Josh Wolff utsågs till Austin FC:s första huvudtränare i juli 2019.
Processen som ledde till klubbens grundande inleddes i oktober 2017 med att ägarna till MLS-klubben Columbus Crew ville flytta klubben från Columbus till Austin om inte en ny arena i Columbus kunde säkras. I augusti 2018 presenterade man namnet och logotypen för den tänkta Austin-klubben, samma namn och logotyp som klubben senare fick. Ett par månader senare framkom att en grupp investerare, bland andra Jimmy Haslam som var majoritetsdelägare i Cleveland Browns i National Football League (NFL), arbetade för att köpa Columbus Crew och behålla klubben i Columbus. Samtidigt fortsatte processen med att etablera en klubb i Austin. I december 2018 blev ett avtal klart avseende en ny fotbollsarena i Austin som skulle kosta 225 miljoner dollar att bygga och bara några dagar senare blev försäljningen av Columbus Crew till de nya investerarna klar.
Austin FC grundades formellt den 15 januari 2019 när MLS tillkännagav att ligan bestämt sig för att placera en ny klubb i Austin. Staden hade inte tidigare haft en klubb i någon av de stora professionella idrottsligorna. Senare under året gick fler investerare in som delägare i klubben, bland andra skådespelaren Matthew McConaughey.
Austin debuterade i MLS den 17 april 2021 borta mot Los Angeles FC, en match som Austin förlorade med 0–2. Den första vinsten kom i nästa match borta mot Colorado Rapids med 3–1. UruguayanenDiego Fagúndez gjorde det historiska första målet för klubben. Efter åtta raka bortamatcher i inledningen av säsongen, medan hemmaarenan Q2 Stadium färdigställdes, spelade klubben sin första hemmamatch den 19 juni mot San Jose Earthquakes inför 20738 åskådare. Matchen slutade 0–0. Austins första hemmaseger kom den 1 juli mot Portland Timbers, 4–1. Första hemmamålet gjordes av irländarenJon Gallagher. Under debutsäsongen slutade klubben näst sist i Western Conference.