É filho do pastor Gilberto Malafaia e da professora Albertina Malafaia, sendo membro da Igreja Evangélica Assembleia de Deus. Formado em Teologia pelo Instituto Bíblico Pentecostal, onde lecionou diversas matérias, é pastor auxiliar na Assembleia de Deus Vitória em Cristo, presidida por seu irmão Silas Malafaia. É casado com Elizabeth Santos e pai de quatro filhos.
Entrevista de Samuel Malafaia à TV ALERJ em sua posse em 2023
Em 2002, Samuel Malafaia foi eleitodeputado estadual do Rio de Janeiro pelo PSB com 59 054 votos, sendo o 10.º mais votado para o cargo. Participou de 11 comissões parlamentares e foi corregedor da casa por dois anos. Em 2006, concorreu à reeleição pelo PMDB, mas não se reelegeu.
Voltou à ALERJ sendo eleito em 2010 pelo PR (atual PL), com 134 515 votos, como o terceiro mais votado do estado. Em 2011, filiou-se ao PSD.
Em abril de 2014, a assembleia aprovou um projeto de sua autoria para permitir que lojas se recusassem a revelar material pornográfico. Foi reeleito em outubro do mesmo ano com 140 148 votos.
Logo no início de seu novo mandato, votou a favor da nomeação de Domingos Brazão para o TCE-RJ, nomeação que foi muito criticada na época.
Votou contra a privatização da CEDAE em fevereiro de 2017. Em novembro do mesmo ano, votou pela manutenção da prisão dos deputados Jorge Picciani, Paulo Melo e Edson Albertassi, denunciados na Operação Cadeia Velha, acusados de integrar esquema criminoso que contava com a participação de agentes públicos dos poderes Executivo e do Legislativo, inclusive do Tribunal de Contas, e de grandes empresários da construção civil e do setor de transporte.
Em março de 2016, migrou para o Democratas. Em julho do mesmo ano, um projeto de sua autoria para autorizar o atendimento por religiosos em presídios foi aprovado na ALERJ.
Em outubro de 2018, foi reeleito deputado estadual com 83 784 votos. No mês seguintes, a assembleia aprovou um projeto seu para estabelecer uma política de educação voltada à população rural do estado.
Em março de 2022, Malafaia filiou-se ao PL. Em julho, um assessor de Malafaia foi preso por importunação sexual de menor e exonerado. No pleito de outubro do mesmo ano, o deputado foi reeleito com 72 056 votos.
Em fevereiro de 2024, votou a favor do fim do afastamento da deputada Lucinha, determinado pelo Tribunal de Justiça do estado por ela ser acusada de possuir ligações com milicianos.
Em dezembro de 2025, votou a favor da soltura de Rodrigo Bacellar, então presidente afastado da ALERJ, acusado de vazar a operação que prendeu o então deputado estadual TH Joias, associado à facção criminosa Comando Vermelho.
Um projeto de sua autoria, junto a Alana Passos, para instituir um portal para atendimento de serviços públicos a pessoas com transtorno do espectro autista, foi aprovado na ALERJ em maio de 2026 e sancionado no mês seguinte pelo governador interino Ricardo Couto.
