Cisma da era israelita
O samaritanismo sustenta que o cume do Monte Gerizim é o verdadeiro local do Lugar Santo de Deus. Os samaritanos remontam sua história como uma entidade separada a um período logo após a entrada dos israelitas na Terra Prometida. A historiografia samaritana traça o próprio cisma até o momento em que o sumo sacerdote Eli deixou o Monte Gerizim, onde ficava o primeiro altar israelita em Canaã, e construiu um altar concorrente na vizinha Siló. O grupo dissidente de israelitas que seguiu Eli até Siló seria aquele que, em anos posteriores, se dirigiria ao sul para se estabelecer em Jerusalém (os judeus), enquanto os israelitas que permaneceram no Monte Gerizim, em Samaria, se tornariam conhecidos como samaritanos.
Abu l-Fath, que no século XIV escreveu uma importante obra sobre a história samaritana, comenta sobre as origens samaritanas da seguinte forma:
Houve uma terrível guerra civil entre Eli, filho de Yafni, da linhagem de Itamar, e os filhos de Pincus (Fineias), porque Eli, filho de Yafni, resolveu usurpar o sumo sacerdócio dos descendentes de Pincus. Ele costumava oferecer sacrifícios em um altar de pedras. Tinha 50 anos de idade, era rico e responsável pelo tesouro dos filhos de Israel. [...]
Ele ofereceu um sacrifício no altar, mas sem sal, como se estivesse desatento. Quando o Grande Sumo Sacerdote Ozzi soube disso e descobriu que o sacrifício não havia sido aceito, ele o repudiou completamente; e é dito que ele o repreendeu.
Em seguida, ele e o grupo que simpatizava com ele se revoltaram e, imediatamente, ele, seus seguidores e seus animais partiram para Siló. Assim, Israel se dividiu em facções. Ele enviou aos seus líderes, dizendo-lhes: "Quem quiser ver coisas maravilhosas, venha a mim". Então ele reuniu um grande grupo ao seu redor em Siló e construiu um templo para si mesmo ali; construiu um lugar como o templo [no Monte Gerizim]. Ele construiu um altar, sem omitir nenhum detalhe - tudo correspondia ao original, peça por peça.
Nessa época, os filhos de Israel se dividiram em três facções. Uma facção leal no Monte Gerizim; uma facção herética que seguia falsos deuses; e a facção que seguia Eli, filho de Yafni, em Siló.
Além disso, a Crônica Samaritana Adler, ou Nova Crônica, que se acredita ter sido composta no século XVIII usando crônicas anteriores como fontes, afirma:
E os filhos de Israel em seus dias se dividiram em três grupos. Um deles fez conforme as abominações dos gentios e serviu a outros deuses; outro seguiu Eli, filho de Yafni, embora muitos deles tenham se afastado dele depois que ele revelou suas intenções; e um terceiro ficou com o sumo sacerdote Uzi ben Buqui, o lugar escolhido.
Relações entre judeus e samaritanos
Estudos genéticos modernos (2004) sugerem que as linhagens dos samaritanos remontam a um ancestral comum com os judeus no sumo sacerdócio judaico herdado paternalmente (Cohen), temporalmente próximo ao período da conquista assíria do reino de Israel, e provavelmente são descendentes da população israelita histórica. A religião dos proto-samaritanos nessa época provavelmente não era diferente da de seus colegas do sul da Judeia. É provável que isso tenha permanecido assim por vários séculos após a destruição do Reino de Israel, já que as reformas cúlticas da Judeia instituídas pelos reis Ezequias e Josias sofreram pouca oposição, estendendo-se ao povo samaritano no norte, conforme o texto bíblico.
Embora os samaritanos certamente tivessem singularidades culturais, eles estavam ligados aos judeus ao sul. Dessa forma, o samaritanismo provavelmente não emergiu como uma tradição distinta até a era asmoneana e romana, momento em que o Javismo se uniu ao Judaísmo do Segundo Templo. O templo no Monte Gerizim, o local central de adoração do samaritanismo, foi construído no século V a.C., como um dos muitos templos Javistas em Samaria. No entanto, o recinto do templo passou por um período de séculos de construção em larga escala, começando por volta do século IV a.C., o que indica que sua condição como o principal local de adoração entre os samaritanos tinha acabado de ser estabelecida. Da mesma forma, os debates teológicos entre judeus e samaritanos são atestados já no século II a.C., indicando que o Pentateuco samaritano já havia tomado forma, de algum modo.
O rei asmoneu João Hircano destruiu o templo do Monte Gerizim e colocou Samaria sob seu controle por volta de 120 a.C., o que levou a um sentimento duradouro de hostilidade mútua entre judeus e samaritanos. A partir desse momento, os samaritanos provavelmente procuraram se distanciar conscientemente de seus irmãos judaicos, e ambos os povos passaram a ver a fé samaritana como uma religião distinta do judaísmo.
A relação entre judeus e samaritanos se deteriorou ainda mais com o tempo. Na época de Jesus, samaritanos e judeus depreciavam profundamente uns aos outros, conforme evidenciado na Parábola do Bom Samaritano de Jesus.
