RDock
| Yazar | Vernalis R&D |
|---|---|
| Geliştirici | York Üniversitesi Barselona Üniversitesi |
| İlk yayınlanma | 1998) |
| Güncel sürüm | 24.03.192  16 Nisan 2024 |
| Kod deposu | github.com/CBDD/rDock |
| Programlama dili | C++ |
| İşletim sistemi | Linux |
| Tür | Protein-ligand yanaştırma |
| Lisans | GNU LGPL |
| Resmî sitesi | rdock.github.io |
rDock (eski adıyla RiboDock), küçük moleküllerin proteinlere ve nükleik asitlere yanaştırmasında kullanılan açık kaynaklı bir moleküler yanaştırma yazılımıdır. Başlıca yüksek verimli sanal tarama ve bağlanma biçiminin tahmini için geliştirilmiştir.
Tarihi
Başlangıçta RiboDock adıyla bilinen yazılımın geliştirilmesine 1998'de RiboTargets'ta başlandı. Geliştirme çalışmaları 2006'ya kadar sürdü. Aynı yıl yazılımın akademik kullanıma sunulması ve bakımının yapılması amacıyla York Üniversitesine lisans verildi.
2012'de Vernalis ve York Üniversitesi, geliştirme sürecine daha geniş bir topluluğun katkıda bulunabilmesi için rDock'ı açık kaynaklı olarak yayımlama kararı aldı. Bu sürüm daha sonra Barselona Üniversitesi tarafından SourceForge üzerinden geliştirilmeye ve desteklenmeye devam etti. Ancak SourceForge'daki çalışmalar Haziran 2014'ten sonra durdu. Projenin GitHub'a taşınmasıyla birlikte SourceForge'daki eski depo da kullanımdan kaldırıldı.
Nisan 2019'da RxDock adıyla oluşturulan bir rDock çatalı, projenin geliştirilmesini GitLab üzerinde sürdürdü. RxDock üzerindeki çalışmalar Mart 2022'ye kadar devam etti. Ağustos 2022 itibarıyla ise projedeki geliştirme faaliyetleri büyük ölçüde azaldı.
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ↑ "Release 24.03.192". 16 Nisan 2024. Erişim tarihi: 25 Şubat 2025.
- ↑ Morley SD, Afshar M (2004). Validation of an empirical RNA-ligand scoring function for fast flexible docking using RiboDock(r). Journal of Computer-Aided Molecular Design (İngilizce). 18 (3 bas.). Springer Nature. ss. 189-208. doi:10.1023/B:JCAM.0000035199.48747.1e.
- ↑ "rDock | About" (İngilizce). 19 Ocak 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.
- ↑ Ruiz-Carmona S, Alvarez-Garcia D, Foloppe N, Garmendia-Doval AB, Juhos S, Schmidtke P, Barril X, Hubbard RE, Morley SD (2014). Prlic, A. (Ed.). rDock: a fast, versatile and open source program for docking ligands to proteins and nucleic acids. PLOS Computational Biology. 10 (4 bas.). doi:10.1371/journal.pcbi.1003571. 21 Ağustos 2026 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.
- ↑ "rDock / SVN / Commit [r24]" (İngilizce). sourceforge.net. 6 Ocak 2026 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.
- ↑ "Download | rDock" (İngilizce). 25 Kasım 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.
- ↑ "RxDock" (İngilizce). rxdock.gitlab.io. 22 Eylül 2026. 6 Haziran 2026 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.
- ↑ "RxDock" (İngilizce). GitLab. 6 Ocak 2026 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.
- ↑ "The RxDock Open Source Project on Open Hub" (İngilizce). www.openhub.net. 6 Ocak 2026 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Eylül 2026.