D.JoãoIII então encomendou a construção de uma catedral em Goa e dessa forma conseguiu do papa ClementeVII a ereção da Diocese de Goa em 31 de janeiro de 1533, pela bula papalRomani Pontificis Circumspectio. A jurisdição da nova diocese estendia-se então desde o cabo da Boa Esperança até à China e Japão. Em 3 de novembro de 1534 a ereção da diocese foi confirmada pela bula Aequum reputamus do Papa Paulo III, pois a morte de Clemente VII havia impedido a publicação da bula de ereção. A diocese era originalmente sufragânea da arquidiocese do Funchal.
Por breve de 13 de dezembro de1572 o Papa Gregório XIII concedeu ao arcebispo de Goa o título de Primaz do Oriente. Em 1857, Goa havia ganho diversas dioceses sufragâneas no subcontinente indiano mas retinha apenas Macau e Moçambique fora da referida zona geográfica.
Em 23 de janeiro de 1886, o papa LeãoXIII, por meio da constituição apostólicaHumanae Salutis Auctor, investiu o Arcebispo de Goa com o título de Patriarca ad honorem das Índias Orientais. No mesmo ano, a Arquidiocese de Cranganor, criada pelo breveMulta praeclare do papa GregórioXVI em 24 de abril de 1838, foi dissolvida e o título anexado ao da Diocese de Damão, criada por meio da bula Humanae salutis do papa Leão XIII e dissolvida em 1 de maio de 1928 com a bula Inter Apostolicam e anexada à Arquidiocese de Goa. Desde essa data, o arcebispo passou a ser chamado por Arcebispo de Goa e Damão, possuindo também as designações de Patriarca das Índias Orientais e Arcebispo Titular de Cranganore.
Em 1940, Díli foi elevada a diocese e colocada como sufragânea de Goa ao passo que Moçambique foi no mesmo ano desmembrada da Arquidiocese Metropolitana. Em 1953 a Arquidiocese de Goa perdeu as dioceses sufragâneas de Cochim, Meliampor e Canara no seguimento da reorganização territorial eclesiástica do novo estado indiano.
A 18 de dezembro de 1961, a União Indiana invadiu os territórios de Goa, Damão e Diu e no ano seguinte o Arcebispo Patriarca Dom José Vieira de Alvernaz abandonou o território. Em 1965, o território de Diu foi confiado à Sociedade Missionária de São Francisco Xavier. A complexa questão da invasão da Índia Portuguesa, levou a que a Santa Sé apenas em 1975 tenha aceite a resignação do último Patriarca, colocando a Arquidiocese de Goa diretamente subordinada à Santa Sé. As dioceses de Macau e Díli foram também desmembradas da província eclesiástica e colocadas também diretamente subordinadas à Santa Sé.
Pela bula "Quoniam Archdioecesi" de 30 de janeiro de 1978, o papa PauloVI nomeou Raul Nicolau Gonçalves para arcebispo de Goa e Damão com o título "ad honorem" de Patriarca das Índias Orientais. Pela bula "Inter Gravissimas" de 12 de dezembro de 2003, o papa João PauloII nomeou Filipe Neri do Rosário Ferrão como novo arcebispo de Goa e Damão concedendo-lhe igualmente "ad honorem" o título de Patriarca. A atribuição do título de Patriarca não é obrigatória sendo uma prerrogativa do Santo Padre.
A Arquidiocese de Goa e Damão permaneceu até 25 de novembro de 2006 como apenas arquidiocese imediatamente submetida à Santa Sé, já que se tratava de um arcebispo que não era metropolita, uma vez que a arquidiocese não tinha dioceses sufragâneas desde 1 de janeiro de 1975, quando as dioceses de Macau e de Díli foram separadas dela. Em 25 de novembro de 2006, o papa BentoXVI resolveu esta questão, com a bula Cum Christi Evangelii, ao tornar a Diocese de Sindhudurg uma sufragânea de Goa e Damão, que, juntos, formaram uma nova província eclesiástica.
Prelados
D. Filipe Neri do Rosário Ferrão, primeiro cardeal-arcebispo da história da arquidioceseD. José da Costa Nunes, arcebispo de Goa e Damão, depois cardealD. António Sebastião Valente, primeiro Patriarca das Índias OrientaisD. Aleixo de Menezes, arcebispo de Goa, depois arcebispo de Braga e vice-rei de Portugal
Meneses, Aleixo de (1606). Synodo Diocesano da Igreia e Bispado de Angamale. dos antigos christaos de Sam Thome das Serras do Malauar das partes da India Oriental celebrado pello Reuerendissimo Senhor Dom Frey Aleixo de Menezes Arcebispo Metropolitano de Goa, Primaz da India et partes Orientaes. Coimbra: Officina de Diogo Gomez Loureyro, impressor da Universidade. 124páginas
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