BioPerl

BioPerl
Lançamento inicial11 de junho de 2002; há 24 anos (2002-06-11)
Lançamento estável
1.6.923 / 19 de dezembro de 2013; há 12 anos (2013-12-19)
Repositório
Escrito emPerl
Sistema
operacional		Macintosh, Windows, Unix-like
TipoBioinformática
LicençaLicença artística (software) e GPL
Websitebioperl.org

BioPerl é uma coleção de módulos Perl que facilitam o desenvolvimentode scripts Perl para aplcações de bioinformática. Ele desempenhou um papel integral no Projeto Genoma Humano. O projeto fornece kits de ferramentas com múltiplas funções que tornam mais fácil a criação de análises ou pipelines customizados.

É um projeto de software ativo de código aberto apoiado pela Open Bioinformatics Foundation.

Sua história pode ser traçada desde uma lista de discussão em setembro 1996 discussion. A primeira versão estável foi lançada em 11 de Junho de 2002; a versão estável mais recente (em termos de API) é a release 1.6.1 de outubro de 2009. Há também versões de desenvolvedores produzidas periodicamente. A versão 1.6.0 é considerada a mais estável versão (em termos de bugs) de BioPerl e é recomendada para uso diário, mas a versão "nightly builds" também é extremamente estável, e muitos usuários BioPerl ficam atualmente com esta.

A fim de tirar vantagem do BioPerl, o usuário precisa de um entendimento básico da linguagem de programação Perl, incluindo uma compreensão de como usar referências Perl, módulos, objetos e métodos.

Características

BioPerl fornece módulos de software para muitas das tarefas típicas da programação para bioinformática. Estes incluem:

Uso

Além de ser usado diretamente pelos usuários finais, BioPerl também fornece a base para uma ampla variedade de ferramentas de bioinformática, incluindo entre outras:

Novas ferramentas e algoritmos de desenvolvedores externos são frequentemente integrados diretamente ao próprio BioPerl:

Ver também

Referências

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Ligações externas