophp.org
«Um BioPHP orientado a objeto». plasmidb.sourceforge.net
«Lee Katz's biophp». code.google.com

[1] Shameer, Khader ; Madan, Lalima L; Veeranna, Shivamurthy ; Gopal, Balasubramanian; Sowdhamini, Ramanathan (Setembro 2010). «PeptideMine - A webserver for the design of peptides for protein-peptide binding studies derived from protein-protein interactomes». BMC Bioinformatics. 11. p. 473. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-11-473

[2] Doddapaneni, H.;Lin, H.; Walker M.A.; Yao, J.;Civerolo, E.L. (Fevereiro 2008). «VitisExpDB: A database resource for grape functional genomics». BMC Plant Biology. 8. p. 23. ISSN 1471-2229. doi:10.1186/1471-2229-8-23

[3] He, J; Dai, X; Zhao, X (9 Fevereiro 2007). «PLAN: a web platform for automating high-throughput BLAST searches and for managing and mining results». BMC Bioinformatics. 8. p. 53. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-8-53

[4] He, Ji; Benedito, Vagner A; Wang, Mingyi; Murray, Jeremy D.; Zhao, Patrick X.; Tang, Yuhong; Udvardi, Michael K. (Dezembro 2009). «The Medicago truncatula gene expression atlas web server». BMC Bioinformatics. 10. p. 441. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/1471-2105-10-441

[5] Guerrero, Darío; bautista, Rocío; Villalobos, David P.; Cantón, Francisco R. Claros, M. (2 de junho de 2010). «AlignMiner: a Web-based tool for detection of divergent regions in multiple sequence alignments of conserved sequences». Algorithms for Molecular Biology. 5 (1). p. 24. ISSN 1748-7188. doi:10.1186/1748-7188-5-24