A ocupação do território que corresponde a uma parte do atual município de Inhambupe aconteceu durante o processo de avanço da colonização portuguesa para o interior da Capitania da Bahia. Em torno da Capela do Divino Espírito Santo formou-se o principal núcleo de povoamento dessa área do sertão, inicialmente dependente da Vila de São João Batista da Água Fria, da qual precisava para questões civis, judiciais e religiosas.
Em 1718, foi criada a Freguesia do Divino Espírito Santo do Inhambupe de Cima, dando maior autonomia religiosa ao povoado e fortalecendo-o como centro da organização religiosa local. Em 1757, o vigário Joaquim de Sant’Ana informou às autoridades que a freguesia possuía três capelas filiais: Santo Antônio das Lagoinhas, Nossa Senhora dos Prazeres e Nossa Senhora da Conceição do Sobrado, mostrando a ampliação de sua área de influência. Ao longo do século XVIII, a freguesia apresentou crescimento populacional, acompanhado pela expansão das lavouras de fumo e de outras atividades agrícolas, principalmente nas décadas de 1780 e 1790. Esse crescimento da população e da economia, junto à distância entre as duas localidades, tornou a dependência administrativa em relação à Vila de São João Batista da Água Fria cada vez menos adequada para atender às necessidades locais.
Em 1798, o governador da Bahia, D. Fernando José de Portugal, autorizou a criação da Vila do Inhambupe. A medida foi justificada pelas dificuldades de comunicação com a sede de Água Fria e pela necessidade de dar à localidade uma administração própria. Com a elevação à categoria de vila, Inhambupe tornou-se sede do município, adquirindo autonomia política e administrativa
Após sua instalação como vila, Inhambupe ampliou sua área territorial sobre diversos povoados, entre eles Alagoinhas e Entre Rios Durante o século XIX, a Vila de Inhambupe possuía três freguesias: a Freguesia do Divino Espírito Santo de Inhambupe, sede da vila; a Freguesia de Nossa Senhora da Conceição do Aporá; e a Freguesia de Nossa Senhora dos Prazeres de Entre Rios. Ao longo dos anos, sucessivas separações de partes de seu território deram origem a novos municípios, processo que contribuiu para a formação territorial da região correspondente ao atual Agreste baiano.
Tem origem na língua tupi “ïnã’bu-pe” cujo significado remete ao rio “Inhambus”, uma espécie de ave silvestre.
