Carreira como treinador
Em Junho de 2009 pôs fim à sua carreira como futebolista profissional e assumiu o cargo de treinador da equipa de sub-17 do Futebol Clube do Porto.
No início da época 2009/2010 foi anunciado como assistente do treinador André Villas Boas do plantel principal do Porto.
No final da época 2010/2011, Pedro Emanuel aceita uma proposta da Académica de Coimbra, através da qual deu início à sua carreira como treinador principal.
No dia 13 de fevereiro de 2012, durante o jogo entre a Académica de Coimbra e o Gil Vicente FC, Pedro Emanuel efetuou as 3 substituições à sua disposição ao mesmo tempo no minuto 37 do jogo. Esta medida rara e arrojada não surtiu todavia o efeito desejado no resultado do jogo.
Na sua primeira época como técnico, conseguiu manter o clube na 1ª liga de futebol (13º lugar) e garantiu a participação na fase de grupos da Liga Europa ao vencer o Sporting na final da Taça de Portugal. De referir que o clube não ia à final da competição há 43 anos e não ganhava o troféu há 73 anos.
Nas épocas de 2013/2014 e de 2014/2015, foi treinador do Futebol Clube de Arouca, que é um clube português localizado na vila de Arouca, freguesia da União das Freguesias de Arouca e Burgo, concelho de Arouca, Área Metropolitana do Porto, Região Norte, garantindo a manutenção do Arouca na Primeira Liga. A história do Futebol Clube de Arouca está muito ligada ao Futebol Clube do Porto, sendo a filial nº 40 do Futebol Clube do Porto.
Apollon Limassol
Pedro iniciou sua carreira em outro país ao ser anunciado no Apollon Limassol em 10 de junho de 2015. Em sua primeira época venceu a Supercopa do Chipre e a Copa, mas foi demitido em 11 de dezembro de 2016.
Estoril Praia
No dia 8 de março de 2017, Pedro assinou com o Estoril Praia e retornou a solo português. Sua campanha na reta final da Primeira Liga foi positivo, já que perdeu apenas uma das 10 partidas que comandou a equipe. Desse modo, antes mesmo do fim da época, já se falava em renovação com a equipe – algo que ocorreu eventualmente.
Na segunda, porém, enfrentou uma sequência de derrotas que iniciou em agosto. No mês de outubro, após não vencer nenhum jogo na Primeira Liga e deixar a equipe na lanterna, foi demitido do cargo.
Al-Taawaoun
Pedro rumou à Arábia Saudita para assinar com Al-Taawoun Football Club e por lá encontrou seu melhor momento desde a estreia como treinador. No período em que comandou a equipe, ficou com a 3ª colocação no Campeonato Saudita e venceu a Copa do Rei de 2018–19.
Almería
No dia 4 de agosto de 2019, após apenas uma temporada na Arábia Saudita, voltou à Europa e assinou com o Unión Deportiva Almería para disputa da Segunda Divisão Espanhola. Mesmo com a campanha positiva, perdendo apenas dois de seus 14 jogos – o que lhe rendeu a 2ª colocação na tabela –, o português optou por rescindir o contrato com a equipe europeia após exatos três meses.
Al-Ain
No dia 5 de janeiro de 2020, assinou um contrato de 18 meses com Al Ain Football Club para disputar o Campeonato Emiradense. Na equipe, cumpriu seu contrato até o final, mas não obteve títulos.
Após assinar, o treinador havia posto a equipe para disputar a final da Copa do Presidente, além de ainda ter possibilidade do título nacional, todavia, viu a época ser cancelada após a Pandemia de COVID-19 nos Emirados Árabes Unidos. Na segunda temporada, porém, não repetiu os resultados e deixou o clube sem troféus levantados.
Al-Nassr
Em outubro de 2021, assinou seu retorno à Arábia Saudita para treinar Al-Nassr Football Club, que ocupava a 3ª colocação, até o fim da época. No entanto, após apenas cinco partidas, onde só venceu a estreia, foi demitido.
Al-Khaleej
No dia 3 de julho de 2022, assinou com Al-Khaleej Football Club que havia sido recém promovido à Primeira Divisão Saudita. Na sua primeira época, conseguiu ajudar a equipe a se manter na Elite, portanto, renovou seu contrato por mais duas épocas.
Na segunda, contudo, mesmo mantendo a equipe na Primeira Divisão em uma posição mediana, rescindiu o contrato assim que o Campeonato acabou.
Al-Fayha
No dia 10 de dezembro de 2024, assinou até o fim da época com Al-Fayha. Quando assinou, os sauditas ocupavam a 17ª colocação do Campeonato, e Pedro garantiu um empate por 1–1 contra Al-Ittihad, o líder da competição. Com mais resultados positivos no percurso, a equipe consolidou-se no meio da tabela e garantiu-se na Elite.
Pedro renovou seu contrato por mais uma época e continuou na equipe. Na segunda temporada, mesmo atingido mais pontos e mantendo a equipe, novamente, no meio da tabela, teve sequências de resultados ruins, vencendo apenas uma das oito últimas partidas, e a diretoria e o treinador optaram pelo fim do vínculo.
Vasco da Gama
No dia 10 de julho de 2026, após recusar uma investida do futebol saudita, optou por assinar com o Vasco da Gama, que à época ocupava a zona de rebaixamento do Brasileirão. Antes de assinar, mas já em solo brasileiro, afirmou que sua primeira missão seria tirar a equipe da posição incômoda.
Na quarta-feira, 05 de agosto de 2026, a equipe vascaína obteve vitória pela Copa do Brasil no placar de 3 a 1 contra o (Fluminense) e avança para as quartas de final do torneio nacional.
Na Copa do Brasil pelas Quartas de Finais, o time de Pedro Emanuel obteve sucesso diante da equipe do Vitória com direito ao placar de 3 a 0 no agregado, carimbando assim a classificação do clube as semifinais da competição pelo terceiro ano consecutivo.
No dia 13 de outubro de 2026, no jogo de ida da semifinal da Copa Sul-Americana, conquistou um feito raro e levou a equipe cruzmaltina à vitória por 1 a 0 contra o Boca Juniors em seu estádio, La Bombonera, tornando-se a oitava equipe brasileira a vencer a equipe na Argentina por uma competição oficial.
