AMBER

Assisted Model Building with Energy Refinement (AMBER)

Yazar	Peter Kollman V1: Paul Weiner V2: U Chandra Singh V3: David Pearlman, James Caldwell, William Ross, Thomas Cheatham, Stephen Debolt, David Ferguson, George Seibel Sonraki sürümler: David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker
Geliştirici	Kaliforniya Üniversitesi
İlk yayınlanma	1981 (44 yıl önce) (1981)
Güncel sürüm	24  30 Nisan 2024
Programlama dili	C, C++, Fortran
İşletim sistemi	Windows, OS X, Linux, Unix, CNK
Platform	x86, Blue Gene
Tür	Moleküler dinamik
Lisans	Amber: Özel mülk AmberTools: GNU, kamu malı, açık kaynak
Resmî sitesi	ambermd.org

Assisted Model Building with Energy Refininement (AMBER), ilk olarak San Francisco Kaliforniya Üniversitesinde Peter Kollman tarafından geliştirilen ve 1981'de yayımlanan, protein ve DNA gibi biyolojik makromoleküllerin moleküler dinamik (MD) simülasyonlarında kullanılan bir yazılım paketidir.

1987'lerde AMBER'ın yeni sürümü üzerinde çalışılmaya başlandı. Kollman laboratuvarında çalışan veya laboratuvarla bağlantılı araştırmacılardan oluşan ekipte David Pearlman, David Case, James Caldwell, William Ross, Thomas Cheatham, Stephen DeBolt, David Ferguson ve George Seibel yer alıyordu.

AMBER kuvvet alanı

AMBER kuvvet alanı, CHARMM ve GROMOS kuvvet alanlarıyla birlikte günümüzde en yaygın kullanılan kuvvet alanlarından biridir ve NAMD gibi çeşitli yazılımlar tarafından desteklenmektedir. AMBER kuvvet alanları, AmberTools aracılığıyla ücretsiz olarak kullanıma sunulmaktadır.

AMBER kuvvet alanının matematiksel formülasyonu:

${\displaystyle V(r^{N})=\sum _{i\in {\text{bonds}}}{k_{b}}_{i}(l_{i}-l_{i}^{0})^{2}+\sum _{i\in {\text{angles}}}{k_{a}}_{i}(\theta _{i}-\theta _{i}^{0})^{2}}$

${\displaystyle +\sum _{i\in {\text{torsions}}}\sum _{n}{\frac {1}{2}}V_{i}^{n}[1+\cos(n\omega _{i}-\gamma _{i})]}$ ${\displaystyle +\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}f_{ij}{\biggl \{}\epsilon _{ij}{\biggl [}\left({\frac {r_{ij}^{0}}{r_{ij}}}\right)^{12}-2\left({\frac {r_{ij}^{0}}{r_{ij}}}\right)^{6}{\biggr ]}+{\frac {q_{i}q_{j}}{4\pi \epsilon _{0}r_{ij}}}{\biggr \}}}$

Ayrıca bakınız

• CHARMM
• Folding@home
• GROMACS
• Moleküler dinamik

Kaynakça

Dış bağlantılar

• Resmî site (İngilizce).